Впервые в сохранившихся источниках Братеево упоминается лишь в 1628 г., когда оно являлось приселком дворцового села Коломенского. В это время в нем уже стояла деревянная церковь Усекновения главы Иоанна Предтечи, построенная исстари. Согласно писцовой книге 1633 г., в приходе храма значились 25 дворов.

Перепись 1646 г. отметила в селе церковь, три двора церковного причта и 27 крестьянских дворов, где проживало 34 крестьянина. Через три десятилетия в переписи 1676 г. описывается «дворцового села Коломенского приселок Братеев на Москве на реке, а в нем церковь во имя Усекновения Честные Главы Иоанна Предтечи деревянная, клецки да предел Чюдо Архистратига Михаила . Колоколница на четырех столбах, крыта тесом, на ней четыре колокола, весу в них восемь пуд, церковь от поповых и от крестьянских дворов в дватцати саженях».На церковной земле «сидели» священник с детьми и дьячок, их «усадная земля того ж села со крестьяны вместе, пашни паханые церковные худые земли подле зараз восемь четей в поле, а в дву потому ж, сена в Долгом лугу пять десятин да капуснику полдесятины, а что в приправочных книгах написано: дворы бобылские и места келейные, и бобыли померли, а усадная их и келейная земля припущена к церковному кладбищу». В самом же селе были те же 27 крестьянских дворов, но уже 84 человека мужского пола. Интересно, что один из крестьян имел приемыша, т.е. зависимого работника, а другой — купленного поляка. В крестьянском пользовании находилось «под дворами и огороды усадные земли с церковною восемь десятин, животинного выпуску девять десятин с полдесятиною, пашни паханые середние земли шездесять три чети с третником в поле, а в дву потому ж, лесные по росли новозаповедной рощи олшнягу восемь десятин, ивнягу пять десятин, болото три десятины да за речкою Городенкою по пашне десять десятин, сена в Братеевских лугах подле Долгова озера и по борисовских крестьян покосы сорок три десятины, капустнику две десятины».

Кроме того, крестьяне «из волового денежного оброку», который платили в Приказ Большого Дворца, владели пустошами: «Федора Валищева, Андреева тож» (подле пустоши Соболева), «другое Валищево У Дмитриева пруда», «без трети Олгинино, Демехинская тож» на Хмелевском враге» (третью этой пустоши владели крестьяне села Беседы) и «Крупино, Бряиново другое тож» (в общей сложности 31 четь паханой земли в одном поле, 5 десятин сена в лугах и 25 копен по заполью). Последние три пустоши находились на самой границе дворцовой Коломенской волости, возле речки Хмелевки и «Садковского врага», за которыми начинались уже земли деревни Зябликово Беседской волости. Пустошь Крупино еще в 1646 г. была деревней, но к описываемому времени «крестьяне ис той деревни вышли в приселок Братеево иные померли».

Возле села раскинулись Братеевские луга, в которых косили сено все крестьяне Коломенской волости. Норма пахотной земли на одну мужскую душу составляла в Братееве всего одну с небольшим десятину, тогда как во всей Коломенскои волости ее размер соствлял около 2 десятин.Но при этом следует учитывать качество земель (здесь они были «средние», а в остальных селениях в основном «худыми»).

В 1703 г. в приходе местного храма состояло 38 дворов. Позднее деревянная церковь настолько обветшала, что служить в ней уже не представлялось возможным, и в 1731 г. на ее место был перевезен другой деревянный храм, перенесенный сюда из села Рождествена Московского уезда.

В середине XVIII в. дворцовые крестьяне Коломенской волости были переведены на оброк.

Близость Москвы с ее обширным рынком издавна существовавшие традиции разведения садов в близлежащих Коломенском, Дьякове, Борисове способствовали распространению среди братеевских крестьян садоводства и огородничества, приносивших значительный доход. О зажиточности здешних жителей, помимо свидетельств современников, свидетельствуют ревизские сказки. По сказкам, составленным в 1811 г., отмечены три братеевских крестьянина, выбывших в купечество, причем один — с двумя сыновьями и племянником, а в ревизских сказках 1834 г. — один человек, выбывший в мещанство с сыном. При этом следует учитывать, что для перехода в купечество крестьянину требовалось в течение долгого времени жить в городе, иметь там собственные лавки, дом, а также объявленный капитал не менее 500 рублей.

