Вновь учрежденными объединениями были Общество любителей естествознания (позже естествознания, антропологии и этнографии), основанное группой молодых ученых и студентов во главе с А.П.Богдановым. Большой общественный резонанс получила организованная этим Обществом в 1867 году Всероссийская выставка в Манеже, на которую съехались более 80 гостей из славянских земель. Общество любителей естествознания устраивало научные экспедиции в Среднюю Азию, к Черному, Белому, Балтийскому морям, их результатами явились богатейшие коллекции, солидные научные издания. Крупное значение имело устройство в 1872 году Выставки прикладного естествознания, на основе которого был создан Политехнический музей. Благодаря организованным Обществом выставкам в Московском университете появились Антропологический и Зоологический музеи, в Московском публичном и Румянцевском музее – богатый этнографический отдел.

Возникали одно за другим и медицинские общества. В 1861 г. по инициативе Ф.И.Иноземцева и других медиков открылось Общество русских врачей. Оно выпускало «Московскую медицинскую газету», а позже – свои «Труды». Позже возникли Хирургическое, Акушерско-гинекологическое, терапевтическое общества и многие другие. Ядро их составляли университетские профессора и преподаватели; вместе с ними действовали врачи-практики.

К усилению и расширению влияния православия на население была направлена деятельность основанного в 1863 г. в Москве Общества любителей духовного просвещения. Возникло оно по инициативе московского митрополита Филарета и пользовалось поддержкой епархиальных властей. На первых порах Общество состояло из духовных лиц, но со временем к ним стали присоединяться миряне. Общество развернуло активную деятельность. Усилиями его членов удалось создать богатую епархиальную библиотеку, составлявшую к концу века более 15 тыс. книг (в том числе старопечатных) и рукописей. Большое внимание уделялось издательской деятельности. Выходившие «Чтения в Обществе любителей духовного просвещения» превратились позже в ежемесячный журнал. С конца 60-х гг. общество издавало «Московские епархиальные ведомости». Затем появился еще один – «Воскресные беседы». В целях популяризации православия издавались и распространялись также книги и брошюры религиозно-нравственного содержания, нередко их раздавали бесплатно, устраивались собеседования с народом – в библиотеке общества и в московских храмах, – на которые собиралось множество людей. Одним из аспектов деятельности общества явилась иконография; образовался отдел иконописания и церковной живописи, открылась школа иконописания, в которой детей бедного духовенства обучали древнему забытому ремеслу. Возник историко-археологический отдел.

В Москве образовывались также математические, научно-технические, архитектурные, промышленно-торговые и другие общества. При их участии устраивались всевозможные выставки, музеи, публичные лекции, издавались журналы, учебные пособия. Многие общества являлись центрами педагогической мысли, выступали как популяризаторы научных знаний, расширяли кругозор и повышали культурный уровень читающей и посещающей выставки публики.

Энергичную работу развернуло Московское археологическое общество, возникшее в 1864 году по инициативе графа А.С.Уварова. На созываемые обществом археологические съезды приезжали ученые и любители отечественной старины со всей России. Общество поднимало также проблемы отечественной истории, источниковедения, архивного дела. Периодически издавались «Труды» археологических съездов.