На другой день происходило погребение царя в Архангельском соборе. Тело его несли в санях стольники, а за ним в других санях несли молодую вдовствующую царицу Марфу Матвеевну Апраксину. За гробом шел царь-отрок. Но рядом с Петром, вопреки обычаю, шла девица-царевна Софья. Она громко голосила и покрывала своими воплями причитанья целой толпы черниц. Ей было 25 лет, она отличалась дородством и еще при покойном брате покинула терем и, владея немалым образованием, принимала участие в делах правления. По окончании погребения царевна Софья, возвращаясь во дворец, всенародно вопила: "Брат наш, царь Феодор, нечаянно отошел со света отравою от врагов. Умилосердитесь, добрые люди) над нами, сиротами. Нет у нас ни батюшки, ни матушки, ни брата-царя. Иван, наш брат, не избран на царство. Если мы чем перед вами или боярами провинились, отпустите нас живых в чужую землю, к христианским королям".

Это показывало, что Софья уже в этот момент готовилась вырвать правительственную власть из рук Нарышкиных и овладеть ею. Ее агенты с первых же дней стали шнырять в Стрелецких слободах, за Москвой-рекой: в приходах Троицы в Вишняках, Петра и Павла на Калужской улице и Казанской у Калужских ворот, в Земляном городе, у Пимена в Воротниках, у Сергия в Пушкарях, у Троицы на Листах, у Николая Чудотворца в Воробине, у Спаса в Чигасах за Яузой.

Мы не станем описывать известные подробности Стрелецкого бунта, отмеченного кровавыми явлениями и утихшего к концу мая 1682 года государственным переворотом, выразившимся провозглашением первым царем Иоанна, вторым - Петра, а правительницей Софьи. Упоминаем бунт раскольников, опиравшихся на стрельцов и дошедших до дерзкого требования, чтобы цари венчались по старым обрядам. Памятниками этого Смутного времени в Москве явились столб на Красной площади, поставленный, по требованию стрельцов, с именами убитых ими бояр и с перечислением мнимых их вин, и гробница убитого тогда перед Красным крыльцом боярина Матвеева у Николы на Столпах.

Смута еще не улеглась, а венчание на царство обоих государей было совершено 25 июня. Все происходило по установившемуся обряду. Первым лицом при коронации был князь Василий Голицын. Перед возложением на государей венцов патриарх, облаченный в саккос митрополита Фотия, спросил царей, "како они веруют и исповедают Отца и Сына и Святаго Духа?" Государи в ответ на это прочитали вслух символ веры. Коронационный обед по установившемуся обычаю происходил в Грановитой палате.

Недолгое и смутное время правления царевны Софьи не могло оставить по себе многих памятников в Москве.

В ноябре 1682 года в Кремле произошел большой пожар; сгорели выстроенные Феодором деревянные хоромы Петра Алексеевича и царевен; загорелся Успенский собор, на котором сгорела медная кровля и в главах оконницы; все значительные иконы и мощи были вынесены в Архангельский собор на то время, пока шли работы по восстановлению первопрестольного собора. В возобновленном Успенском соборе патриарх поставил епископа Луцкого и Острожского Гедеона (князя Святополка-Четвертинского) в митрополита Киевского и Галицкого. Через три года на месте погоревших были выстроены новые деревянные хоромы для царя Петра и его матери (при дворце в садовом пруду Петр пускал маленькие кораблики), а для царевны Софьи и других меньших царевен были возведены трехэтажные каменные палаты, в нижнем этаже которых была устроена, по приказанию Софьи, комната, "где сидят с боярами и слушают всякие дела". В то же время на кормовом дворе, возле верхнего Красного сада и новых хором царя Петра, построена церковь Св. Петра и Павла. Для подкрепления Верхоспасского собора в Меньшой Золотой палате были подведены под своды крестообразные каменные "перететивы". Были возобновлены Грановитая, Золотая (средняя), Ответная и другие палаты. Вообще перед единодержавием Петра Кремль достиг апогея своего величия. Царские дворцы находились в самом цветущем состоянии, какого не достигали ни в одно из предыдущих царствований. В это время обширность и великолепие дворцов вполне выражали характер царской жизни, во всем ее блеске и пышности.

В 1686 году было окончено строительство церкви во имя святителя Алексия в Чудовом монастыре по чертежу, данному Феодором Алексеевичем. Цари Иоанн и Петр Алексеевичи собственными руками перенесли мощи святителя Алексия из храма Михаила Архангела во вновь построенную церковь, где они стоят и ныне. Царевна Софья участвовала, вопреки обычаю, в этом торжественном шествии. При большом звоне во все колокола правительница вышла с обоими царями из дворца и прошла с ними в Чудов монастырь. Здесь она во время службы стояла рядом с ними, а когда цари вместе с патриархом понесли угодника, она одна из всего царского семейства следовала за ними. С этих пор она не пропускала уже ни одного торжества или крестного хода, чтобы показаться народу. Этим она старалась достичь того, чтобы все привыкли смотреть на нее, как на свою царицу и самодержицу.

Памятником в Москве правления царевны Софьи был Каменный мост через Москву-реку, считавшийся чудом нашей столицы наравне с Иваном Великим. До этого времени Замоскворечье соединялось с Кремлем и Белым городом посредством так называемых "живых мостов", которые были составлены из плотов и разводились в половодье. Мы видели, что Михаил Феодорович для постройки постоянного каменного моста вызвал из-за границы инженера Ягана Кристлера, который сделал модель этого моста и начал его постройку. Но она остановилась в связи со смертью царя и возобновилась лишь при Софье Алексеевне и продолжалась пять лет, с 1682 по 1687 год. Строителем моста был какой-то монах, имя которого, к сожалению, остается неизвестным. Вбивали дубовые сваи в русло реки и, настлав их брусьями, выводили на них каменные сооружения. Постройки стоили так дорого, что тогда сложилась пословица: "дороже каменного моста". На левом берегу реки с двух сторон к этому мосту, называвшемуся Всесвятским, примыкали вторая кремлевская стена и стена Белого города, сходившиеся у Всесвятской стрельницы с проезжими воротами. У отводных его быков были пристроены водяные мукомольные мельницы с плотинами. На самом мосту стояли палаты Предтеченского монастыря, еще четыре небольшие палатки и деревянные лавки. На южном конце моста были ворота и палаты, над которыми возвышались два шатровые верха, увенчанные двуглавыми орлами. Под ними находились галереи, из которых деревянный сход вел на набережную к Царицыну лугу и Берсеневке. Здесь находились каменномостские бани.

Правление царя-девицы было смутно. Оно, как известно, началось буйством раскольников, которые, опираясь на сочувствовавшего им нового начальника Стрелецкого приказа князя Хованского и старообрядческую часть мятежного войска, под предлогом прений о вере с патриархом и всем Освященным Собором совершили буйство не только на Красной площади, но и в самой Грановитой палате, несмотря на присутствие здесь правительницы и обоих царей. Торжествовавшие раскольники праздновали свою мнимую победу и при колокольном звоне торжественно служили благодарственный молебен в церкви Спаса в Чигасах. Но скоро они по приказанию царевны были схвачены, и Москва видела, как казнили на Красной площади их вожака Никиту Пустосвята.