Наша история в царствование Феодора Алексеевича небогата фактами, потому что оно продолжалось всего шесть лет (1676 - 1682). Он вступил на престол в 14 лет и был очень хилого сложения. В день кончины своего отца он лежал больной в постели и его на руках принесли в Грановитую палату и посадили на престол.

Сама кратковременность этого царствования и сходство его по духу с последними годами правления царя Алексея Михайловича обусловили то, что оно не дало много нового.

Хотя Матвеев и Нарышкины подверглись в это время опале и удалению от двора, но начавшееся сближение с Западом продолжалось. Питомец прежде упомянутого Симеона Полоцкого, научившийся от него по-латыни и по-польски, сам писавший вирши, или стихи, царь Феодор не чуждался нововведений в духе Запада.

В придворной верхней типографии Симеон Полоцкий деятельно, без разрешения патриарха, печатал свои книги. Так, в 1680 году был напечатан в этой типографии тестамент Василия, греческого царя, а затем стихотворная псалтырь. При типографии находилось училище, помещавшееся в трех палатах, которым заведовал монах Тимофей, а учителями были приглашены два грека Лихуды. В 1684 году училище было переведено в Богоявленский монастырь. В 1685 году патриарх Иоаким перевел его в Заиконоспасский монастырь.

Симеон Полоцкий выработал проект преобразования этой школы в высшее училище - в Славяно-греко-латинскую академию, в которой должны систематически изучаться богословие, философия, пиитика, риторика и все части грамматики. Она должна быть не только рассадником науки, но и охранительницей православия: наблюдать за инославными иностранцами и судить еретиков. Но академия была открыта только после смерти Феодора Алексеевича, в правление царевны Софьи. Большой портрет этого царя до сих пор находится в Заиконоспасском училище. Симеон Полоцкий похоронен в Чудовом монастыре.

При Феодоре Алексеевиче продолжалось начатое еще при Михаиле Феодоровиче и Алексее Михайловиче преобразование нашего войска по западно-европейским образцам. Это обсуждалось на земском соборе, высказывавшемся в пользу уничтожения местничества и старинных родовых счетов бояр. И Москва была свидетельницей сожжения разрядных книг и заведения новых родословных. В это время число полков иноземного строя у нас было более 60, а именно 25 конных (рейтарских и копейных) и до 40 пеших солдатских. Душой этого преобразования был князь Василий Васильевич Голицын, любимец царевны Софьи. Он продолжал действовать в духе Ордына-Нащокина, который желал, чтобы мы учились хорошему у иностранцев, и советовал царю Алексею Михайловичу завоевать Нарву, Орешек (Шлиссельбург) и все течение Невы до Ньешанца, где впоследствии был построен Петербург, и в особенности Ригу, как важную пристань близ моря, что пролагало нам пути на запад.

Преемником при Феодоре Алексеевиче было отменено местничество, то есть право занимать придворные, военные и другие должности, запрещены были споры из-за них, были уничтожены разрядные книги и заменены родословными. Заменивший Нащокина, по управлению Посольским приказом, князь В. В. Голицын был горячим поклонником Запада, нередко забывавшим русскую старину. В его доме, в Охотном ряду, все было устроено на европейский лад: в больших залах простенки были заставлены зеркалами, на стенах висели портреты (парсуны) русских и иностранных государей и немецкие географические карты. У него была значительная библиотека, в которой русский летописец стоял рядом с немецкой геометрией. В библиотеке Голицына были и "Политичные думы" Крижанича. Голицынский дом был центром для приезжавших в Москву образованных иностранцев. Он вместе с другими придворными играл в хоромах царевны Софьи "Доктора поневоле" Мольера и часто говорил о необходимости для бояр ездить за границу и отдавать детей для обучения в польские школы. От Голицына иностранцы были без ума .

