С падением диктатуры Аш-Шишекли в 1954 г. в Сирии, казалось, сложились весьма благоприятные условия для объединения с Ираком, когда практически все сирийское политическое руководство стояло на проиракских позициях. Однако эти политики отражали интересы старых консервативных помещичье-феодальных, компрадорских кругов Сирии и уже не могли соперничать с набирающими политический вес леворадикальными националистическими силами внутри САР, в авангарде которых находились молодые сирийские офицеры. Окончательным поражением проиракской партии в САР стал февраль 1955 г., когда в результате ожесточенной борьбы по вопросу о присоединении Сирии к багдадскому пакту в отставку ушло правительство Фареса Аль-Хури. Предпринятые в 1955–1957 гг. Ираком безуспешные попытки подорвать рост леворадикальных сил в армейской среде Сирии обернулись на деле сближением Сирии с Египтом и созданием в 1958 г. ОАР. А в самом Ираке летом 1958 г. прогрессивно настроенные армейские офицеры во главе с Абдель Каримом Касемом совершили военный переворот, в результате которого был положен конец монархическому режиму в стране. Радикализация иракских властей не помешала вновь пришедшим к власти в САР после распада ОАР в 1961 г. представителям прежних правящих элит объединить свои усилия с новым руководством в Багдаде для борьбы со сторонниками идей насеризма в САР. Приход к власти в Сирии и Ираке Партии арабского социалистического возрождения (Баас) привнес идеологическую составляющую в отношения двух государств. Так, в период межфракционной борьбы в сирийской Баас (ПАСВ) в 1962–1966 гг. лидер леворадикального крыла ПАСВ Хамуд Аш-Шуфи пользовался поддержкой Али Салиха Саади из иракской Баас. В результате февральских 1966 г. событий в САР к власти в стране пришло леворадикальное крыло партии во главе с Салахом Джадидом. Основатели и идеологи партии Мишель Афляк и Салах Ад-Дин Аль-Битар были вынуждены выехать из Сирии.

В отношениях между партиями двух стран наступил новый этап. В обстановке, когда баасистские руководители ощущали свою слабость и неуверенность на властном поприще, вопрос о признании или непризнании законности их власти играл ключевую роль в отношениях двух партий. В 1970 г. к власти в Сирии пришел Хафиз Аль-Асад. В результате июльских событий 1968 г. в Ираке была восстановлена власть партии «Баас». Это привело к возникновению непростой ситуации, когда связи между двумя партиями, по сути, определяли отношения между двумя государствами. Нашедший убежище в Ираке М. Афляк усиливал позиции иракских баасистов в их претензиях на законное лидерство в арабском мире.

Стабилизация и укрепление баасистских режимов в Сирии и Ираке в 70-х годах обострили борьбу между двумя странами за влияние в регионе, с одной стороны, и несколько снизили накал противоречий по вопросу признания их легитимности, с другой.

В 1977 г. напряженность в отношениях между двумя странами несколько спала. В условиях, когда Египет пошел на сепаратный мирный договор с Израилем, руководства Сирии и Ирака решили упрочить свои двусторонние отношения. Сирийский президент выступил с инициативой укрепления связей между двумя странами. Путем союза с Багдадом Дамаск рассчитывал упрочить свои позиции перед лицом Израиля, а Багдад, несколько смягчив свою непримиримую позицию, пытался сплотить вокруг себя антиегипетский фронт арабских стран. В то же время претензии иракских руководителей на лидерство в арабском мире, их настойчивые требования принятия самых решительных мер в отношении Египта тормозили процесс сближения двух стран.

Только в октябре 1978 г. Асад посетил Багдад и обсудил с иракскими лидерами перспективы сирийско-иракского союза. Однако усилившаяся к тому времени в Ираке борьба за власть привела в итоге к разрыву отношений между Дамаском и Багдадом. Пришедший к власти в Ираке в 1979 г. Саддам Хусейн посчитал, что бывший президент Ирака Хасан Аль-Бакр стремился использовать сближение с Сирией для противодействия ему и организации переворота в Ираке. В 1982 г. Сирия закрыла свою границу с Ираком и прекратила перекачку иракской нефти по нефтепроводу Киркук-Банияс. Военные успехи Ирана в мае 1982 г. и ухудшение отношений с Сирией способствовали тому, что Ирак стал искать подходы к налаживанию отношений с Египтом. Сирийско-иракские отношения оказались окончательно прерванными, после того как Сирия в одностороннем порядке поддержала Иран в войне с Ираком.

В период кризиса в Персидском заливе 1991 г. Сирия присоединилась к антииракской коалиции, возглавляемой США. Такое решение Дамаска не только способствовало укреплению рядов антииракской коалиции, но и свидетельствовало о том, что сирийские руководители пересматривают приоритеты своей прежней политики. В условиях начала перестройки и корректировки внешнеполитического курса Советского Союза Сирия стремилась нормализовать свои отношения с Западом. Постепенно стали налаживаться сирийско-египетские отношения, прерванные после заключения Каиром сепаратного мира с Израилем. Полностью сирийско-египетские отношения были восстановлены в 1991 г. после того, как Дамаск присоединился к мирному арабо-израильскому процессу на Ближнем Востоке. Новая внешнеполитическая стратегия Сирии была обусловлена не только распадом СССР и ухудшением внутриэкономического положения САР, но также растущей в Дамаске тревогой, связанной с Багдадом. Усиление иракской военной машины в период ирано-иракской войны изменило баланс сил не в пользу Дамаска. На границах Сирии появилось государство с миллионной армией. Сирийские опасения подтвердились после того, как стала очевидной поддержка Ираком антисирийского правительства в Ливане во главе с генералом М. Ауном. С начала гражданской войны в Ливане в 1975 г. Ирак поддерживал антисирийские силы, выступавшие за вывод сирийских войск из Ливана.

Последствия ирако-кувейтской войны и международные санкции в отношении Ирака существенно ослабили иракскую военную мощь, и баланс сил изменился в пользу Дамаска. Теперь Багдад уже не внушал Сирии прежних опасений.

С весны 1997 г. отношения двух стран стали постепенно нормализовываться. В условиях длительной неопределенности в мирном процессе, неудачных попыток США оказать давление на Израиль в вопросе вывода израильских войск с Голанских высот, развития военного сотрудничества Турции с Израилем Сирия стала искать подходы к установлению нормальных отношений с Ираком. В марте 1997 г. заместитель премьер-министра Ирака Тарик Азиз выразил свое удовлетворение в связи с позитивными переменами в отношениях с Сирией. В мае 1997 г. делегация ТПП САР посетила Багдад. Через два месяца дамасское радио прекратило вещание передач антииракской направленности. Ответный ход последовал и с иракской стороны. В августе делегация иракских торговцев и промышленников посетила Дамаск. Был подписан контракт на поставку в Ирак сирийских товаров на общую сумму 13 млн. долл. Вдоль сирийско-иракской границы были открыты пропускные пункты для туристов и торгового обмена. 7 августа министр нефти Ирака Мухаммад Рашид заявил на пресс-конференции в Багдаде, что Ирак готовится к возобновлению прокачки своей нефти через сирийскую территорию. Председатель Промышленной Федерации Ирака Аднан Аль-Кудси отметил, что страна отдала приоритет сирийским коммерческим предложениям на экспорт продуктов в Ирак в соответствии с резолюцией 986 ООН. В конце августа в Дамаск на 44-ю международную ярмарку прибыла иракская делегация во главе с министром торговли Махди Салехом, которая подписала ряд экономических соглашений с Сирией.