Неоднократно в XVII проводились поновления росписей. В 1642-1643 году проводились обширные работы по восстановлению стенного письма. Работы проводила группа царских и "городовых" иконописцев под руководством Ивана Пасеина. Фрески согласно царскому указу повторяли живописные сюжеты 1513-1515 гг. Кроме того в соборе были устроены слюдяные двери с медными решетками. По окончании работ большая часть лиц, принимавших в них участие получили от царя щедрые подарки сукнами, соболями, серебряными кубками и ковшами. В 1660-х годах поновлялась живопись наружных стен: над алтарями, над северными и западными дверьми. В 1673 году под руководством Симона Ушакова были написаны вновь находившиеся над южными дверьми образа Спаса Нерукотворного и Пречистой Богородицы со святыми. В 1653 году были предприняты обширные работы по капитальному ремонту иконостаса. Возобновлена живопись, сделаны серебряные оклады на иконы и серебряные подсвечники.

Ремонтными работами 1620-х годов не удалось полностью исправить положение. Из-за неравномерной осадки фундаментов на протяжении всего XVII века западная стена собора находилась в аварийном состоянии. В 1683 году, после очередного большого пожара (к этому времени уже окончательно погибло в пламени белокаменное убранство барабанов, карнизы барабанов почти полностью осыпались) собор еще раз капитально ремонтируется. В нем заново "пробираются" стрелки сводов, а барабаны укрепляются связями "накрепко" и вычиниваются. Тогда же были сняты первоначальные архивольты - их заменили мелкопрофилированными кирпичными архивольтами, характерными для XVII века. Собор из противоаварийных соображений был связан в уровне пят сводов дополнительными связями.

Собор был свидетелем многих событий, особенно во время бурного начала XVII века. В 1605 г. восставшие москвичи, выступившие на стороне самозванца, разгромив дворы Годуновых, многих бояр, дворян и дьяков, ворвались в Успенский собор "со оружием и дреколием", как вспоминал впослед-ствии патриарх Иов, прервали богослужение и "извлекши его из алтаря,. по церкви и по площади таская позориша многими позоры". Лжедмитрий I, вступив в Москву, венчался в Успенском соборе на царство 21 июля 1605 г. патриархом Игнатием, сменившим Иова, отправленного в ссылку. В мае 1606 г. в Успенском соборе состоялось венчание самозванца с Мариной Мнишек. Маленькой ростом Марине сделали скамеечки, чтобы она могла прикладываться к образам. Поляки, приехавшие с ней в Москву и присутствовавшие на свадьбе, вели себя вызывающе. После избрания в 1606 г. на Красной площади Василия Шуйского его сторонниками царем он отправился в Успенский собор, где дал "крестоцеловальную запись" в том, что при нем не будет нарушений феодальноп законности, совершавшихся при Грозном и Годунове. "Крестоцеловальная запись" Шуйского, данная в торжественной обстановке Успенского собора, приобретала, по мнению Л. В. Черепнина, "характер обязательств, якобы взятых на себя верховным правителем перед народом". Другое шумное церковное выступление было организовано в Успенском соборе в связи с затянувшейся осадой Калуги, где укрылся после отступления от Москвы с остатками своего войска Болотников. Исход борьбы был еще неясен, и в Успенском соборе в присутствии царя, патриарха Гермогена, царского двора и московских жителей специально привезенный из Старицы бывший патриарх Иов освободил москвичей от прежних клятв, в том числе "царю Дмитрию", под лозунгом которого развивалось восстание.Пострадал собор и во время разорения Москвы польскими войсками и большим отрядом немецких наемников в 1611-1612 гг. Серебряные предметы из него пошли на изготовление денег для уплаты войску. К этому же времени относится и утрата золотой крышки раки митрополита Петра.

В XVII веке (а вероятно и ранее) дворы Успенских соборян были расположены в Кремле около Тайницких ворот. Земля, на которой были расположены дворы богородицких священнослужителей, принадлежала Успенскому собору, но сами строения, дворы, составляли частную собственность, принадлежали тем, кто там жил. Если какой-нибудь священнослужитель Успенского собора умирал, или почему-либо должен был выйти из состава его причта, то заместитель умершего или ушедшего приобретал его дом за ту цену, которую назначал протопоп с братией. С 1654 г. дворы Успенских соборян были "обелены" (освобождены от налогов), но в начале XVIII века Петр I, несмотря на свою жалованною грамоту, взимал с дворов "банные" деньги в размере 1 р. с каждой бани.

Сторожа и звонари Успенского собора жили вместе в Белом городе на Рождественской улице, в приходе у церкви Николая Чудотворца Божедомского, получившей прозвание "в Звонарях". В 1659 году там было 14 дворов, в 1703 г. - 16 дворов. Земля на которой стоял двор так же принадлежала собору, а двор должен был приобретаться преемником, устанавливалась ли цена принудительно или

История памятника. XVIII век

В начале XVII века была произведена реформа в сфере управления русской церковью. После смерти в конце 1700 г. патриарха Адриана никто не был назначен его преемником. Стефану Яворскому, митрополиту рязанскому и муромскому было поручено исполнять обязанности патриарха, с титулом местоблюстителя патриаршего престола. А в 1721 году вместо единого патриарха во главе русской церкви была поставлена коллегия духовных сановников.

С уничтожением патриаршества Успенский собор лишился важного источника его содержания; после этого у него остался только один источник материального обеспечения - государственная казна. Так продолжалось до 1764 года. Кроме того при патриархе протопоп с братиею стояли в стороне от всех производимых работ, им надо было только заявить куда следует о том, что надо произвести те или иные работы. В начале XVIII века наем рабочих и наблюдение над ними было предоставлено успенскому причту. Производство любых работ теперь было сопряжено с довольно большой бюрократической волокитой.

В 30-х годах для производства ремонта ключари должны были обращаться в Московскую синодального правления Канцелярию, эта последняя отправляла "ведения" в Московскую Сенатскую Контору. Получив "ведение" Сенатская Контора отправляла указ в Коллегию Экономии Синодального Правления. Кроме того прежде чем обратиться с ведением в Сенатскую контору синодальная канцелярия посылала в Синод доношение о необходимости произвести в Успенском соборе различные поправки, а в ответ на это доношение Синод посылал указ, которым предписывалось сделать те или иные работы. Но, например, в 1740 г. эти поправки не были произведены и в 1741 г. ключари подали в синодальную канцелярию новое доношение, и весь круг повторился.

После уничтожения патриаршества духовенство Успенского собора подчинилось на некоторое время местоблюстителю партиаршего престола. С 1711 года к участию в церковном управлении был привлечен Сенат. Такой порядок управления продолжался до 1721 года, когда был учрежден Синод. С этого времени священно- и церковнослужители Успенского собора стали в полную зависимость от св. Синода. От него исходили распоряжения о церковных службах и церемониях, совершавшихся в Успенском соборе они назначали и смещали причетников и священнослужителей этого собора.