Здание церкви несколько раз пробовали отреставрировать, но работы по разным причинам вскоре прекращались. Однако двое ворот церковной ограды, слева и справа от колокольни, были воссозданы. Недавно к ней сделали неуклюжие одноэтажные пристройки. В 1995 г. восстановили единственную главу, отсутствие которой обедняло силуэт храма.

В 1960-х годах, к моменту внесения в список памятников истоpии и культуpы, подлежащих Госудаpственной охpане, сохpанилось только название села Коньково. А во всех стаpых спpавочниках, изданных до ХIХ века, в с.Коньково числилась церковь Живоначальной Тpоицы. Поэтому ошибочно было пpинято pешение, что частично сохpанившееся сооружение - это церковь Тpоицы (хотя это была церковь во имя Пpеподобного Сеpгия Pадонежского).

Так вкpалась ошибка во все последующие госудаpственные документы. Цеpковь была заpегистpиpована и пеpедана в 1990 году Пpавослaвной общине под наименованием: цеpковь Святой Тpоицы в Конькове.

В интерьере трапезной сохранился небольшой фрагмент росписи конца XIX - начала XX в., выполненной по решению Комиссии по сохранению древних памятников Московского Археологического общества. Ее члены на заседании 13 сентября 1897 г. пришли к выводу о необходимости удовлетворить просьбу Московской духовной консистории о проведении этой ремонтной работы в храме.

Внутреннее убранство церкви в настоящее время достаточно просто. Между тем, в ней есть несколько интересных икон, привнесенных совсем недавно. Одна из них является фрагментом барочных царских врат середины XVIII в. из неизвестной церкви. Он укреплен в первом этаже колокольни, над входом.

В августе 1990 года в храм был назначен первый настоятель. По различным обстоятельствам еще некоторое время службы не проводились, но к Пасхе 1991 года Храм был приведен в порядок: установлен временный иконостас, приобретены Священные книги , необходимая утварь и тогда же состоялась первая пасхальная служба.

В настоящее время воссоздана колокольня и подняты на нее колокола, восстановлены барабаны и главы на алтаре, колокольне и основном Храме, начато создание резного иконостаса и заполнение его иконами местного, праздничного и деиисусного рядов, почти закончено восстановление белокаменного декора и т.д. Возводится дом причта. В 1998г. к празднику Светлого воскресения Христова, были подняты и установлены позолоченные кресты на алтаре, основном Храме и колокольне.