Организационная структура регионального интеграционного объединения относится к той стороне его деятельности, где объединение выступает как механизм, обеспечивающий интеграцию. Организационная структура - это устройство и метод действия такого механизма. Набор органов, взаимодействие между ними, эффективность работы каждого органа и всей системы в целом определяют те результаты, которых может достичь региональное объединение.

Органы региональных интеграционных объединений в полном смысле слова являются межгосударственными органами, т.е. некими объединенными органами нескольких государств. В этой связи особое значение приобретает соотношение полномочий органов объединения и органов государств-членов, и в доктрине ведется борьба о необходимости наделения органов региональных интеграционных объединений свойством наднациональности. Специалист по проблемам МЕРКОСУР Л.О. Баптиста пишет: "Наднациональные организации отличаются от межправительственных по полномочиям своих органов и методам деятельности. В межправительственных организациях в предписывающей сфере формулирование норм зависит от объединенной воли участвующих государств, выраженной в соответствии с учредительным договором. В наднациональной организации, с другой стороны, выраженная воля - это воля самой организации, однако выраженная также на основе учредительного договора" . Другой латиноамериканский автор, уругваец Э.А. Виньяли считает наднациональность полезным и гибким свойством объединения: "В межправительственных органах "государства-участники редко отказываются от своих полномочий на принятие решений", а организации наднационального характера "обладают независимыми органами", принимающими решения самостоятельно, и могут осуществлять свои резолюции непосредственно на территориях государств-членов" .

Некоторое ограничение суверенитета в пользу международной организации находит поддержку и в российской литературе. Как правильно отмечал В.А. Карташкин, "абсолютизация государственного суверенитета фактически ведет к отрицанию многих фундаментальных принципов и норм современного международного права, к дестабилизации межгосударственных отношений" . Проблема соотношения суверенитета государства и полномочий международной организации берет свое начало еще с Организации Объединенных Наций и пока еще не получила своего всеобъемлющего разрешения.

Анализ практики региональных интеграционных объединений обнаруживает разнообразие подходов к решению этого вопроса. Жизнь показывает, что и чисто межгосударственные органы объединения, т.е. состоящие из представителей государств, также могут действовать в интересах всего объединения, а не каждого из государств-членов в отдельности. Это значит, что правовая природа органа определяется двумя параметрами - составом и компетенцией, причем компетенция имеет превалирующее значение. Однозначного ответа на вопрос о наднациональности нет, и в каждом объединении в этом отношении есть свои особенности.

Прежде чем мы перейдем непосредственно к анализу системы органов, необходимо внести некоторые уточнения.

Думается, что говорить о власти органов любой международной организации, в том числе регионального интеграционного объединения, можно только в ограниченном смысле. Суверенитетом - источником властных полномочий - ни организация, ни ее органы не обладают, поэтому властью, подобной государственной, интеграционные объединения наделены быть не могут. Можно говорить лишь об ограниченных или отдельных полномочиях, передаваемых государствами-членами органам объединения. Государства-члены передают объединению не право на осуществление власти вместо них, а ограниченные полномочия на совершение определенной деятельности вместо них.

Кроме того, необходимо уточнить аналогию разделения властей на представительную и исполнительную. Когда говорят о представительных органах международной организации, имеется в виду представление в таких органах каждого государства-участника. Целью представительства является должный учет интересов каждого из них и возможный коллективный контроль со стороны всех государств-участников за надлежащим исполнением их совместной воли, выраженной в учредительном договоре и других основополагающих документах. Представительные органы в интеграционном объединении лишены главной функции представительного органа в государстве - функции контроля общества за деятельностью исполнительной власти. В международных организациях такого контроля совсем нет, лишь в некоторых организациях предусмотрен учет интересов отдельных групп населения. Первой такую практику стала проводить Международная организация труда (МОТ), в высшем органе которой - Генеральной Конференции - делегация каждого государства-члена состоит из двух представителей правительства и по одному от работодателей и наемных работников . Такая практика была продолжена в первом европейском сообществе - Европейском объединении угля и стали. Его учредительным договором было обеспечено представительство производителей, трудящихся, потребителей и продавцов в Консультативном комитете, состоявшем из равного числа представителей каждой из этих групп . В настоящее время в рамках Европейского Союза роль представителей общества постепенно все более осуществляет Европейский парламент.

В региональном интеграционном объединении смысл термина "представительный орган" означает не представление им общества, общественных интересов, т.е. выражение общественного мнения, а только способ формирования того или иного органа. Будучи составленным из представителей государства, такой орган может быть обязан действовать исключительно в интересах объединения, в интересах осуществления не воли каждого отдельного государства, а общей воли всех государств-членов.

Следует отметить, что уточнения требует и разделение полномочий на "законодательные" и "исполнительные". Конечно, ни о каком законодательстве в международной организации речь не может идти. Органы, даже наделенные наднациональными полномочиями, не создают законы для государств-членов, а только специальные нормы, допускаемые к действию в национальных правовых системах, благодаря проявлению суверенной воли каждого государства. Точнее было бы сказать, что органы объединения имеют "предписывающие полномочия", т.е. могут предписывать то или иное поведение.

Термины "представительный" и "предписывающий (законодательный)" чаще всего употребляются применительно к главному органу международной организации, в том числе регионального интеграционного объединения. При поверхностной аналогии со структурой государственных органов высший орган кажется похожим на высший орган государства. Действительно, высший орган обычно обладает полномочиями на толкование и даже изменение "конституции" объединения - его учредительного договора.

Кроме того, высший орган определяет общую политику регионального интеграционного объединения, которая затем конкретизируется как в его собственных решениях, так и в решениях других органов. Решения высшего органа обязательны для других органов. Однако при всей широте своих полномочий высший орган объединения не может действовать вразрез с волей государств-членов.