История сепаратизма в Кашмире насчитывает многие десятилетия, в течение которых менялась основная его направленность. Первоначально это было автономистское движение за признание прав мусульман в составе княжества, где правила индусская династия Догра. С 1947 г. после присоединения основной части Джамму и Кашмира к Индии это движение превратилось в антииндийскую борьбу за независимость. Основное требование кашмирских националистов состояло в необходимости проведения плебисцита, в ходе которого народ Кашмира определил бы свое политическое будущее. Борьба велась под флагом самоопределения для кашмирцев, и в основе лежала идеология «кашмирской идентичности» (кашмириат). Пакистан поддерживал это движение потому, что оно было направлено против индийских властей, но его стратегической задачей было присоединение мусульманского Кашмира к Пакистану. Идеи кашмирского национализма отстаивала образованная в 1964 г. партия «Фронт освобождения Джамму и Кашмира», которую поддерживали некоторые другие небольшие организации.

Естественно, что движение мусульман за свои права порождало в Кашмире первые ростки исламистского движения. В первую очередь его представляли приверженцы ваххабитской организации ханафитской школы «Ахль-е-хадис», действующей в Кашмире с 1925 года. И несмотря на то, что ей не удалось собрать большого числа последователей, она подготовила благодатную почву для появления позднее других исламистских организаций. С 1952 г. в Джамму и Кашмире действует независимая политическая партия «Кашмирская Джамаат-и-ислами» (ДИ) (Jamaat-i-lslami Jammu and Kashmir). В этой связи следует отметить, что основанная Абу Алла Маудуди в 1941 г. в Индии исламистская партия Джамаат-и-ислами после 1947 года разделилась на несколько независимых друг от друга региональных партий, одна из которых обосновалась в Пакистане, превратилась в одну из крупнейших партий исламского фундаментализма в стране и стала играть важную роль в ее политической жизни). Действуя в Кашмире, ДИ быстро набирала сторонников среди молодых кашмирских мусульман во многом благодаря тому, что декларировала своей целью, используя демократические методы и средства политической борьбы, создание исламского государства в Кашмире, основанного на законах шариата. Это было закреплено в партийной конституции, принятой в 1953 году.

С 1962 г. кашмирскую «Джамаат-и-ислами» возглавляет «ветеран антииндийского движения» Сайед Али Шах Гилани. Именно под его руководством ДИ развернула достаточно активную деятельность, которая, правда, до конца 60-х годов сводилась к изданию и распространению агитационной литературы, открытию специализированных библиотек, проведению лекций и созданию целой сети школ по всему штату. В 1962 г. руководитель кашмирской ДИ надолго попадает в тюрьму, тем не менее в 1969 г. ДИ впервые поддерживает беспартийных кандидатов на выборах в местные органы власти. В 1975 г. эта радикально-фундаменталистская партия было запрещена, однако это не уберегло Кашмир от подъема исламорадикализма, который следовал за усилением этого течения прежде всего в Пакистане и во всем мусульманском мире.

В последний раз кашмирская «Джамаат-и-ислами» принимала участие в выборах в 1987 г. в составе Объединенного мусульманского фронта (Muslim Muttahida Mahad), своеобразного альянса 11 политических партий Кашмира, выступающих за его право на самоопределение. Массовое недовольство населения и обвинения в адрес индийских властей в подтасовке результатов голосования становятся одной из причин начавшегося в декабре 1989 г. «восстания» в Кашмирской долине. Именно в этот период кашмирский сепаратизм приобретает черты радикального исламизма, а Кашмир становится одним из центров международного исламского экстремизма.

В 1990 г. кашмирская «Джамаат-и-ислами» создает свою военизированную организацию «Хезб-уль-муджахидин». Националисты в лице «Фронта освобождения Джамму и Кашмира» видели штат независимым, светским и демократичным, тогда как «Джамаат-и-ислами» выступала за исламизацию Кашмира и присоединение его к Пакистану. Идейный вождь этой организации Сайед Али Шах Гилани считал борьбу в Кашмире противостоянием мусульман Кашмира индийским властям ради, в конечном итоге, освобождения от индийского правления и присоединения Кашмира к Пакистану, ибо мусульмане, которых в Кашмире большинство, не могут жить свободно в немусульманском государстве. Исламизация Кашмира, т.е. приведение гражданских законов в соответствие с нормами шариата, становилась бы естественной уже в силу вхождения Кашмира в состав Пакистана. Во многом благодаря занимаемой пропакистанской позиции Гилани его организация получала большую поддержку из Исламабада. Нельзя сказать, что идеи Сайеда Али Шаха Гилани сразу нашли отклик среди кашмирцев. Однако в конце 80-х годов Кашмир все же захлестнула волна исламского радикализма и экстремизма.

То, что идеи исламо-радикализма попали в столь благодатную почву в Кашмире, обусловлено важными историческими процессами, начавшимися еще в конце 70-х годов. Военный переворот в Пакистане 1977 г. и последовавшая затем политика исламизации общества, победа исламской революции в Иране 1979 г., ввод в том же году советских войск в Афганистан и начало там почти десятилетней войны под лозунгами джихада кардинально изменили ситуацию в регионе. Пакистан оказался в самом эпицентре событий, а внутренние и внешние предпосылки превратили страну в один из ведущих центров исламского радикализма и экстремизма.

Для афганцев с самого начала война против советских войск приобрела характер войны религиозной, и многие мусульманские страны, в первую очередь страны Ближнего Востока, охотно жертвовали огромные суммы денег на «джихад», снабжали афганских моджахедов оружием, медикаментами, продовольствием. Основная помощь шла через Пакистан, который приобрел первостепенное геополитическое значение в условиях афганской войны.

К тому же Афганистан превратился в арену глобального противостояния сверхдержав того времени. США активно использовали территорию Пакистана, который стал своего рода перевалочным пунктом для огромного потока оружия и переправки отрядов добровольцев со всего исламского мира. За период 1982–1992 гг. для участия в афганском «джихаде» туда было отправлено около 35 тыс. человек из более чем 40 стран. Не без помощи спецслужб США, Пакистана и Саудовской Аравии на территории Пакистана возникли многочисленные тренировочные лагеря, где проходили подготовку моджахеды. С момента ввода советских войск в Афганистан в приграничные с ним районы Пакистана перебралось более 3 миллионов афганских беженцев, которые и стали основой для формировавшихся при поддержке ЦРУ и пакистанских спецслужб отрядов моджахедов.

В 80-е годы там складываются многочисленные криминальные группировки, связанные с контрабандой оружия и наркоторговлей. Идеологической базой, или прикрытием для них служили ислам и лозунги джихада. Заинтересованные в пополнении своих рядов, эти криминальные объединения уделяли внимание религиозному образованию детей и подростков и вкладывали деньги в содержание частных медресе. Финансовую поддержку медресе получали также из зарубежных исламских фондов, а политическую – от исламистских партий. По некоторым данным, на территории Пакистана было образовано около 2,5 тыс. подобных религиозных школ, где проходили обучение молодые люди, которые готовились для операций в Афганистане и Кашмире. Пакистанцы, кашмирцы, таджики, узбеки и арабы, получив идеологическую обработку в этих школах и пройдя военную подготовку в специальных лагерях, реализовывали на практике полученные знания не только в Афганистане, но и у себя на родине. (Чуть позже в середине 90-х годов создание тренировочных лагерей и сети религиозных школ экстремистской направленности финансировалось лично Усамой бен Ладеном).