Для расследования беспорядков была создана парламентская комиссия. Она установила, что с 16 июля 1970 г. по 12 ноября 1972 г. в стране произошло 11 инцидентов на религиозной почве, в том числе 10 – после 11 августа 1971 г. Комиссия выявила основные причины, вызывающие религиозную рознь, и выдвинула свои предложения по исправлению ситуации. В частности, она рекомендовала смягчить закон от 1934 г., устанавливавший 10 условий для строительства церкви, одним из которых было отсутствие поблизости мечети. Дело в том, что на практике при подаче заявки на строительство храма существования лишь проекта возведения мечети было достаточно, чтобы в заявке было отказано. В этом случае церковь не сооружалась вообще или строилась без лицензии, что вызывало недовольство мусульман.

Для решения проблемы прозелитизма комиссия рекомендовала ограничить проповедь стенами храмов, контролируемых епископами и поставить под жесткий контроль проповеди, читаемые в мечетях. Прозелитическую деятельность предлагалось вести исключительно за пределами страны (прежде всего в Африке).

Что касается цензуры на религиозные сочинения, то комиссия предложила подвергать ей только литературу, отпечатанную за рубежом; сочинения же египетских авторов предлагалось поставить под надзор специализированных ведомств.

Доклад парламентской комиссии впервые официально признал существование в Египте религиозной проблемы. Тем не менее, ее рекомендации не удовлетворили коптскую общину, выступавшую за снятие всех писаных и неписаных запретов, навязанных христианам. В частности, копты выступали против дискриминационной практики министерства вакфов (религиозного имущества), которое с 1968 г. постепенно забирало под свой контроль фонды, предназначавшиеся для оказания помощи неимущим христианам и реставрации святых мест.

Однако, принятые парламентом рекомендации комиссии в какой-то мере снизили накал напряженности: в течение нескольких лет серьезных инцидентов на почве межрелигиозной розни в Египте не было. Правда, во время арабо-израильской октябрьской войны 1973 г. ходили слухи об измене христианских офицеров, благодаря которой якобы израильским войскам удалось прорваться на западный берег Суэцкого канала. Однако глава государства пресек эти слухи, назначив генерала-копта Фуада Азиза Гали командующим 2-й армией; другому коптскому офицеру было поручено обеспечивать воздушную оборону Каира.

Новый всплеск недовольства коптов вызвало появление 15 июля 1977 г. в газете «Аль-Ахрам» сообщения о намерении министерства юстиции рассмотреть проекты исламизации законодательства страны. Синод Коптской церкви собрал по этому поводу в конце августа экстренное заседание, а патриарх Шенуда III призвал паству провести 5–9 сентября пост протеста. Представители североамериканской коптской диаспоры обратились к Папе Римскому Павлу VI и президенту США Дж. Картеру с призывом заступиться за египетских коптов. Вскоре западные СМИ сообщили о нападениях на коптские церкви в Эль-Файюме (в 80 км к югу от Каира) и Асьюте. Властям, однако, удалось разрядить ситуацию. После встречи 12 сентября между Шенудой III и премьер-министром Мамдухом Салемом синод Коптской церкви заявил, что получил от правительства заверения в том, что проекты исламизации законодательства будут «заморожены». Вскоре с патриархом встретился сам Садат, который подарил Церкви 125 тыс. долл. на строительство больницы Святого Марка в Каире. Садат лично заложил первый камень в фундамент больницы, после чего совершил беспрецедентный жест – отправился в церковь, чтобы присутствовать на бракосочетании сына депутата-копта.

Очередную волну напряженности между коптами и мусульманами вызвало в марте 1978 г. решение Каирского апелляционного суда, разрешившего египетским христианам иметь более одной жены. Шенуда III и предстоятели еще семи христианских церквей страны опубликовали жесткую декларацию, в которой отвергали полигамию для христиан. В декларации содержалось также требование «обвиняемому-христианину – судью-христианина». Эта полемика тут же отозвалась новыми инцидентами: 24 апреля две коптских часовни и церковь в Менуфии (дельта Нила) подвергались нападению радикальных исламистов. На следующий день экстремисты разгромили часовню в Эль-Минье (Верхний Египет).

9 июня кассационный суд приостановил решение апелляционного суда о полигамии для христиан. Однако в сентябре 1978 г. убийство коптского священника в Саламуте (провинция Эль-Минья) порождает новый виток напряженности и новые инциденты на почве межобщинной розни.

29 марта 1980 г. Совет коптских Церквей в знак протеста решает отменить празднование Пасхи (6 апреля). Шенуда III и 54 коптских епископа удаляются в монастырь Вади-эн-Натрун, демонстрируя свое недовольство происходящим. Президент Садат соглашается на предложение Совета коптских Церквей создать смешанную комиссию (5 христиан, 5 мусульман) для расследования инцидентов, но в то же время дважды обращается к Шенуде III, предостерегая патриарха от вмешательства в политику. Он 4 и 12 апреля выступает с резкой критикой в адрес коптов и бросает суровое предупреждение коптским и мусульманским интегристам – виновникам беспорядков. Тем не менее, инциденты продолжаются и правительство в лице министра вакфов Закарии аль-Берри не находит ничего лучшего, как обвинить в их организации агентов СССР и коммунистов.

В июне 1981 г. крупные столкновения между мусульманами и коптами произошли уже в самом Каире, в народном квартале аз-Завия эль-Хамра, где проживало много коптов. Обстоятельства возникновения этих столкновений так и не были до конца выяснены. По одной версии, начало им положила бурная свара между двумя матерями семейств – мусульманкой и христианкой. По другой, причиной конфликта послужил захват участка, принадлежавшего копту, членами «исламской ассоциации», вознамерившимися построить на нем мечеть. Но, как бы то ни было, столкновения в аз-Завия аль-Хамра, спровоцированные таинственными провокаторами, потрясли весь Египет своей жестокостью: вчерашние мирные соседи резали друг друга ножами, выбрасывали из окон домов тела убитых детей, грабили и поджигали дома. По сообщениям большинства свидетелей, полиция вошла в квартал лишь после того, как трагедия уже произошла.

Власти обвинили в инциденте экстремистов с обеих сторон. Широкомасштабные репрессии были развернуты против исламистских группировок (как умеренных, так и радикальных), перешедших к открытую оппозицию к режиму Садата после Кэмп-Дэвида (1978) и заключения в 1979 г. мирного договора с Израилем. Одновременно удар был нанесен и по коптским «экстремистам». К ним Садат относил и патриарха Шенуду III, которого обвинил в разжигании антимусульманских настроений во время столкновений в квартале аз-Завия аль-Хамра, а также в организации антисадатовской кампании в американской прессе во время визита египетского лидера в Вашингтон в апреле 1980 г.

5 сентября 1980 г. Садат «снимает» предстоятеля Коптской церкви с патриаршего престола и отправляет его под домашний арест в монастырь Вади-эн-Натрун (откуда он будет возвращен только в 1985 г. решением президента, Хосни Мубарака). Решение Садата о низложении Шенуды III утверждает Маглис Милли (Совет коптской общины). В том же месяце наряду с сотнями радикальных исламистов подвергаются аресту 8 коптских епископов и 13 священников