Как уже отмечалось, после терактов 11 сентября 2001 г. в США и начала антитеррористической операции в Афганистане Пакистан значительно уменьшил помощь и поддержку кашмирским экстремистам. Руководство Пакистана не только осудило теракты, но и присоединилось к антитеррористической коалиции, став одним из ключевых союзников США в регионе и предоставив территорию страны для американских военных. Официальные шаги, которые предпринял Исламабад, оказались довольно масштабными. Так, 12 января 2002 г. президент Пакистана П.Мушарраф выступил с телевизионным обращением к нации, в котором огласил программу борьбы с религиозным экстремизмом и терроризмом. Были полностью запрещены пять радикальных исламистских группировок и партий – «Лашкар-е-тойяба», «Джаиш-е-Мухаммад», «Сипах-е-Сахаба Пакистан», «Техрик-е-Джафрия Пакистан» и «Техрик Нифаз Шариат-е-Мухаммади». Генерал Мушарраф пообещал также реформировать систему религиозного образования и осуществить регистрацию медресе и проверку их учебной и финансовой деятельности. Предполагалось превратить медресе в обычные учебные заведения. Также было заявлено о намерении не допускать впредь использования территории страны пакистанскими и иностранными террористическими структурами для деятельности против других государств и провоцирования столкновений между различными мусульманскими течениями в самом Пакистане.

Были также заморожены банковские счета организаций, которые ООН и США подозревают в связях с террористами.

Президент заверил, что правоохранительные органы будут пресекать любую террористическую деятельность, даже если она обоснована мотивами «джихада» или «освобождения Кашмира». В связи с этим был еще раз осужден теракт в индийском парламенте в декабре 2001 г., ответственность за который индийские власти возложили на «Лашкар-е-тойяба» и «Джаиш-е-Мухаммад». Но пакистанские власти отвергли возможность выдачи Индии подозреваемых в терроризме граждан Пакистана.

Несмотря на решение о запрете пяти вышеуказанных группировок и начало против них под давлением США и Индии крупномасштабной полицейской операции (ликвидация центральных и местных организаций, подконтрольных им средств массовой информации, замораживание банковских счетов этих организаций, арест более 2000 активистов и создание антитеррористических судов), официальные власти подчеркивали, что эти меры не следует трактовать как изменение принципиальной позиции Исламабада по Кашмиру. Пакистан по-прежнему будет продолжать оказание «моральной, политической и дипломатической поддержки кашмирцам, отстаивающим свое право на самоопределение».

Столь масштабные полицейские меры против исламских экстремистских организаций не смогли преградить путь огромному потоку афганских талибов, хлынувшему в ходе антитеррористической операции в Афганистане как в Пакистан, так и в пакистанскую часть Кашмира совместно с боевиками «Лашкар-е-тойяба», «Хезб-уль-муджахидин» и др. По сообщениям пакистанских СМИ, около 6 тыс. боевиков этих организаций были убиты в ходе антитеррористической кампании в Афганистане, а более чем 40 тыс. уцелевших скрылись в Пакистане (в основном в Белуджистане, Северо-западной пограничной провинции и Зоне свободных племен, а также в Пенджабе) и в пакистанской части Кашмира. В начале 2002 г. в Пакистане был задержан второй человек в «Аль-Каиде» Абу Зубейда, убежище которому было предоставлено «Лашкар-е-тойяба». Некоторые специалисты полагают, что Объединенное разведывательное управление Пакистана не прекратило поддержки этой организации даже после официального запрета этой группировки властями.

В январе-феврале 2002 г. пакистанские газеты сообщали, что при посредничестве ОРУ «Марказ-уд-дава-валь-иршад», переименованная в «Джамаат-уд-дава», переправляла активистов «Лашкар-е-тойяба» и непакистанских боевиков, замешанных в связях с «Аль-Каидой» в пакистанскую часть Кашмира. «Лашкар-е-тойяба», «Джаиш-е-Мухам-мад», «Харкат-уль-муджахидин» перенесли туда основную часть своих лагерей с пакистанской территории.

Властям также пришлось столкнуться с недовольством населения в приграничных с Афганистаном провинциях и даже пойти на полицейские меры по разгону демонстраций.

Обращает на себя внимание то, что администрация П.Мушаррафа избегает решительных шагов по ограничению деятельности ведущих организаций кашмирских сепаратистов, таких как «Хезб-уль-муджахи-дин» и «Харкат-уль-муджахидин», считая, что эти группировки ведут справедливую национально-освободительную борьбу против индийских властей. Основное внимание правоохранительных органов сосредоточено на контроле за организациями, замешанными во внутрипакистанских суннито-шиитских столкновениях, и практически не обращено к кашмирским моджахедам. Таким образом, структуры, ведущие джихад в Кашмире, фактически выводятся властями из-под удара. Лишь при периодических нажимах со стороны США антитеррористические действия возобновляются. Но за запретом двух «кашмирских» террористических организаций не последовало сколько-нибудь решительных (кроме декларативных) мер против исламистских группировок, входящих в состав Объединенного совета джихада, координирующего деятельность моджахедов в Кашмире.

Лишь время от времени производятся аресты лидеров экстремистских группировок, но носят они в основном демонстративный характер, и, как правило, заключенных быстро выпускают. Одним из примеров может служить освобождение в апреле 2002 г. основателя и идейного лидера запрещенной «Лашкар-е-тойяба» Хафиза Мухаммада Сайида. Он успел в декабре 2001 г. перерегистрировать свою организацию «Марказ-уд-дава-валь-иршад», чьим военизированным крылом является «Лашкар-и-тайяба», под названием «Джамаат-уд-дава». Также был освобожден Масуд Азхар – глава «Джаиш-е-Мухаммад», переименованной в «Ихарат-уль-хайр».

Закрытие банковских счетов, по мнению специалистов, также было малоэффективно. Многие организации были предупреждены заранее о мерах властей и успели либо закрыть, либо перевести свои средства на другие счета.

В результате, несмотря на запреты властей, исламистские группировки продолжают боевые операции в Кашмире, но только под другими названиями. Они по-прежнему получают помощь и поддержку от старых спонсоров, а в самом Пакистане успех на парламентских выборах в октябре 2002 г. альянса фундаменталистских партий «Муттахида Маджлис-е-Амаль» (ММА) в определенной мере способствовал оживлению экстремистских партий. Неоднократно некоторые депутаты ММА, близкие к руководству террористических группировок, заявляли о намерении добиваться принятия официального решения властей о государственной поддержке военизированных группировок в Кашмире. Подобные заявления были сделаны и на так называемой «конференции джихада» (jihad conference), созванной по инициативе «Джамаат-уд-дава». На конференции присутствовали также представители таких организаций, как «Джамаат-Ахль-аль-Хадис», «Джимиат-уль-муджахидин», «Техрик-уль-муджахидин», исламистский представитель кашмирской Всепартийной конференции «Свобода» Гулам Мухаммад Сафи. Единогласно была осуждена политика США и Индии и принято решение продолжать джихад против обеих стран.