Дальнейшее реформирование системы федеральных органов исполнительной власти, произошедшее в рамках проводимой в Российской Федерации административной реформы, привело к перераспределению регулятивных полномочий Минэкономразвития России в сфере внешнеторгового регулирования и передачи части таких полномочий, в т.ч. в части установления и применения нетарифных мер, Министерству промышленности и торговли и Министерству сельского хозяйства (в отношении сельскохозяйственной продукции). Переключение нетарифного регулирования с Минэкономразвития России на Минпромторг России (с передачей части полномочий Минсельхозу России) на некоторое время внесло административно-бюрократическую неразбериху в процесс регулирования внешнеторговой деятельности в связи с необходимостью адаптации кадрового состава нового управленческого аппарата к ранее неизвестной сфере государственного управления, отсутствием необходимых управленческих процедур и регламентов.

В процесс формирования торговой политики и принятия решений по нетарифному регулированию включено большое количество органов исполнительной власти. Вот почему на фоне очевидно обозначившейся тенденции дальнейшей дисперсии полномочий по вопросам нетарифного регулирования необходимо должным образом институционализировать межведомственное сотрудничество и координацию органов публичной администрации в этой сфере. Эта задача также напрямую связана с обеспечением эффективности внешнеторгового регулирования в Российской Федерации.

За последние годы было создано несколько новых институтов. Была учреждена Комиссия Правительства РФ по защитным мерам во внешней торговле и таможенно-тарифной политике - координационный орган, осуществляющий среди прочего подготовку для Правительства РФ предложений по вопросам введения на территории Российской Федерации мер по защите внутреннего рынка. В ее состав входят члены Правительства РФ и сотрудники его аппарата, представители ряда федеральных министерств и ведомств (Минэкономразвития, Минпромторга, и др.) Комиссия разрабатывает предложения о целесообразности введения защитных мер и ответных мер на дискриминационные действия со стороны других государств в области внешнеторговой деятельности, оценивает влияние применяемых защитных мер на состояние соответствующих товарных рынков.

Два органа межведомственной координации созданы и действуют в сфере, относящейся к военно-техническому сотрудничеству и покрываемой системой экспортного контроля.

В соответствии с Федеральным законом "Об экспортном контроле" образован межведомственный координационный орган по экспортному контролю - Комиссия по экспортному контролю Российской Федерации, в состав которой входят представители Правительства РФ, Совета безопасности РФ, ряда федеральных министерств и ведомств (Минпромторга России, Минобороны России, и др), органов военного управления (Генштаба Вооруженных Сил РФ), Российской академии наук, Военно-промышленной комиссии при Правительстве РФ и др.

<Аналогичный орган межведомственной координации в сфере военно-технического сотрудничества был создан Указом Президентом РФ от 7 декабря 1998 г. N 1488. Речь идет о Комиссии при Президенте РФ по вопросам военно-технического сотрудничества Российской Федерации с иностранными государствами. Председателем Комиссии является Президент РФ, а его заместителем - глава Правительства РФ. В состав Комиссии входят также представители администрации Президента РФ, Совета безопасности РФ, Правительства РФ, ряда федеральных министерств и ведомств (Минобороны, МИДа, Минпромторга, Минфина, Минюста, ФСБ, ФСВТС, Службы внешней разведки, Ростехнологии и др.).

Одновременно с развитием организационных основ механизма нетарифного регулирования совершенствуется и его нормативно-правовая база, оказывающая существенное влияние на эффективность нетарифных ограничений.

Поскольку нетарифное регулирование внешней торговли прямо или опосредованно связано с ограничением конституционных прав и свобод (права собственности, свободы предпринимательской деятельности и др.), основные вопросы установления и применения нетарифных ограничений должны быть установлены федеральными законами. Сложившаяся на данный момент система законодательного регулирования отличается крайней несистематизированностью. Помимо уже упоминавшихся базовых законов - "Об основах государственного регулирования", "О военно-техническом сотрудничестве Российской Федерации с иностранными государствами", "Об экспортном контроле", отдельные аспекты нетарифного регулирования регламентируются десятками федеральных законов, относящихся к разным отраслям законодательства - таможенному, валютному, административному и др. Количество федеральных законов в нормативно-правовом массиве, регулирующем внешнеторговую деятельность, значительно возрастает за счет законов, содержащих специальные разделы (главы, статьи), устанавливающие порядок совершения экспортно-импортных операций с отдельными товарами (группами товаров). Такие статьи можно найти, например, в Федеральных законах: "О качестве и безопасности пищевых продуктов", "Об оружии", "О семеноводстве", "О ветеринарии", "О карантине растений", "О государственном регулировании производства и оборота этилового спирта, алкогольной и спиртосодержащей продукции и др.

Совершенствуя систему правового регулирования нетарифных ограничений в Российской Федерации, необходимо продолжить систематизацию нормативных правовых актов, привести их в соответствие с базовыми законами ("Об основах государственного регулирования внешнеторговой деятельности" и др.), устранить имеющиеся противоречия между правовыми источниками, заполнить образовавшиеся пробелы в нормативном регулировании (в этих целях обычно используется судебно-арбитражная практика), а также привести российское законодательство в соответствие с международными договорами Российской Федерации.

Среди внешних факторов, оказывающих существенное влияние на развитие организационно-правовой основы нетарифного регулирования, в первую очередь следует упомянуть курс Российской Федерации на вступление в ВТО и развитие интеграционных процессов на постсоветском пространстве.

В целях приведения российского законодательства в соответствие с требованиями и стандартами ВТО была проведена крупномасштабная модернизация таможенного законодательства и законодательства о государственном регулировании внешней торговли. Принятые в 2003 году Таможенный кодекс РФ, Федеральные законы "Об основах государственного регулирования внешнеторговой деятельности", "О специальных защитных, антидемпинговых и компенсационных мерах при импорте товаров" разрабатывались с учетом в первую очередь задачи адаптировать российское законодательство к стандартам ВТО. Процесс реформирования российского законодательства и его приближения к стандартам ВТО полностью еще не завершен.

Поскольку нетарифное регулирование в Российской Федерации приводится в действие через институты таможенного регулирования, эффективность последнего предопределяет и результативность самих нетарифных ограничений.