Четвертая проблема - радикализм и терроризм. Недовольство, вызванное репрессиями, коррупцией и ненадлежащим государственным управлением, привело к тому, что радикальные исламистские группировки стали пользоваться в Центральной Азии определенной поддержкой населения. Наиболее влиятельной из них является Хизб ут-Тахрир, тайное движение, проявляющее активность во всем исламском мире и которое стремится объединить мусульман в составе исламского халифата. Ячейки его сторонников имеются в большинстве центрально-азиатских государств. Они занимаются в основном распространением листовок, аудио - и видео материалов, в которых подвергают критике деятельность правительств стран региона и утверждают, что достижение справедливости будет возможно только при халифате. Представители Хизб ут-Тахрира утверждают, что их движение стремится к достижению своих целей совершенно ненасильственным путем. Правительства стран региона по-разному отреагировали на появление Хизб ут-Тахрира, который начал проявлять активность, по крайней мере, начиная с середины 1990-х гг. Наибольшим репрессиям движение подвергается в Узбекистане, где лица, обвиненные в принадлежности к этому движению, приговариваются к длительным срокам тюремного заключения. Таджикистан, равным образом, занял непримиримую позицию по отношению к этой организации, которая является особенно активной в Согдийской области на севере страны. В 2005 г. были сообщено об аресте 99 лиц, обвиняемых в принадлежности к организации. Кыргызские власти проявляли в целом меньшую жесткость, произведя лишь отдельные аресты. Казахстан также проявил большую терпимость, хотя с недавних пор на членов этой организации оказывается растущее давление.

Хотя в официальных заявлениях Хизб ут-Тахрир часто изображается как организация, представляющая собой угрозу, не было представлено никаких убедительных доказательств того, что члены этого движения имеют отношение к террористическим актам. Однако другие радикальные группировки продемонстрировали свою готовность применять насилие. Главной из них является Исламское движение Узбекистана (ИДУ), которое возникло после подавления исламистской оппозиции Узбекистана в начале 1990-х гг. Возглавляемое в период гражданской войны в Таджикистане Тахиром Юлдашевым и Джумабоем Намангани (являвшимися, соответственно, политическим и военным лидерами) ИДУ входило в Объединенную таджикскую оппозицию (ОТО), находившуюся под лидерством исламистов, и в 1999-2000 гг. организовало серию вооруженных вторжений на территорию Кыргызстана и Узбекистана со своих баз, расположенных в Таджикистане и Афганистане. Эти нападения были отражены, и сторонники движения были высланы из Таджикистана. ИДУ тогда, по-видимому, присоединилось в Афганистане к Талибану и Аль-Каиде; Намангани был, по всей вероятности, убит во время боевых действий в Афганистане в 2001 г., когда США приступили к ликвидации движения Талибан; уцелевшие участники ИДУ, как полагают, скрываются в районах, прилегающих к афгано-пакистанской границе вместе с остатками движения Талибан и Аль-Каиды.

Распад ИДУ, возможно, привел к появлению небольших групп "внештатных" боевиков, действующих на территории всего региона. Их действия в значительной степени носят криминальный характер, хотя и имеют определенный религиозный подтекст. В Таджикистане многие такие группы и отдельные лица подверглись преследованиям. В 2004 г. власти предприняли действия по ликвидации группы, действовавшей в Исфаринском районе Согдийской области, региона с глубокими консервативными традициями, являющегося центром поддержки оппозиционной партии Исламского возрождения Таджикистана (ПИВТ). Известная как "Байят" (Присяга), это группа подозревалась в причастности к совершению преступлений, включая вооруженные ограбления, поджог мечетей и магазинов, торгующих алкогольными напитками, и убийство миссионера - баптиста. Несколько предполагаемых лидеров организации было арестовано, и в мае 2005 г. они были приговорены к срокам заключения от 6 до 25 лет. Многое в деятельности Байята остается неясным, хотя должностные лица органов безопасности утверждают, что она проявляла активность с 1992 г. и имела тесные связи с ИДУ, собирая преступным путем средства для этого движения. В июле 2005 г. власти объявили об аресте шести предполагаемых сторонников ИДУ в Душанбе в связи с убийством 1 апреля оперуполномоченного милиции Асада Мазориева и таможенного инспектора Шерала Саидова. Источники в органах внутренних дел утверждают, что Мазориев был убит, потому что он расследовал деятельность ИДУ в Таджикистане и ранее арестовал шесть членов этой организации.

Отколовшиеся ячейки ИДУ могут действовать также в других местах. В конце марта - начале апреля 2004 г. в результате серии взрывов и перестрелок между милицией и предполагаемыми террористами десятки человек погибли в Ташкенте и Бухаре. В июле того же года одновременные взрывы были совершены террористами-самоубийцами перед посольствами США, Израиля и зданием генеральной прокуратуры в Ташкенте, в результате чего погибли террористы и два охранника у израильского посольства. В ноябре органы безопасности Казахстана объявили о ликвидации в городе Чимкенте на юге страны неподалеку от границы с Узбекистаном террористической группировки, которая имела отношение к этим взрывам; предполагается, что лидеры группировки являлись бывшими боевиками ИДУ, прошедшими обучение в лагерях в Таджикистане и Афганистане. В начале июня 2005 г. в американском посольстве в Ташкенте после получения "информации о том, что террористические группы, возможно, собираются напасть на представителей США в Узбекистане в самом ближайшем будущем", было принято решение об отъезде из Узбекистана работников посольства, чья деятельность не имела жизненно важного значения для его функционирования, и членов их семей. Гражданам США была дана рекомендация "рассмотреть вопрос об отъезде из Узбекистана". В частных беседах американские должностные лица отметили, что в число группировок, деятельность которых вызывает у них наибольшие опасения, входит ИДУ "и его ответвления". Вскоре после этого предупреждение об опасности было отменено. В конце марта 2006 г. службы безопасности Кыргызстана объявили об аресте одиннадцати предполагаемых членов ИДУ в городах Ош и Узген, расположенных на юге страны.

Насколько ИДУ все еще представляет собой серьезную террористическую угрозу, остается неясным; достоверной информации не хватает, и правительства некоторых стран, особенно Узбекистана, проявляют склонность к преувеличению угрозы терроризма, чтобы оправдать дальнейшее подавление инакомыслия. Вместе с тем, по-видимому, сохраняется угроза отдельных актов насилия со стороны отдельных лиц или небольших, ранее объединенных между собой групп, хотя не ясно, насколько эти группы способны подготовить крупномасштабные террористические акты. За последние годы ни один представитель европейских стран или европейских организаций не стал жертвой актов насилия, специально направленных против них и приписанных экстремистским организациям. Тем не менее, сложившаяся политическая обстановка, слабые государственные институты, присущая региону коррупция, недовольство крупнейшими религиозными институтами, крайне жесткое исполнение законов, и, различной степени ограничения на проявление законного инакомыслия, являются той питательной средой, в которой радикальные группы всех мастей, как террористические, так и прочие, могут рекрутировать своих сторонников. Стремление подавить радикализм одной лишь силой, без того, чтобы устранить порождающие его основные проблемы, вероятно, лишь усугубит положение.