В это время по переписной книге 1646 года здесь значились одноглавая деревянная церковь, «крытый тесом двор боярский, двор конюшенный, двор скотный да 26 тягловых крестьянских дворов да бобыльских, 65 душ мужского пола». Для середины XVII века село считалось большим и богатым. Дворы села Ясенева отличались добротностью и хорошим состоянием. Но настоящую цену придавали им сады. Что это были за сады, можно судить по описанию в писцовой книге: «В селе же государевых два сада — один позади церкви подле государевой десятинной пашни, по мере того сада две десятины без четверти, да к тому же саду припущено из государевой десятинной пашни и из садовничьих дворовых усадных мест три десятины без полутрети десятины, а другой государев сад позади крестьянской усадной земли, по мере того сада десятина без четверти; у тех садов садовники .» Трех-четырёх садовников было достаточно, чтобы обиходить около шести гектаров яблоневого сада. На учете было каждое дерево: «И на церковной земле имелось девять дерев яблоневых».

Боярин Львов сделал многочисленные вклады в Ясеневскую церковь: украшения к иконостасу, рукописную книгу «Апостол», и выстроил «колоколицу на столбах на пять колоколов», также отлитых на средства Алексея Михайловича.

Умер он бездетным. После его смерти в 1655 г. и село в 1656 году царь Алексей Михайлович вновь забирает в Дворцовое ведомство. Ясенево опять стало дворцовым селом и оставалось во владении царей вплоть до 1690 г.

Место это так приглянулось царю, что он захотел превратить село в свою загородную резиденцию. Сюда Алексей Михайлович приезжал с молодой царицей Натальей Кирилловной, урожденной Нарышкиной, и малолетним Петром, будущим преобразователем России. Да и сам Петр I в недолгий благополучный период своего первого супружества, по преданию, «сиживал со своей кроткой царицей Евдокией Федоровной Лопухиной» под старым дубом, по преданию который сохранялся еще в нашем (XX) столетии.

В 1674 году рядом со старой церковью царь Алексей Михайлович приказывает построить новую — Знаменскую, большую и «дивно изукрашенную», трехъярусная, двухэтажная, трехпрестольная. Вот ее описание: « .село Ясинево на пруде, а в нем церковь Знамения Пресвятой Богородицы деревянная, верх шатровый, с папертью(верхняя церковь), да у той церкви церковь другая во имя святыя великомученицы Софьи(нижняя церковь), да по правую сторону церкви внизу придел Николая Чудотворца, на паперти лестница всходная, а под нижним рундуком верх шатровый; настоящая церковь и нижние церкви, алтарь и придел и паперть крыты тесом, а кресты обиты белым железом, строение великого государя, а строена 182 году (1674); у церкви той двери деревянные створчатые».

Лопухины

В 1688 году при Иоанне V Алексеевиче и Петре Алексеевиче село вместе с боярством было пожаловано боярину Федору (Иллариону) Абрамовичу Лопухину, на дочери которого, Евдокии в январе 1689 года женился царь Петр Алексеевич. В дарственной же от 11 января 1690 года значилось лишь «двор боярина, двор конюшенный, двор скотный, восемь дворов деловых людей», которые передавались в наследуемое владение с условием распоряжаться Ясеневом по своему усмотрению, только «в монастыри тое вотчину не отдавать», и если прервется род Лопухиных, вернуть усадьбу в Дворцовое ведомство.

Федор Лопухин не принадлежал к родовитой знати. В 1634 году он был стрелецким сотником, а позднее — Верхотурским воеводою. По подозрению в участии в заговоре Циклера и Соковнина и после заточения в 1698 году Евдокии в Суздальский монастырь Федор Лопухин впал в немилость и был послан на воеводство в далекую Точму. Умер он в 1713 году, и после него Ясенево унаследовал в 1697 году его сын Абрам Федорович.

Абрам Федорович Лопухин в 1697 году был послан в Италию для обучения корабельному делу. По возвращении в Москву он пользовался большим влиянием среди родовитого боярства, враждебного Петру и концентрировавшегося вокруг царевича Алексея. Абраму Федоровичу Лопухину были известны планы бегства и местопребывание царевича. В 1718 году он привлечен к следствию по делу царевича Алексея и 9 ноября казнен. Виселица с их трупами была убрана лишь в 1727 г., после кончины императрицы Екатерины 1 и возвращения Евдокии Федоровны ко двору. Движимое и недвижимое имущество его «взяты на государя», и Ясенево вновь поступило в Дворцовое ведомство.

Как свидетельствует опись начала XVIII века, составленная всвязи с конфискацией имения у Лопухиных по указу Петра I, в это время Ясенево было усадьбой дивной красоты. «С двух сторон к забору усадтбы подходил громадный фруктовый сад площадью 3,5 дес. с прудами… 1800 разного рода яблонь, сотни сливы и вишен. В саду разбит небольшой цветник, обсаженный с четырех сторон смородиною». Лишь в 1727 году конфискованное Ясенево возвратили одному из сыновей казненного вотчинника - Федору Авраамовичу (Абрамовичу) Лопухину (ум. в 1767 г.), впоследствии тайному советнику, кавалеру ордена Святой Анны Федор Лопухин был женат на Вере Борисовне, дочери прославленного генерал-фельдмаршала петровских времен Б.П.Шереметева — героя русско-прусской войны. В браке у них было семь дочерей. Богатейшее приданное супруги позволило новому хозяину Ясенева заняться самым широким строительством. Он кардинально перестроил всю вотчину: ее храм и усадебно-парковый ансамбль.

С 1733 г. Лопухин неоднократно подавал сии прошения на разрешение соорудить в своей усадьбе каменную церковь Петра и Павла вместо ветхой деревянной Знаменской церкви, которая «вельми обветшала и служить в ней невозможно».

Но лишь в 1751 году в царствование Елизаветы Петровны по указу Ее Императорского Величества и по определению Московской духовной консистории велено было в Пехрянское духовное правление, в ведении которого находился храм Свв. Апп. Петра и Павла, «послать указ: повелеть в указанном селе деревянную церковь освидетельствовать», и если «по свидетельстве явится, что она подлинно ветха и служения править в ней невозможно, то вместо той ветхой церкви в близости и на том же месте каменную церковь строить позволить наподобие прочия святыя церкви, алтарем на восток, и построя убати святыми иконами писанными по древнему Православной восточной церкви обычаю, … и прочим церковным всяким благолепием украсить и приличествующе ко освящению изготовить, дабы ни в чем недостатка не было. Когда оная церковь построена и всеми потребными удовольствована и ко освящению будет совсем в готовности, то описать в ней все порознь и ветхую церковь упразднити по освящении оной каменной церкви…»

Наконец, «по прошению статского советника Лопухина Ф.А. о постройке в его вотчине в Московском уезде в селе Ясенево вместо ветхой церкви Знамения Пресвятой Богородицы» начинается возведение новой, в стиле позднего барокко, церкви Петра и Павла — «зданием каменная, с таковым же приделом, трехярусной колокольнею и оградою, покрыта железом; утварью достаточна; причта положено издавна: священник, дьячок и пономарь», завершившейся «тщанием бригадира Федора Абрамовича Лопухина» в 1751 году (обновлена в 1863). Старая, к тому времени сильно обветшавшая, деревянная Знаменская церковь была разобрана. А новая, построенная, существует и поныне. Освящение храма состоялось в 1751-53 гг.