Тяжелым для коптов был период правления мамлюков (1250–1517), в течение которого христиане неоднократно подвергалось репрессиям. Их пик пришелся на 1320 г., когда главные коптские церкви были разграблены и разрушены. В отместку копты сожгли многие мечети, дворцы и жилые дома мусульман.

Включение Египта в состав Османского государства в начале XVI в. улучшило положение коптов по сравнению с эпохой мамлюков. Тем не менее, и при османах они периодически становились объектом преследований. Одним из таких периодов было правление вассального османам мамлюкского бея Али-бея аль-Кабира (1760–1773), обложившего христиан и других иноверцев грабительскими поборами. Известен случай похищения Али-беем четырех христианских священников с целью получения выкупа.

При последних мамлюкских беях, с правлением которых покончила экспедиция Наполеона Бонапарта в Египет (1798 г.), положение коптов было нестабильным. В надежде на помощь со стороны христианской державы копты поддержали французское вторжение (несмотря на прагматичный промусульманский курс Наполеона), однако после их ухода из Египта в 1801 г. вновь подверглись преследованиям за сотрудничество с «неверными» со стороны вернувшихся на время в Египет мамлюков и османских войск.

С приходом к власти в 1805 г. реформатора Мухаммеда Али, покончившего с претензиями мусульманского духовенства на роль сплоченной политической силы, гонения на коптов прекращаются. Коптский нотабль Муаллим Гали становится финансовым советником паши. Коптская община во главе с патриархом Бутросом (Петром) VII, связанным личной дружбой с Мухаммедом Али, обретает «новое дыхание».

Кратковременный период правления внука Мухаммеда Али, Аббаса I (1849–1854), сторонника проосманской ориентации Египта, отмечен новыми притеснениями христиан. Однако с приходом к власти Саида-паши (1854–1863), внука и наследника Мухаммеда Али, положение коптов радикально меняется в лучшую сторону: в 1856 г. отменяется уплата иноверцами подушной подати – джизьи. Копты и мусульмане уравниваются в праве на военную службу. Реформаторский курс Саида-паши продолжает его племянник Исмаил-паша (1863–1879). Провозглашенный при нем в 1866 г. «конституционный статут» – прообраз конституции европейского образца – отменяет разделение египтян по религиозному признаку. Однако в ходе реализации этих либеральных мер смысл некоторых из них выхолащивается. Так, например, вразрез с принципом равенства религий в армии, военнослужащих-коптов заставляют принимать ислам.

Национальное движение 1881–1882 гг. во главе с Ахмедом Ораби (Ораби-пашой) носило откровенно антиевропейский и отчасти антихристианский характер. Сам Ораби-паша заявлял об «опасности», которую, по его мнению, представляло для ислама «растущее участие коптов во власти». В июне 1882 г. в Александрии произошли крупные антиевропейские и антихристианские выступления мусульман, в ходе которых по официальным данным погибло 50 иностранцев и 150 египтян. По неофициальным же данным, общее число погибших составило 1400 человек. События в Александрии вызвали волну эмиграции коптов из Египта: к 18 июня страну покинуло около 32 тысяч человек, среди которых было немало египетских христиан.

Когда, воспользовавшись александрийскими событиями как поводом для интервенции, Англия направила в Египет свои войска, коптская община встретила их с нескрываемым энтузиазмом. В первые три десятилетия британской оккупации Египта копты придерживались откровенно проанглийской ориентации. Эти годы стали годами взлета политической карьеры коптского нотабля Бутроса-паши. В египетском правительстве, сформированном в 1882 г., он занимал посты сначала министра финансов, затем министра иностранных дел, и наконец, премьер-министра. Пробританские симпатии стоили Бутросу-паше жизни: в 1910 г. этот видный коптский политический деятель был убит мусульманином Ибрахимом Вардани – членом террористической организации «Общество братской солидарности». Хотя сам Вардани отрицал, что руководствовался в своих действиях религиозными чувствами, оккупационные власти в лице британского генерального консула Элдона Горста придали делу характер мусульманско-христианской розни, используя убийство Бутроса-паши Гали как повод для репрессий в отношении националистов и мусульман в целом.

Видя в британском присутствии гарантию своей безопасности и статусного благополучия, копты не сочувствовали первым египетским националистам-мусульманам, которые в борьбе против колонизаторов апеллировали к панисламизму. Одним из них был Мустафа Камиль, основатель партии «Ватан» («Отечество»). В открытом письме лидеру партии, опубликованном на страницах ее печатного органа – газеты «Аль-Лива» («Знамя»), один из коптских публицистов писал: «Мне странно видеть, что ты – сын Египта и больше всех любящий Египет – апеллируешь к исламской лиге и зовешь мусульман к единству и согласию, совершенно не думая о твоих братьях – коптах, которые являются твоими соотечественниками и ближе к тебе, чем мусульмане Явы, Бухары и Индии».

В феврале 1911 г. в Асьюте (Верхний Египет) прошел коптский съезд, потребовавший отмены дискриминации коптов в административной сфере, реформы избирательной системы, препятствовавшей представительству коптов в провинциальных советах и предоставления коптам равных прав с мусульманами в области образования. Однако через два месяца в Каире мусульмане провели свой альтернативный съезд, в результате чего требования коптов остались не удовлетворены.

Между тем рознь между мусульманами и христианами, подпитываемая различием политической ориентации, обострялась. Это подтолкнуло коптскую общину к пониманию того, что ее интересы требуют от нее не связывать свою судьбу с колонизаторами и отказаться от гарантий защиты, которые дали коптам англичане. С этого времени борьба за прекращение британской оккупации перестает быть делом исключительно египетских мусульман и приобретает характер подлинно национального движения.

Революция 1919 г., которую возглавил известный египетский политик-националист, основатель партии Вафд («Делегация») Саад Заглюль, явилась мощным стимулом к сближению между мусульманами и коптами. Это стало возможным во многом благодаря позиции самого Заглюля, заявившего, что «Египет принадлежит коптам так же, как и мусульманам». Под лозунгом «Египет для египтян» копты активно поддерживали партию Вафд, а многие из них вступали в нее; генеральным секретарем партии стал копт-протестант Вильям Макрам Обейд. В стране царила атмосфера полного межрелигиозного согласия: мусульманские шейхи проповедовали в церквах, а коптские священники шли в мечети.

Подавление революции сопровождалось репрессиями как против мусульман, так и против коптов. Когда коптский политик Юсеф Вахбе, согласившись в 1919 г., уже после подавления движения, занять пост премьер-министра, нарушил тем самым антианглийский бойкот националистов, он был убит выходцем из собственной религиозной общины.

После формального провозглашения Англией Египта в феврале 1922 г. независимым государством копты пользовались значительными привилегиями. Много коптов входило в комитет по выработке текста первой египетской конституции 1923 г., которая гарантировала свободу отправления культа и равенство всех граждан перед законом и при занятии государственных должностей. В составе кабинета, сформированного в 1926 г. Саадом Заглюлем, было два копта – Васыф Бутрос Гали (министр иностранных дел) и Макрам Обейд (министр финансов). Включение коптов в состав правительства страны стало правилом, соблюдавшимся последующими кабинетами.