Под западным влиянием в Москве начинают замечаться в это время и бытовые перемены. Феодор Алексеевич в первый раз был женат на Агафье Семеновне Грушецкой, полячке по происхождению. Ее влиянию приписывают то, что в Москве начали в то время брить бороды, носить польские кунтуши и сабли.

В то же время царь, заметив беспорядки в езде по Москве, повелел боярам, окольничим и думным людям ездить в городе на двух лошадях. В праздничные дни боярам дозволялось ездить на четырех лошадях, а в случае свадьбы шестериком. В это время у нас появляются кареты.

При Феодоре Алексеевиче московские церкви были разделены на сороки, или заказы, и поставлены под ведение заказчиков, нынешних благочинных. Сороков было шесть: Китайский (159 церквей), Пречистенский (210), Никитский (176), Сретенский (150), Ивановский (117) и Замоскворецкий (131). Во всех сороках было 943 церкви, в том числе во имя св. Николая 128.

В Кремле, при Феодоре Алексеевиче, строились палаты для приказов. Так, в 1677 году готовы были нижние этажи 28 палат и стали строить верхние. На проезжих воротах была построена церковь Трех Исповедников. В 1680 году царь указал в новопостроенных палатах учинить приказы: от Архангельского собора Польский с четвертьми (4 палаты), у проезжих ворот Большая казна и Новгородский приказ с четвертьми. На Мстиславском дворе, от проезжих ворот, Поместный приказ с четвертьми (4 палаты), рядом Казанский дворец (в одной палате здесь был устроен колодец). Рядом с Поместным приказом поместился Стрелецкий. В Китай-городе, на Ильинке был выстроен храм Св. Николая (Большой крест).

Патриарх Иоаким в своей слободе на Козьем болоте, откуда тек ручей в речку Пресню, неподалеку от прудов, которые там были, приказал вырыть несколько прудов, из коих один существует до сих пор и называется Патриаршим. В 1681 году на Пресне был выстроен государев дворец и при нем каменная церковь Воскресения, отчего государево село стало называться Новым Воскресенским. В том же году сюда была перенесена деревянная церковь Николы Чудотворца "с Курьей ножки", близ Поварской.

В это царствование построена Дмитрием Калошиным близ Девичьего поля церковь Неопалимой Купины. Этот боярин особенно чтил икону Неопалимой Купины, находившуюся в Святых сенях перед Грановитой палатой. Однажды он попал в царскую немилость, хотя и не знал за собой никакой вины, и стал молиться перед этой иконой о небесном заступничестве. Богоматерь, явившись царю во сне, известила его о невинности опального. Освободившись от своей невзгоды, боярин в благодарность за это построил Неопалимовский храм.

27 апреля 1682 года удар колокола на Иване Великом возвестил Москве о кончине царя Феодора Алексеевича. Во дворец отправились патриарх Иоаким с архиереями и бояре. Собравшиеся прежде всего поклонились усопшему царю, а затем целовали руки его двум братьям царевичам Иоанну и Петру Алексеевичам. Приходилось решать вопрос, кому наследовать престол после бездетного Феодора. Старший его брат был болезнен, подслеповат и слабоумен (скорбен главою). Десятилетний Петр был крепок телом и уже обнаруживал замечательные способности. Немедленно духовные лица и бояре собрались, для решения вопроса, в передней палате. Большинство бояр, прибывших на случай смятения в панцирях, было на стороне Петра, но немало было и на стороне Иоанна. Чтобы прекратить недоумение, по совету патриарха было решено предложить это дело людям всех чинов Московского государства. В Москве находились призванные Феодором (по вопросу о податях и отправлении выборной службы) выборные люди. Народ собрался перед церковью Спаса за "золотой решеткою" и на предложенный патриархом вопрос провозгласил царем Петра. Он находился в это время у гроба брата. Освященный собор и бояре нарекли его здесь царем. Патриарх благословил государя-отрока крестом, и его посадили на трон. Бояре, дворяне и люди всяких чинов принесли ему присягу, поздравляли его с восшествием на престол и целовали царскую руку.