В каждом лагере организован офис для представителя БАПОР, к которому может обратиться беженец, а тот, в свою очередь, обязан передать все просьбы, отчеты и другие документы в местное региональное отделение БАПОР. Ответственность за обеспечение безопасности в лагерях лежит на местных властях. Условия проживания в лагерях крайне тяжелые: это плотно заселенные районы с несоответствующей принятым нормам инфраструктурой (требующие капитального ремонта дороги и канализационная система).

На деятельность БАПОР как организации системы ООН распространяются соответствующие резолюции ООН, включая все документы, касающиеся палестинского вопроса.

БАПОР не участвует в переговорах по мирному разрешению Ближневосточного конфликта, а также не вовлечено в обсуждение долгосрочных решений проблем палестинских беженцев. Деятельность Агентства, по сути, носит гуманитарный характер, а его мандат, утвержденный Генеральной Ассамблеей ООН, ограничивает его действия оказанием помощи и предоставлением самых необходимых услуг беженцам. Безусловно, каждый подписанный документ в рамках мирного урегулирования противостояния на Ближнем Востоке в той или иной степени влияет на деятельность и обязанности БАПОР. Так, например, с образованием Палестинской Национальной Администрации (ПНА) Генеральный секретарь ООН предложил БАПОР в ограниченных пределах расширить сферу своей деятельности, включив в нее функции "пассивной защиты" на оккупированных Израилем территориях Западного берега и сектора Газа. В принятых после этого резолюциях Генеральной Ассамблеи этот подход получил поддержку, в результате чего была разработана схема правовой помощи, были привлечены дополнительные местные и международные сотрудники и направлены наблюдатели для мониторинга за соблюдением прав человека.

Агентство вступило в новую фазу более близких отношений с палестинским народом. А после подписания в сентябре 1993 г. Декларации "О принципах палестинского самоуправления на оккупированных территориях" БАПОР в целях поддержки мирного процесса приступило к осуществлению "Программы реализации мира". Программа включала проекты по улучшению состояния учебных заведений и медицинских учреждений, строительству жилья и других объектов инфраструктуры на случай чрезвычайных ситуаций, а также предоставление ссуд для малого бизнеса. Для этого Агентство привлекло финансовые средства 22 своих стран-доноров.

Одновременно с учреждением БАПОР в ООН продолжались переговоры о создании органа, которым впоследствии стало Управление Верховного комиссара ООН по делам беженцев. Однако, когда было создано БАПОР, арабские государства настаивали на том, чтобы палестинские беженцы, получавшие помощь по линии Агентства, не включались в мандат УВКБ ООН и в сферу действия Конвенции Организации Объединенных Наций о статусе беженцев 1951 г. Арабские государства были обеспокоены тем, чтобы обсуждавшееся в ходе работы над проектом Конвенции определение понятия "беженец" на индивидуальной основе не подорвало положение палестинцев, чьи права на возвращение на групповой основе уже были признаны в резолюциях Генеральной Ассамблеи. Другие стороны выражали также опасения в связи с тем, что неполитический характер деятельности, предусмотренный для создававшегося УВКБ ООН, будет несовместим с крайне политизированным характером палестинского вопроса.

Именно поэтому из сферы действия принятого в 1950 г. Устава УВКБ ООН и Конвенции ООН о статусе беженцев 1951 г. были выведены "лица, которые в настоящее время пользуются защитой или помощью" других органов или учреждений Организации Объединенных Наций. Географически сфера деятельности БАПОР, как уже было упомянуто, ограничивается пятью территориями. Палестинский беженец подпадает под мандат УВКБ ООН или под действие Конвенции 1951 г. лишь в том случае, если оказывается вне географических рамок деятельности БАПОР. Так, уже на протяжении более 50 лет продолжается тесное сотрудничество этих двух организаций. УВКБ является главным органом в системе организаций, призванных реагировать на все крупномасштабные чрезвычайные ситуации, связанные с беженцами, и, как и прежде, в рамках своей конституции продолжает оказывать ту или иную помощь палестинским беженцам, находящимся за пределами пяти стран, подотчетных БАПОР.

Сравнивая эти две организации, надо отметить основополагающие принципы работы каждой из них.

В обязанности БАПОР входит оказание помощи в виде предоставления услуг только одной группе людей - палестинским беженцам, и только тем из них, которые зарегистрированы и находятся на территориях действия Агентства, тогда как УВКБ ответственно за судьбу беженцев во всем мире. В задачи БАПОР в отличие от УВКБ ООН не входит поиск постоянных решений для находящихся под его опекой беженцев. Кроме того, мандат БАПОР касается главным образом оказания беженцам гуманитарной помощи и основных услуг, а не предоставления международной защиты, чем в отличие от БАПОР в первую очередь призвано заниматься УВКБ ООН. БАПОР не были предоставлены полномочия для защиты палестинских беженцев - эта ответственность полностью возложена на страны убежища.

Уникальность БАПОР состоит еще и в том, что оно является единственным агентством системы ООН, которое подотчетно непосредственно Генеральной Ассамблее ООН.

В отличие от остальных организаций системы ООН, которые осуществляют свою деятельность через местные власти или другие руководящие агентства, БАПОР работает с палестинскими беженцами напрямую, без посредников. Это позволяет эффективно координировать работу своего персонала (более 23,5 тыс. человек) и быстро реагировать на складывающиеся обстоятельства.

В таких областях, как образование и здравоохранение, БАПОР тесно сотрудничает с ЮНЕСКО и ВОЗ. Для выполнения своих программ помощи палестинским беженцам обе организации выделили квалифицированных специалистов-международников. Агентство постоянно получает поставки медикаментов от ЮНИСЕФ и Фонда ООН по деятельности в области народонаселения (ЮНФПА).

БАПОР также сотрудничает со специальным представителем ООН на Ближнем Востоке, назначенным в целях содействия достижению мирного урегулирования ситуации в регионе.

На протяжении всего своего существования Агентство тесно сотрудничает с многочисленными неправительственными организациями в таких областях, как медицина, техника, просвещение, а также в области защиты прав человека.

Отношения между Оккупированными территориями (с 1994 г. Палестинской Национальной Администрацией - ПНА) и Государством Израиль всегда были непростыми, что в свою очередь отражалось на деятельности БАПОР и условиях проживания палестинских беженцев.

Уже сама численность палестинских беженцев является спорным вопросом и одним из многочисленных "камней преткновения" в арабо-израильском конфликте. К моменту создания в мае 1948 г. Государства Израиль арабское и еврейское население Палестины, бывшей под управлением Великобритании, находилось в состоянии борьбы. За провозглашением Государства Израиль последовала интервенция со стороны некоторых арабских государств, и в результате разразившегося вооруженного конфликта 700-800 тыс. палестинцев были вынуждены искать убежища, в первую очередь, на Западном берегу реки Иордан, в секторе Газа, в Иордании, Ливане и Сирии. Около 150 тыс. палестинцев остались в Израиле и стали гражданами нового государства.