Из других благотворителей следует отметить крестьянина села Никиту Алексеевича Дрожжина, пожертвовавшего до 4 тыс. руб лей, 218-пудовый колокол и, возможно, кресты на храм; подрядчика Кудрявцева, за свой счет поставившего рамы; владельца музыкального магазина в Москве В.П. Рейнберга, пожертвовавшего священные сосуды; временного московского купца Федора Спиридоновича Рыбакова, поставившего за свой счет иконостасы в оба придела; старосту храма Петра Васильевича Фадеева, расписавшего его за свой счет.

3 ноября 1892 г. состоялось освящение храма с двумя престолами — главным во имя св. Иоанна Предтечи и боковым — во имя св. Архангела Михаила. От старого храма, по свидетельству современников, в это время оставалась уже только трапезная, в которой шла служба в период строительства. 24 июня 1893 г, был освящен второй придел — священномученика Власия. Что касается топографии села, то Братеево располагалось параллельно руслу реки Москвы по склону Братеевского холма с юго-запада на восток.

В конце XIX в здесь существовали улици Шмелевка, Гора, Паромная, Слободка. По берегу реки шла безымянная улица. Самым высоким местом села была юго-западная окраина, здесь стояла топографическая вышка. Восточную окраину замыкала улица Слободка, расположенная перпендикулярно к Москве-реке (ныне на ее месте улица Паромная). Старая Паромная улица шла параллельно Москве-реке от паромного причала до улицы Гора. Паромную переправу в Братееве построил в конце XIX в. уроженец села Софьино, бывший московский приказчик по имени Федор Антонович, который обслуживал ее вместе с сыновьями. Эта переправа просуществовала до 1934 г. В 1911—1913 гг. улицы Гора и Паромная были замощены камнем.

Относительный упадок садоводства в этом районе в конце XIX в., связанный с начавшейся конкуренцией подвозимых по железной дороге с юга ягод, а также с частыми заморозками и нашествиями вредителей, мало коснулся благосостояния жителей Братеева, так как наличие обширных «заводей» по берегу Москвы-реки давало возможность засаживать эти плодородные земли овощными культурами, такими же выгодными, как и плодовые. Среди овощей преобладали капуста, огурцы, свекла, редька (первые три занимали в 1911 г. соответственно 9,9%, 74%, 2,4% засаживаемых земель), причем капусту выращивали и на семена. Сады же занимали в 1911 г. всего 6,7% засаживаемых земель, причем основной культурой стала малина (78,58% всех садовых посадок). Следует также учитывать, что у Братеева береговой вал был не высок и полого спускался к югу, образуя мало защищенные от северных ветров котловины. Из-за опасности вымерзания сажать сады можно было только на южных склонах этих котловин, что во многом ограничивало развитие садоводства в Братееве. Основные площади занимал картофель (60,1%), зерновых было совсем мало. Капусту квасили на зиму в кадках и в дошниках — громадных кадках из сосновых досок, врываемых в землю почти в уровень с поверхностью, вместимостью 1200—1500 пудов (их имела почти четверть хозяйств). Для плотности укладки в дошник влезал человек в сапогах, обернутых чистыми мешками, и утаптывал капусту. Эта капуста шла на продажу, причем дошниковая считалась хуже кадочной.

В 1900 г. напротив церкви открыли начальную церковно-приходскую школу. Она была устроена в прекрасном по тем временам деревянном на каменном основании здании с тремя классными комнатами, приемной, раздевальней и квартирой учительницы. Дети учились в ней три года. Главными предметами в ней кроме Закона Божьего и церковного пения являлись письмо, чтение и арифметика. Девочек кроме этого обучали еще и рукоделию. При школе для местных крестьян периодически устраивали народные чтения с «туманными картинками» (как тогда называли слайды) на духовно-патриотические темы. После революции школа, изменившись в соответствии с новыми порядками, продолжала служить делу просвещения, а ее здание просуществовало вплоть до 1966 г.

В 1911 г. в Братееве числились 323 мужчины и 306 женщин. Отмечены трактир 3-го разряда и 2 овощные лавки. 55 хозяйств нанимали сельскохозяйственных рабочих (по сравнению с окружающими селениями это небольшая доля), использовались они на таких трудоемких работах, как прополка капусты, окопка садов, сбор урожая. В основном это были женщины, приходившие из южных губерний, которых называли «пололки». Промыслами занималось всего 39 человек.

По данным 1926 г., население села составило 837 человек. В 1930-е годы в Братееве был организован колхоз «Путь Ильича», о жизни котором у старожилов Братеева остались весьма нелестные воспоминания. Церковь была в 1930 г. закрыта и отдана под клуб (ее настоятелем тогда был отец Илья Зайцев).

Когда фашисты подошли к Москве, на склонах Братеевского холма были сооружены артпулеметные точки, а рядом расположилась зенитная батарея, участвовавшая в отражении налетов фашистской авиации. Ожесточенные бомбежки привели к тому, что местный храм был полностью разрушен.

В 1950 г. все окрестные колхозы объединились в единый колхоз им. Ленина, причем первоначально планировалось, что его центральной усадьбой станет Братеево. Однако в итоге правление разместилось в соседнем Борисове.

В 1960 г. Братеево вошло в черту Москвы, но вплоть до 1980-х годов, когда здесь началась массовая застройка, продолжало существовать как сельское поселение