В 1795 г. в селе числилось 125 душ мужского пола, в 1816 г. — 43 семьи, 140 мужчин, 159 женщин, в 1850 г. — 40 семей, 205 муж чин, 227 женщин.

После 1797 г. Братеево со всей Коломенской волостью перешло в Удельное ведомство, управлявшее собственностью императорской фамилии. Часть населения села составляли старообрядцы (в 1826 г. их было 34 человека, в 1865 г. — 49 человек).

По преданию, в войну 1812 г. в селе размещались части французской армии. Затем их вытеснили казаки, оставившие о себе память в виде выкопанного колодца (его название «Казаков колодец» сохранялось до момента сноса села).

После реформы 1861 г. Братеево вошло в состав Царицынской волости.

По данным 1876 г., здесь было 80 хозяйств, лавка, питейный дом, трактир. В надел крестьяне получили 358,6 десятин земли (используемой до реформы), которая делилась на 225 человек. В крестьянских хозяйствах было зафиксировано 100 лошадей, 77 коров, 100 голов мелкого скота. Основным занятием было садоводство. Сады имели все без исключения дома. Минимальный валовой доход от них составлял на одну душу 10 рублей в год. Высевали также зерновые и картофель. Промыслы не были особо распространены среди братеевских крестьян, тем не менее в 1881 г. 64 человека, в основном женщины, изготовляли гильзы для папирос, 55 человек занимались намоткой хлопчатобумажной нити на катушки. В селе отмечено 3 мастерские по изготовлению канители — тонкой металлической нити, используемой в золотошвейном и позументном производстве. В них работало 6 человек. Крестьянские дети обучались в Борисовском земском училище.

Сельская церковь, по описанию 1887 г., была деревянной, с такоюже колокольней, на каменном фундаменте, покрыта железом. В ней имелось 2 престола: главный — в честь Усекновения главы Иоанна Предтечи и боковой — св. мученика Власия, устроенный в трапезной на собственное иждивение церковного старосты К.Т. Болховитинова в 1880 г. Церковь была одноэтажной, одноглавой, крыша и глава окрашены медянкой, стены обшиты тесом и покрашены белилами. Колокольня была двухэтажной, первый этаж — из белого камня, второй деревянный, обшит тесом и окрашен белилами. На колокольне было три колокола. В числе достопримечательностей храма отмечались древние иконы и плащаница, резное распятие, по преданию, приплывшее по Москве-реке, изразцовые (по другим данным, резные деревянные) царские врата. Из святынь упоминались части мощей св. мученика Антипия и преподобных Антония и Феодосия Печерских.

Первоначально церковь была холодной, но стараниями священника Н.А. Речменского, служившего в ней в 1870—1888 гг., храм был переделан в теплый. Отец Николай за свою отзывчивость пользовался любовью своих прихожан и много делал для благолепия храма. По скольку приход был немногочисленный и бедный, он настойчиво искал и находил благотворителей в Москве, из которых самым активным стал потомственный почетный гражданин Николай Николаевич Рожнов. В селе отец Николай собирался открыть церковно-приходскую школу и даже нашел для нее попечителя. Так как храм находился на самом берегу Москвы-реки, ему грозила опасность разрушения из-за подмыва берега рекой. Поэтому было решено построить новый храм на Другом месте. Был сделан сбор средств среди крестьян, но полученная сумма оказалась недостаточной. Пришедшему после смерти отца Николая священнику В.А. Кирьякову, также весьма энергичному и распорядительному человеку, чтобы довершить начатое дело, пришлось собирать пожертвования на стороне. 27 мая 1890 г., хотя имелось в наличии только 2700 рублей, была совершена закладка нового каменного храма, и к половине октября он был уже вчерне готов. Храм был поставлен на высоком месте, за селом, «в византийском стиле»,с тремя расположенными в ряд престолами и обширным куполом. Трехъярусный вызолоченный дорогой иконостас для него с голубем из «розок» и горного хрусталя, стоявший ранее в церкви генерал-губернаторского дома, был пожертвован великим князем Сергеем Алесандровичем и его женой Елизаветой Федоровной в обмен на древний иконостас из старой церкви. (Старинные резные царские врата и часть икон старого братеевского иконостаса находились в домовой Александро-Сергиевской церкви генерал-губернаторского дома на Тверской до 1920 г., когда она была закрыта. Ныне они хранятся в музее «Коломенское».)