Немало памятников строительной деятельности царствование это оставило в Замоскворечье, для соединения коего с Белым городом начато было сооружение Каменного моста, для чего из Страсбурга был вызван (в 1643) мастер Анце Кристлер, привезший с собой медные и железные снасти и инструменты. Сделана была деревянная модель моста и начаты работы на реке, но они были остановлены смертью царя, и сооружение было окончено только при Софье Алексеевне. Многие церкви Замоскворечья были возобновлены после разорения, а другие построены вновь, как, например, Михаила Архангела, в Овчинниках.

В деревянном городе возобновлено было много старых церквей и немало было построено новых, каковы: Знамения за Петровскими воротами (каменная, вместо деревянной), Пимена в Старых Воротниках, Иоанна Богослова в Бронной, Преображения и Сергия Чудотворца в Пушкарях. В селах и слободах московских, вошедших затем в черту города, Михаил Феодорович тоже построил немало храмов; так, в селе Рубцове-Покровском, родовом владении бояр Романовых, где ныне Покровская община, построена была церковь Покрова, в память отражения от Москвы поляков, а также храм Введения в Семеновском. Ныне в память трехсотлетнего юбилея в бывшей вотчине царя построена большая Романовская больница.

Вообще царствование Михаила Феодоровича как восстановителя первопрестольной столицы в высокой степени важно для Москвы. Образованность ее в это время значительно подвинулась. Филарет Никитич, владевший образованием (он при Грозном от англичан научился по-латыни), заботился об его развитии: в Чудовом монастыре, ранее Заиконоспасской академии, он учредил славяно-греко-латинскую школу; собирал рукописи и книги; поощрял ученье; заботился об исправлении церковно-богослужебных книг; довел типографское дело в Москве до того, что иностранцы находили печатавшиеся тогда у нас книги не уступавшими иностранным. Ювелирное дело, чеканка монеты (впервые золотой), литье (колоколов и пушек), живопись и архитектура процветали в это время в Москве.

В апреле 1645 года Михаил Феодорович тяжко занемог. Его лечили иностранные врачи. В июле больному стало легче. Наступало 12 июня, день памяти св. Михаила Малеина и царских именин. Набожный государь хотел отстоять заутреню в Благовещенском соборе, но во время службы с ним сделался обморок, и его на руках отнесли в опочивальню. На следующую ночь, "уразумев свое к Богу отшествие", царь позвал царицу, сына Алексея, патриарха и ближних бояр. Простясь с царицей, он благословил царевича Алексея на царство и, причастившись святых тайн, тихо скончался. В тот же вечер совершен был вынос усопшего в Архангельский собор. Большие бояре несли тело в лубяных санях под бархатным покровом. Впереди шел патриарх. За почившим шел юный царь Алексей Михайлович, а за ним, тоже в санях, несли вдовствующую царицу. Она, склонив голову на грудь поддерживающей ее боярыни, горько плакала. Летописец говорит, что погребение сопровождалось "многим воплем и слезами народа".

Государь император поставил на гробнице родоначальника своего дома драгоценную лампаду и сам затеплил ее в память трехвекового юбилея, а великий князь Петр Николаевич устроил по собственному чертежу сень над гробницей Михаила Феодоровича.

Москва и Кострома ставят у себя монументы в память Михаила Феодоровича.