Великий князь поехал за Яузу, к Николе Подкопаеву, поселился "на крестьянских дворах" и стоял там до ноября, пока на пожарище не приготовили новых деревянных хором. В этом же году велено было очистить все Занеглименье. Несмотря на жалобы, все хоромы и церкви были отнесены от кремлевской стены. Очищена была от строений и часть Замоскворечья против Кремля. Там был разведен сад, называвшийся Государевым Красным садом. Тогда же у стен кремля был вырыт ров с водой, также отчасти предотвращающий распространение пожаров, и организованы первые пожарные команды - особые заставы. В помощь приказчикам для дозора и тушения привлекались жители города.

Но пожары продолжались. 7 августа 1501 года в огне сгорел Рождественский монастырь. Один из самых страшных пожаров случился в 1547 году. Весной, 12 апреля выгорела часть Китай-города, примыкавшего к Москве-реке, с некоторыми церквями, Гостиным двором, лавками с богатыми товарами, Богоявленская обитель и множество домов от Ильинских ворот до Кремля и Москвы-реки. Одна крепостная башня, служившая пороховым складом, взлетела на воздух с немалой частью Китайской стены, пала в реку и запрудила оную кирпичами.

В тот же год, 20 апреля, выгорела часть посада около устья Яузы, на Болвановке, где жили кожевники и гончары. Но вот 3 июня в Кремле с деревянной звонницы упал большой колокол "Благовестник", когда начали звонить в него к вечерне. При падении у него отбились уши. Это сочли дурным предзнаменованием, которое не преминуло исполниться 21 июня, когда вспыхнул новый, еще не виданный с начала Москвы пожар. Предание гласит, что этот пожар предсказывал и Василий Блаженный.

Он начался около полудня с церкви Воздвижения на Арбате и сжег все Занеглименье. Поднявшийся сильный ветер быстро донес его до Москвы-реки, оттуда - в Кремль, где загорелись Успенский собор, царский дворец, казенный двор, Оружейная палата, потом Благовещенский собор, царские конюшни. Царь с супругой и боярами удалились в Воробьево. Погорели Чудов и Вознесенский монастыри. Еще одна пороховая башня Кремлевской стены взлетела на воздух. Пожар перекинулся на Китай-город и истребил оставшееся от первого пожара.

В большом посаде сгорело Чертолье до Семчинского села и Москвы-реки, Тверская, Дмитровка до Николо-Грачевского монастыря, Рождественка, Мясницкая до Фрола и Лавра, большая часть Сретенки, Кулишки с прилегающими улицами и слободами до Воронцовского сада и Яузы, Покровка до церкви св. Василия. Погибло много храмов, причем была утрачена масса древних книг, икон и драгоценной церковной утвари, даже Мощи Святых истлели.

В огне погибло по разным источникам от 1700 до 4000 человек. Чуть не задохнулся митрополит Макарий, собственноручно вынесший из Успенского собора образ Богоматери, написанный святителем Петром. Славная Владимирская икона Богоматери оставалась на своем месте: к счастию, огонь, разрушив кровлю и паперти, не проник во внутренность церкви. К вечеру затихла буря, и в три часа ночи угасло пламя; но развалины курились несколько дней. Ни огороды, ни сады не уцелели: дерева обратились в уголь, трава в золу.

Москвичи обвинил в бедствии семейство Глинских, а именно приписали его волшебству бабки Ивана Грозного. Молодой Иоанн остался еще младенцем сиротой и был избалован боярами, которые, не заботясь о воспитании в нем должных добродетелей, пытались приобрести его расположение, потакая прихотям ребенка. В результате такого "воспитания" Иоанн вырос, имея множество дурных наклонностей, в 17-летнем возрасте избавился от своих опекунов и предался необузданным страстям своим. Немало не заботясь о благе подданных своих, думал он лишь о собственном удовольствии. Народ страдал под жестоким игом. Пожар еще больше подхлестнул недовольства его, народ взбунтовался, москвичи убили в Успенском соборе князя Глинского и некоторых бояр.

Бедствие это и народные волнения произвели благодетельный переворот в душе царя. Когда Иоанн в гневе искал виновных, к нему явился священник по имени Сильвестр, который бесстрашно объявил ему, что сам царь виновник всех несчастий, и что бедствиями Господь наказывает его за жестокость и дурное правление. Слова правды сильно подействовали на него. Он осознал вину свою, лил слезы раскаяния, молил Бога о прощении и помощи и твердо решил исправиться. Через несколько дней, приобщившись Святых Тайн, Иоанн созвал народ на площадь. Кланяясь на все стороны, он просил у него прощения за прошедшее и обещал в будущем заботиться о счастье подданных своих и править с любовью и правосудием.

С этого времени начался блестящий тринадцатилетний период царствования Иоанна, прославленный завоеванием огромного поволжского пространства от Казани до Астрахани, удачной войной с Ливонией, изданием судебника и еще целым рядом правительственных преобразований. Одним из первых был закон о мерах по предотвращению огненной стихии.

Одно из первых упоминаний в летописях об организованном тушении пожара относится к 1562 году. 25 апреля, когда загорелись царские хоромы, " . божиею милостию взошли на чердак плотники многие и огонь угасили". Еще при Иване III в 1504 году были изданы указы, запрещающие в летнее время топить печи и бани без крайней необходимости, а по вечерам зажигать в домах огонь. Для приготовления пищи на "огородах" имелись специальные летние печи - поварни. Специальными указами предписывалось, чтобы в домах под рукой находились кадки с водой и мокрые веники для тушения искр. При Федоре Иоановиче были сделаны первые попытки планирования московских улиц, линии которых выпрямляли, а сами улицы делали несколько шире - был даже установлен определенный стандарт на ширину улицы - 12 и 6 сажен. Одновременно с этим горожанам было приказано освободить от застройки участки вдоль стен Китай-города и Белого города. А в 1584 году был организован Каменный приказ, которому, помимо всего прочего, вменялось в обязанности пропагандировать каменное строительство, и ссужать кирпичом и белым камнем горожан в рассрочку на 10 лет. Однако первыми каменными зданиями были не жилые дома, а церкви, возводившиеся на средства прихожан. Жилые же здания из камня возводились населением с большой неохотой. И дело тут не только в дороговизне каменного жилья. В древности существовало твердое убеждение в том, что проживание в таких зданиях крайне вредно для здоровья. В каменных палатах коротали свой век монахи, смиряющие плоть, да тюремные узники. А при строительстве жилых домов сырости "холодного" камня предпочиталось "живое" дерево. Кроме церквей и монастырей, из камня возводили еще лишь торговые помещения.

Однако уже к концу XVII века каменные постройки стали считаться престижными. Тогда же все деревянные храмы столицы были сменены каменными. Однако для этого Москве суждено было еще не раз стать жертвой "моды" на деревянные дома.

Самый страшный пожар случился в 1571 году, когда к Москве подошли войска крымского хана Девлет-Гирея. Ордынцы подожгли Москву, и ветер быстро разнес пламя по всей ее территории. Многие из ордынцев, которые пытались грабить богатые монастыри и церкви, гибли в огне и задыхались в дыму.