Отличительными чертами второй половины XIX столетия были вера в науку и просвещение как залог общего благоденствия, стремление образованных людей дать знания народу, а народа – получить знания. В стране развернулось общественно-просветительное движение. С энтузиазмом и бескорыстием в него включились многие люди – от студентов и гимназистов до маститых писателей и ученых – таких, как Л.Н.Толстой, И.С.Тургенев, университетские профессора. Повсеместно основывались комитеты грамотности, всевозможные просветительские общества, воскресные школы для народа. Возросла просветительная роль периодической печати, расширилась ее информативность. Популяризация научных знаний, обсуждение проблем просвещения заняли в газетах и журналах одно из видных мест. В московской журналистике тон задавали люди науки и университетского образования. Они же нередко выступали инициаторами новых изданий. Журнал «Русский вестник» вышел в свое время из университетской среды и его многие публикации имели общеобразовательное значение. Профессорским по преимуществу был и отпочковавшийся от «Русского вестника» журнал «Атеней». Московские профессора и литераторы активно сотрудничали и в петербургских журналах. На страницах периодических изданий широко публиковалась переводная западная литература, спрос на которую был чрезвычайно велик.

На фоне перемен просветительски настроенные авторы выступали против сословности дореформенной школы, бюрократического всевластия в управлении учебными заведениями, за открытие простора общественной и частной инициативе, за демократизацию образования. Особое значение придавалось общеобразовательной школе, которая должна была предшествовать специальному образованию.

Важнейшей задачей учебных заведений шестидесятники считали развитие в учащихся умственной самостоятельности. За это ратовала и демократическая и либеральная печать, включая «Русский вестник» М.Н.Каткова. Первостепенная роль отводилась личности преподавателя. Хорошего школьного учителя называли «одной из главных опор государства». Выдвигалось требование усиления связи школы с жизнью.

Почти ровно через год после празднования в январе 1855 г. столетия Московского университета, университетам разрешили принимать неограниченное количество студентов, генерал-губернаторов отстранили от управления учебными округами, еще ранее был снят запрет на преподавание философии и государственного права иностранных держав. Сужалась область запретного, расширилась тематика лекций, возросла их познавательная ценность.

На первый план выдвинулись общественные науки, наиболее тесно связанные с современностью – история, политическая экономия, правоведение. Шло интенсивное обновление профессорско-преподавательского состава. Среди преподавателей выделялись имена И.К.Бабста на кафедре политэкономии, Б.Н.Чичерина, преподающего право и законы, Ф.М.Дмитриева, ведшего курс иностранных законодательств, молодых историков С.В.Ешевского и Г.В.Вызинского, филолога Ф.И.Буслаева, молодого профессора Н.С.Тихонравова, читавшего лекции по русской словесности. На естественном отделении физико-математического факультета на смену зоологу К.Ф.Рулье пришли его ученики – А.П.Богданов, С.А.Усов, Я.А.Борзенков, которые способствовали быстрому восприятию эволюционной теории Дарвина в России.

Значительно возросла численность студенчества, с середины 50-х гг. в среде студентов увеличилась доля разночинцев. В 1860 г. в Московском университете из 1653 студентов более 1060 освобождались от платы за обучение по бедности.

В студенческой среде повышался интерес к науке. Помимо обязательных лекций, учащаяся молодежь посещала публичные, черпала знания из книг и периодики. Усиливалось и критическое осмысление предметов. Студенты занимались серьезными переводами и изданием иностранных авторов, втягивались в научную работу, сотрудничали в журналах, которые в свою очередь, особенно демократические, оказывали воздействие на формирование взглядов молодежи.

Студенчество открыто выступало за самоуправление, право голоса в университетских делах, за перемены в общем строе университетской жизни. Органом общественного мнения студенчества были университетские сходки, которые прочно вошли в студенческий быт.

Вторая половина XIX века – пора мощного подъема университетской науки. Перемены в стране, либерализация политического режима в годы демократического подъема и последовавшие затем реформы содействовали этому. Эпоха 60-х годов с ее культом науки и просвещения привлекла в университеты немало талантливых людей, выдвинув плеяду крупных ученых в разных областях знаний. Справедливо отмечалось: посеянное в 60-х годах позже дало богатую жатву.

Подлинный расцвет переживали гуманитарные науки. Историк С.М.Соловьев с начала 50-х годов выпускал ежегодно по тому своей «Истории России с древнейших времен» и подготовил за свою жизнь более 30-ти томов. Отечественную историю Соловьев разрабатывал по неизученным архивным источникам. На кафедре истории Соловьева сменил выдающийся исследователь и лектор В.О.Ключевский, славу которого составил его «Курс русской истории». Среди молодых историков 80—90-х гг. выделялись П.Н.Милюков, А.А.Кизеветтер, М.К.Любавский, Н.А.Рожков, М.М.Богословский, Ю.В.Готье.

Всеобщую историю с успехом преподавал с конца 60-х годов В.И.Герье, а затем его ученик П.Г.Виноградов и М.С.Корелин. Свою научную и лекторскую деятельность на кафедре всеобщей истории с успехом начал в 90-х гг. Р.Ю.Виппер.

На кафедре русской литературы работали академик Ф.И.Буслаев, Н.С.Тихонравов, сосредоточившие свое внимание на древнерусской письменности, заметно продвинув ее исследование. Изучение западноевропейской литературы возглавили Н.И.Стороженко, А.Н.Веселовский. Выдающееся значение приобрели труды по языкознанию Ф.Ф.Фортунатова, Ф.Е.Корша, В.Ф.Миллера. В Московском университете началась научная и преподавательская деятельность А.А.Шахматова.

Свет юридического факультета составляли С.А.Муромцев (впоследствии – один из главных деятелей кадетской партии, председатель Первой Государственной думы ), пропагандировавший в своих лекциях идеи правового государства; правовед, социолог, историк и этнограф М.М.Ковалевский; А.И.Чупров.

На кафедре философии преподавали П.Д.Юркевич, М.М.Троицкий, В.С.Соловьев, Л.М.Лопатин, а также известные философы братья князья С.Н. и Е.Н. Трубецкие. Во многом благодаря этим именам в России образовалась солидная философская традиция.

Большой подъем переживали и естественные и точные науки, сосредоточенные на физико-математическом факультете. Среди преподавателей факультета – ряд крупнейших научных авторитетов: физик А.Г.Столетов, преподававший в Московском университете 30 лет (1866—1896), в лице ученого выдающийся теоретик соединялся с блестящим экспериментатором. Его исследования в области электричества и магнетизма создали ему мировую известность и оказали заметное влияние на последующее развитие физики.

В начале 90-х годов в Московском университете начали работать выдающиеся физики Н.А.Умов и П.Н.Лебедев. Химик В.В.Морковников развернул в Московском университете большую исследовательскую и экспериментальную деятельность, которая содействовала отечественной промышленности, прежде всего нефтедобывающей и текстильной.