Кроме разграбления собора французы совершили и осквернение его. Так они устроили посреди собора горн, в котором переплавляли ризы с икон и пережигали священные парчевые облачения. Снявши дорогое паникадило они повесили на крюк, на котором оно висело, весы, и взвеишвали на них получавшиеся от плавки слитки золота и серебра. После их ухода на одном из столпов собора была анйдена надпись, гласившая, что в Успенском соборе наполеоновскими солдатами было переплавлено всего 325 пудов серебра и 18 пудов золота.

Кроме того в соборе было устроены стойла для лошадей. Иконы в большинстве случаев оказались исцарапанными, некоторые - со вбитыми в них гвоздями, так что иконописцам впоследствии пришлось возобновлять 375 икон. Вся стенопись собора, которая была произведена в конце XVIII столетия, была испорчена копотью от костров, с помощью которых неприятель обогревал собор, еще не имевший печей, и летевший из горна изгарью от пережигавшихся парчевых облачений.

Вошедшие в Кремль русские войска (первым вошел полк князя Шаховского) нашли в соборе кучи навоза и гниющих овощей, заколоченные досками царские врата, расцарапанные и лишенные глаз лики образов. Тела митрополитов Ионы и Петра были выброшены из рак.

Насколько было велико опустошение собора видно из того, что на ео возобновление (в докладе преосв. Августина значится: "и других соборов", но о других соборах упоминается далее отдельно) издержано было 192 135 р. 54 коп. Захватчикам, впрочем, не удалось увезти всю свою добычу: 52 фунта серебра, отбитого М.И. Кутузовым и И.Ф. Кампиони пошли на возобновление раки митрополита Филиппа. А нынешнее паникадило - большой соборный светильник весом 328 кг - отлито из серебра, отбитого казаками.

2-го февраля 1818 года для Успенского собора были установлены новые штаты, по которым священно- и церковно-служители стали получать следующее содержание: протопресвитер - 2000 р., сакелларии по 950 р., четыре пресвитера по 850 р., протодьякон 1000 р., 4 дьяклна по 750 р. псаломщики и пономари по 150 р. В 1822 г. Император Александр I даровал некоторым служителям дополнительное содержание: сакеллариям "как хранителям Ризы Господней и святыни собора вообще" и двум пресвитерам, приставленным к мощам св. Петра митрополита по 250 р., псаломщикам и пономарям по 150 р. Эти штаты просуществовали более 75 лет и только в самом конце XIX века, 30 мая 1894 г. были Высочайше утверждены, а с 1 января 1895 г. введены в действие новые штаты Успенского собора, по которым протопресвитер стал получать 3000 рублей, первый сакелларий 2000 р., второй сакелларий 1800 р., семь пресвитеров и протодьякон по 1500 р., пять дьяконов по 1000 р. и два пономаря по 600 р.

В 1856 г. в соборе устроили отопление. В связи с этим западное крыльцо собора превратили в закрытый тамбур, а во время подготовки к коронации в 1896 г. Николая II сделали новые металлические переплеты и дубовые двери по рисунку известного архитектора К.М. Быковского. Коронация Николая II 14 мая 1896 года оказалась последней коронацией в Успенском соборе. В соборе Николая и его супругу Александру Федоровну ждало тронное место, обитое малиновым плюшем; император пожелал короноваться на престоле Михаила Федоровича, основателя династии Романовых, а для супруги выбрал обложенный костью трон, по преданию принадлежавший Ивану III - строителю Успенского собора. Корону государю передал митрополит Палладий в тот момент, когда Николай возложил ее на голову грянули пушки и зазвониил колокола. Коронационные торжества продолжались несколько дней; к сожалению они ознаменовались не только праздниками, но и Ходынской катастрофой.

