Сразу же после приобретения Черемушек С.А. Меншиков капитально перестроил усадьбу. К этим работам он привлек выпускника Санкт-Петербургской академии художеств (впоследствии академика) Ф.-К.-Х.Вильстера, по проекту которого, выполненному в 1786-1787 гг., был сооружен сохранившийся до наших дней каменный двухэтажный господский дом, поставленный на месте предыдущего (в литературе долгое время строительство Черемушек ошибочно связывалось с так называемой казаковской школой, т.е. с московскими зодчими). Не исключено, что именно Ф.-К.-Х.Вильстер проектировал и другие сооружения, возведенные в Черемушках одновременно со строительством господского дома. Тогда был заново оформлен ансамбль курдонера (парадного двора), сооружен огромный комплекс "Экономии", объединяющий служебные и хозяйственные постройки. Все они, как и господский дом, выполнены в классицистических формах и до сих пор определяют художественный облик Черемушек.

Проведенные в усадьбе работы отражены в описании Московского уезда 1800 г. Если до приобретения С.А. Меншиковым Черемушек большинство усадебных построек были деревянными, то теперь "село Знаменское, Черемушки тож, князя Сергея Александровича Меншикова с выделенною церковною землею", находившееся "на левом берегу речки Коршунихи, которая местами пересыхает", еще имело и "дом господский каменный о двух этажах [со] службами каменными и деревянными". Кроме построек в усадьбе находился "сад регулярной, в нем шесть копаных прудов, из коих в четырех саженная рыба караси", по соседству "лес растет дровяной березовой и осиновой", в котором "звери бывают лисицы и зайцы, птицы мелких родов". Оранжереи в этом описании не отмечены, видимо, тогда их еще не было. Из хозяйственных документов следует, что впоследствии оранжерейное хозяйство Черемушек велось в достаточно крупных масштабах: различные экзотические растения и фрукты выращивались в теплицах и открытом грунте, горшках и кадках.

После вступления на престол Александра I С.А. Меншиков оставил службу и в основном жил не в подмосковной усадьбе, а за границей, по большей части без своей семьи. Созданный им черемушкинский ансамбль не понес значимых утрат даже в Отечественную войну 1812 г. В отличие от владельцев других усадеб С.А. Меншиков не просил у государства помощи. Это объясняется тем, что в Черемушках уже тогда не было крепостных крестьян, а вся обслуга была наемной.

В 1815 г. Черемушки унаследовала жена Сергея Александровича княгиня Екатерина Николаевна Меншикова, урожденная Голицына (1746-1832), в молодости славившаяся своей красотой и свободным образом жизни. "Первооткрыватель" Черемушек Ю.И. Шамурин с грустью констатировал практически полное отсутствие мемуарных источников об этой усадьбе как при Е.Н. Меншиковой, так и при ее муже: "Московские бытописатели начала Х!Х-го века, охотно и пространно рассказывающие о Кускове, Люблине и Останкине, ничего не говорят о Черемушках. Владельцы усадьбы Меншиковы не пользовались в Москве широкой популярностью, не отличались ни хлебосольством, ни причудами, главными козырями известности в Москве начала Х!Х-го века. Их усадьба не носит роскошного показного облика; это красивое и удобное жилье культурного дворянского рода". Есть основания предполагать, что на время Е.Н. Меншиковой приходятся строительные работы, в ходе которых часть усадебных построек была реконструирована и приобрела стилевые черты, свойственные московской архитектурной традиции послепожарного времени.

При ней с Черемушками оказалось связано имя главы московского кружка "любомудров" поэта Д.В. Веневитинова. Он побывал в усадьбе Е.Н. Голицыной в 1820-х гг.

В 1832 г. Черемушки вместе с другими имениями унаследовали сыновья владелицы - князья Александр (1787-1869) и Николай (1790-1863) Сергеевичи Меншиковы (историк русского двора XIX в. князь П.В. Долгоруков считал, что настоящим отцом А.С. Меншикова был шведский эмигрант граф Густав-Маврикий Армсфельд (1757-1814), бывший в России членом Государственного совета). Уже в 1833 г. Меншиковы произвели раздел наследства, по которому "подгородняя дача, именуемая село Знаменское, Черемушки тож, с землями, лесами, каменными и деревянными строениями, с мебелью, плодовитым садом и оранжерейными плодовитыми и фруктовыми деревьями, с посудою, всякого звания земледельческими орудиями и машинами, с пожарным, кузнечным и столярным инструментом и с конскою упряжью" досталась Н.С. Меншикову, в то время отставному гвардейскому полковнику и активному члену Императорского Московского общества сельского хозяйства. В свою очередь, его брат А.С. Меншиков получил наиболее ценное движимое имущество из Черемушек - драгоценности, фамильное серебро и многое другое, согласно обширному списку.

Н.С. Меншиков оставил службу вскоре после смерти отца. Примерно на то же время приходятся его известные попытки устроить собственную личную жизнь. Популярная московская барыня М.И. Римская-Корсакова имела основания считать, что Н.С. Меншиков женится на ее дочери Наташе. Однако матримониальные планы князя вскоре расстроились, о чем М.И. Римская-Корсакова с огорчением сообщила в письме подруге: "Олсуфьев женится на [М.П.] Кавериной, Меншиков, говорят, тоже на Кавериной [ее младшей сестре. - М.К,]. Это Олсуфьев работает и для себя и для него, -они большие приятели. И признаюсь тебе, очень мне грустно, что князя Меншикова из наших рук отбил Олсуфьев. Пускай бы уж кто другой, а не этот дурак. Смерть досадно, признаюсь тебе, мой милый друг; думала, что Меньшиков будет наш". Однако Н.С. Меншиков не женился и на Кавериной и в результате остался холостым.

В Черемушках Н.С. Меншиков почти постоянно вел строительные работы. Значительной реконструкции подвергся парк, в котором были изменены направления некоторых дорожек. Кроме того, парк украсили два павильона, выполненные в традициях архитектуры классицизма: "Миловида", поставленная в линию с сооруженным ранее Чайным домиком, и небольшой павильон наподобие мавзолея с четырехколон-ным портиком, находившийся в запрудной части парка. Подобные "мавзолеи", служившие напоминанием о вечности, были одной из любимых парковых затей во многих усадьбах: Павловске, Яропольце Волоколамского уезда, Авчурине Калужской губернии и других. Были сооружены новые прачечная, людские, кухонный флигель и другие здания, перестроены Чайный домик, оранжереи и грунтовые сараи.

После смерти Николая Сергеевича в 1863 г. Черемушки унаследовал его брат, который долгое время занимал ряд крупных постов: был членом Государственного совета, финляндским генерал-губернатором, управляющим Морским министерством. Один из владельцев Узкого, граф Е.П. Толстой, характеризовал его следующим образом: "Князь Меншиков, человек ученый, довольно умный, деятельный; начальник прекрасный. С этой стороны нельзя на него жаловаться; но вместе с тем он человек самый прозаический и мелочный; не понимает ни музыки, ни стихов, ни благородных побуждений, одним словом человек без души, совершенно и во многом сходен с Нейгард-том. Разница только в том, что он гораздо образованнее ." На А.С. Меншикова как на бывшего главнокомандующего во время Крымской войны, в значительной степени спровоцированной его бездарной дипломатией, общественное мнение списало все неудачи военных действий. Армия князя не любила, сам он, вечно недовольный тем, как идут дела, никого не награждал; перед сражениями не было молебнов, после сражения главнокомандующий не объезжал поля битв и не выражал соболезнований об убитых и раненых.