В рассматриваемый период стороны определили основополагающие правовые принципы правового режима своих границ и приступили к осуществлению таможенного контроля. Необходимость последнего во многом обуславливалась социально-экономическими проблемами периода, подобными расцвету полулегальной активности, связанной с перепродажей товаров в условиях резких колебаний цен, некоторые из которых (особенно в Казахстане) в то время еще отпущены не были.

На региональном и локальном уровнях внимание к проблемам границы и трансграничного взаимодействия в первой половине 1990-х гг. было еще слабым. Это может быть объяснено тем, что данные проблемы еще не воспринимались в качестве вопроса, требующего комплексного решения, а новая граница - в качестве полноценного рубежа, разделяющего Россию с "чужим" государственным образованием. На уровне массового сознания приграничных областей поначалу далеко не всегда воспринимался сам факт существования прилегающей к их региону государственной границы. Взаимодействие в сферах безопасности и регулирования режима пересечения границ представляет собой лишь несколько аспектов разнопланового трансграничного сотрудничества. Из других аспектов можно выделить взаимоотношения в правовой, производственной, торгово-коммерческой, финансовой, транспортной, гуманитарной (социальной, образовательной, культурной), экологической и других сферах.

Первым базовым документом, регулирующим взаимодействие сопредельных регионов, стало заключенное 26 января 1995 г. в г. Омске Соглашения о сотрудничестве приграничных областей России и Казахстана. Главной целью Соглашения было объявлено содействие развитию сотрудничества между приграничными областями, включая решение таких задач, как:

1. устранение препятствий для движения товаров, услуг, произведенных в пределах приграничных областей;

2. совершенствование законодательства;

3. поощрение взаимных инвестиций и создания совместных предприятий, упрощение процедур пограничного и других видов контроля в отношении жителей приграничных регионов;

4. обеспечение благоприятных условий для функционирования трансграничного транспортного сообщения, охрана окружающей среды, предотвращение и ликвидация чрезвычайных ситуаций;

5. взаимодействие в гуманитарной области;

6. регулирование миграционных процессов, координация взаимодействия правоохранительных органов.

Несколько более конкретный характер носит заключенное 24 сентября 1999 г. Соглашение о приграничном сотрудничестве регионов Российской Федерации и Республики Казахстан на 1999-2007 годы, подписанное вместе с ориентированной на тот же срок Программой приграничного сотрудничества. Наряду с некоторым уточнением приоритетов такого сотрудничества (которые еще более детально определяются в Программе), наиболее существенным дополнением к предыдущему соглашению стало учреждение в рамках Межправительственной комиссии по сотрудничеству Совместной подкомиссии по приграничному сотрудничеству, координирующей выполнение упомянутой Программы. В состав Подкомиссии, заседания которой проводятся 2 раза в год, вошли представители как министерств и ведомств, так и исполнительных органов власти приграничных регионов.

На региональном уровне рамочная основа для трансграничного сотрудничества задается договорами и соглашениями между высшими административными органами РФ и областными акиматами РК. В настоящее время такими договорами и соглашениями охвачены практически все приграничные регионы России и Казахстана. В документах определяется статус и перечень субъектов сотрудничества, его сферы и основные приоритеты, механизмы реализации. В ряде случаев предусматривается создание координирующих структур, рамочные договоры (соглашения) дополняются программами по их реализации, где определяются мероприятия, сроки их выполнения и состав исполнителей.

Бóльшая централизованность казахстанской административно-территориальной системы по сравнению с российской создала для наиболее заинтересованных регионов РФ потребность юридического оформления соглашений непосредственно с центральными структурами исполнительной власти РК. Так, Челябинская область - наиболее мощный по своему потенциалу регион российского приграничья - еще 25 мая 1995 г. заключила с Казахстаном Договор о дружбе, сотрудничестве и взаимной помощи. Протоколы о намерениях торгово-экономического, научно-технического и другого сотрудничества казахстанское правительство подписало с Челябинской (13 ноября 1997 г.) и Оренбургской (22 июня 1998 г.) областями.

Важное историческое значение имеет Договор о делимитации границы между Казахстаном и Россией, подписанный год назад в Москве. Интенсивная работа над ним проводилась начиная с 2000 года. Впервые Республика Казахстан обрела юридически оформленную государственную границу с Россией, важным стратегическим партнером.А в июне 2005 года главы МИД России и Казахстана подписали приложения к Договору о государственной границе между Россией и Казахстаном. С российской стороны документы подписал министр иностранных дел Сергей Лавров, с казахстанской - его коллега Касымжомарт Токаев. Кроме того, министры подписали план мероприятий по межмидовскому сотрудничеству на 2005 год.

Документы содержат описание прохождения государственной границы и альбом листов карты границы. Приложение является неотъемлемой частью договора между Казахстаном и Россией о госгранице, подписанного президентами двух стран 18 января 2005 года в Москве. В Москве с 5 по 17 января 2005 года было принято окончательное решение по последнему спорному участку – разделу 16 тысяч га земли на границе Атырауской и Астраханской областей, под которыми залегает Имашевское газоконденсатное месторождение. По словам министра иностранных дел России С. Лаврова, «территория будет разделена пополам и само месторождение тоже». Так завершена работа по делимитации самой протяженной в мире сухопутной границы.

«Таким образом, за последние годы мы сумели делимитировать границу на всем ее протяжении, что составляет более 14 тысяч километров. Это серьезная гарантия национальной безопасности, создающая благоприятные условия реализации наших планов по государственному строительству» - говорил Президент Нурсултан Назарбаев в своем послании народу Казахстана в 2005 году. «Граница с Россией…

Таких границ в мире не существует. Только у нас с Россией. И вспомните, что сказал при подписании Президент России В. В. Путин. Он сказал, что Казахстан решает главнейшую проблему свою, границу, которой никогда не было. И он сказал, что это большой дружеский шаг со стороны России к Казахстану. И это действительно так. У Казахстана, у казахов никогда не было границы. Наше поколение живет в исторический период, когда именно мы стали жителями огромного государства Казахстан, имеющего международно очерченные границы. Это событие историческое, и мы этот вопрос полностью решили».

Назарбаев всегда уделял пристальное внимание тесным связям с Россией в области безопасности, что не мешало ему развивать эти отношения и на двустороннем уровне с другими государствами. Например, помимо России, соглашения по сотрудничеству в сфере разведки и борьбы с терроризмом, транспортировкой и торговлей наркотиками, организованной преступностью и коррупцией были подписаны с Узбекистаном, Беларусью, Кыргызстаном и Украиной. Известно, что еще 2 ноября 1992 года на встрече президентов РК, Кыргызстана, Узбекистана, и. о. президента Таджикистана и министра иностранных дел России а Алматы, в своем выступлении Назарбаев озвучил требования со стороны государств Центральной Азии и России к Таджикистану по поводу урегулирования кризиса.