В 1817 - 1819 гг. ежегодный доход Успенского собора равнялся приблизительно 10 000 р. (Из них примерно половину давала продажа свечей. Доход от продажи свечей вырос с 1000 р. в начаел XIX в. до 5 000 р.). Такой суммы было более чем достаточно для удовлетворен7ия различных нужд собора, часть сумм оставалось и в 1819 г. часть этих остатков (14 788 р. 87 с половиной коп.) была истрачена с разрешения Синодальной конторы на устройство серебряных лампад перед местными иконами. (До 1812 г. перед местными иконами висело 10 серебряных лампад, в 1812 г. они были похищены французами и вместо них были повеешны 10 медных посеребренных. В 1819 г. пять из этих лампад были заменены серебряными.)

В начале XIX века в соборе вводится институт церковных старост. Постановление Св. Синода о введении этого института в соборе состоялось в начале 1812 г., но к практическому осуществлению приступили только через пять лет. Первоначально старосты Успенского собора выбирались московским городовым магистратом из среды купцов или мещан. Избранное магистратом лицр утверждалось ("определялось на должность") московской Синодальной конторой, которая предварительно осведомлялась, согласны ли протопресвитер и сакелларии, чтобы это лицо было старостой. Утверждение могло состояться лишь при получении такого согласия. Староста Успенского собора, подобно другим церковным старостам, выбирался на три года. По истечении этого срока он мог быть оставлен на второе трехлетие, если только протопресвитер и сакелларии находили, что он полезен для собора. Первым старостой Успенского собора 29 января 1817 г. стал московский 2-й гильдии купец Сергей Федорович Болдырев. После упразднения Магистрата в середине 60-х годов XIX столетия право избрания старост перешло к Московской городской Думе. В обязанности старост входило заведование церковным хозяйством собора совместно с сакеллариями под высшим наблюдением протопресвитера.

Реставрация Успенского собора Московского Кремля в конце XIX - начале XX вв.

В конце XIX - начала XX веков была произведена реставрация Успенского собора.

Работы проводились в два этапа. Первый из них осуществлялся в 1894—1896 гг. под руководством архитектора К. М. Быковского под наблюдением Московского археологического общества (МАО). Целью работ была провозглашена полная реставрация собора. Прежде всего имелось в виду вернуть прежнюю форму сильно растесанным окнам первого яруса. В нижних оконных проемах были открыты следы прежних окон. По ним восстановили прежние очертания, вписывавшиеся в аркатурный пояс собора. (На западной стене в чердаке тамбура было найдено и целиком заложенное окно между колонками аркатурного пояса). При сужении окон были озабочены возможным уменьшением освещенности собора. Освещенность проверяли, прикрывая будущие закладки деревянными щитами. Для уменьшения потерь света решили восстановить габарит окон только на внешней поверхности фасадов, сразу же после наружных рам начав откосы внутрь храма. Этим приемом достигалось и сохранение интерьера храма. Новые откосы, чтобы меньше повредить роспись стен, делались не каменными, а алебастровыми по проволочной сетке. Для увеличения освещенности в окна были вставлены цельные стекла в тонких металлических рамах. Этому приему было дано и совершенно новаторское по тем временам эстетическое обоснование: тонкие рамы "прямо, откровенно, правдиво не представляют никакой попытки приблизиться под старое, что при условии достаточного освещения, восстановить невозможно". Едва ли не впервые в качестве достоинства реставрации выдвигается непохожесть новых элементов на исторический прототип, "правдивость", в этом смысле, проведенных работ. Но окна в плоскости фасада и зеркальные стекла серьезно исказили образ собора, лишив стены массивности толщины, превратив их лишь в ограждающие поверхности. Окна алтарных абсид тоже были уменьшены. Но поскольку достоверных свидетельств об их изначальных габаритах не было, окнам была придана форма, соответствующая членениям наружных фасадов и внутренних очертаний сводов.По найденным остаткам восстановлены валики окон второго яруса, а по аналогии — и окон абсид. Восстановлены и валики окон малых барабанов, но здесь, из-за малой толщины стенок, не перелицовывали кладку, а сделали профиль только из штукатурки.