"Институциональная структура МЕРКОСУР охватывает следующие органы:

I. Совет Общего рынка;

II. Группа Общего рынка;

III. Комиссия по торговле МЕРКОСУР;

IV. Совместная Парламентская Комиссия;

V. Экономико-социальный консультативный форум;

VI. Административный секретариат МЕРКОСУР".

Таким образом, сами органы, порядок их организации и полномочия предусмотрены одними и теми же основополагающими документами - Асунсьонским договором и Протоколом Оуру Прету.

Далее между этими органами установлено определенное разделение полномочий (которое можно соотнести с разделением властей в такой фиксированной системе, как государство) и соподчинение. Статьей 10 Асунсьонского договора Совет Общего рынка указан как "высший орган общего рынка, несущий ответственность за политическое руководство общим рынком и за принятие решений, обеспечивающих достижение целей и сроков окончательного формирования общего рынка".

В статье 13 Асунсьонского договора Группа Общего рынка названа главным исполнительным органом Общего рынка, а в ст. 10 Протокола Оуру Прету сказано лаконичнее: "Группа Общего рынка является исполнительным органом МЕРКОСУР".

Комиссия по торговле Общего рынка, введенная в структуру МЕРКОСУР Протоколом Оуру Прету, квалифицируется в разделе III его главы I (ст. 16) как "орган, ответственный за содействие Группе Общего рынка". Комиссия отчитывается перед Группой во всех вопросах, лежащих в компетенции Комиссии. По пункту VI ст. 19 Протокола Комиссия "докладывает Группе Общего рынка о развитии и применении документов, касающихся торговой политики, а также о своем отношении к представленным ей просьбам и о решениях, принятых по таким просьбам".

Общей логике подчиняется и состав данных трех органов: Совет общего рынка состоит из "министров иностранных дел и министров экономики государств-членов либо из эквивалентных им лиц" (ст. 4 Протокола Оуру Прету); в Группе Общего рынка представлены "по четыре делегата и четыре альтернативных члена от каждой страны, назначаемых соответствующим правительством, причем в них должны быть представители министерств иностранных дел, министерств экономики и центральных банков" (ст. 11). Кто именно должен быть делегирован государствами в Комиссию по торговле, Протокол не говорит, указывая лишь, что должно быть четыре делегата и четыре альтернативных члена (ст. 17). Таким образом, все перечисленные органы МЕРКОСУР являются представительными и построены по принципу "четырех частей" (quadripartie). Это значит, что при принятии решения в каждом органе учитывается не число голосов всех присутствующих, а четыре голоса - по одному от каждого государства.

Совет Общего рынка, Группа Общего рынка и Комиссия по торговле являются межгосударственными, что специально предусмотрено ст. 2 Протокола Оуру Прету.

Одним из принципов их работы является единогласие или консенсус. Многие исследователи отмечают, что это позволяет органам МЕРКОСУР быть выразителями их общей воли . Принятые таким образом акты имеют обязательную силу для государств-членов, хотя и называются по-разному: Совет принимает Решения (ст. 9), Группа - Резолюции (ст. 15), Комиссия - Директивы или Предложения (ст. 20 Протокола). Исполнение решений отдано в сферу ответственности государств, поскольку ст. 38 Протокола Оуру Прету предписывает: "Государства-участники предпримут все меры к исполнению на их соответствующих территориях решений, принятых органами МЕРКОСУР, перечисленными в ст. 2 настоящего Протокола, в которой один параграф. Государства-участники информируют Административный Секретариат МЕРКОСУР о принятых ими в этих целях мерах" (в ст. 2 названы Совет Общего рынка, Группа Общего рынка, Комиссия по торговле МЕРКОСУР).

Причиной невозможности с самого начала принять систему взвешенного голосования латиноамериканские исследователи называют наличие значительных различий в уровне экономического развития государств-участников, и некоторые государства считали, что они будут находиться в невыгодном положении в случае принятия взвешенного или любого иного голосования.

Высказывается мнение о том, что документы МЕРКОСУР не предусматривают передачи никаких властных полномочий от государств к международной организации . Министры государств, работающие в органах МЕРКОСУР, наделяются дополнительными полномочиями, источником которых служит внутреннее право, но осуществляются эти полномочия во внешнеполитической сфере, в процессе переговоров, которые могут привести к формулированию новых обязательств для их государств; приниматься эти обязательства будут с учетом внутреннего права.

Хотя в некоторых положениях учредительных договоров указывается, что решения трех основных органов обязательны для государств-членов, все эти органы по сути являются совещательными. Их административные и предписывающие полномочия ограничиваются регулированием деятельности самой организации и не распространяются на государства-члены.

Однако не забудем, что, несмотря на отсутствие наднациональных элементов, эта организация достигла значительных успехов на пути интеграции.

В тех случаях, когда решения органов МЕРКОСУР обязывают государств-участников, действие этих органов не является прямым, а только косвенным, поскольку эти решения проходят обычную процедуру утверждения в соответствии с внутренним правом каждого государства. Это означает, что решения инкорпорируются в правовую систему государства так, как это диктуется его конституционным правом. Во внутренней правовой системе к этим решениям проявляется такой же подход, как к другим новым международным соглашениям, а иногда - как к актам правоприменения, вводимым во внутренний правопорядок административными методами.

Поскольку МЕРКОСУР ведет довольно разнообразную деятельность, органы, составляющие его структуру, можно разделить по нескольким категориям. Здесь есть органы:

- представляющие МЕРКОСУР во внешних сношениях;

- административные, т.е. ведущие административно-распорядительную деятельность в самой организации;

- устанавливающие стандарты, т.е. органы, формулирующие не правовые нормы, а таможенные правила, технические образцы и т.п.;

- органы разрешения споров и поддержания правопорядка, установленного учредительными договорами и другими основополагающими документами;

- распорядительные органы, занятые экономическими вопросами.

Отдельно следует сказать об органах разрешения споров, которые можно выделить в определенную подсистему, поскольку исполняемые ими функции специфичны и отличаются от функций остальных органов. Латиноамериканские авторы отмечают, что степень развития механизмов разрешения споров, служащих интеграции, и их юридические полномочия целиком зависят от типа интеграции и степени ее развития . Политические системы, ставящие перед собой интеграционные цели, неизбежно вынуждены формировать подсистемы органов разрешения неизбежно возникающих споров с тем, чтобы эти подсистемы действовали по тем нормам, которые являются приемлемыми для них. Такое "инициативное" создание органов разрешения споров является в определенной степени мерой контроля за этими органами.