Министерство, его территориальные органы, входящие в их состав посты иммиграционного контроля в пунктах пропуска через государственную границу Российской Федерации и находящиеся в ведении Министерства организации, образовывали единую систему Министерства.

Основными задачами Министерства по делам федерации, национальной и миграционной политики Российской Федерации являлись:

1) участие в разработке и проведении государственной политики в области федеративных и национальных отношений, местного самоуправления и миграционных процессов, содействие реализации экономических, социальных и этнокультурных интересов коренных малочисленных народов;

2) участие в формировании правовых, организационных и социально-экономических основ федеративных и национальных отношений, местного самоуправления и регулирования процессов миграции;

3) подготовка предложений о приоритетных направлениях и способах реализации государственной национальной и миграционной политики;

4) координация усилий органов государственной власти, политических, общественных и религиозных объединений для достижения межнационального согласия;

5) участие в разработке и реализации мер государственного регулирования социально-экономического развития регионов Российской Федерации;

6) прогнозирование развития политических процессов в регионах Российской Федерации, содействие проведению экономических и социальных реформ, расширению интеграционных процессов и межрегионального сотрудничества;

7) обеспечение в пределах компетенции Министерства повышения эффективности расходования средств федерального бюджета, направляемых на решение проблем в сфере федеративных отношений, региональной, национальной и миграционной политики, местного самоуправления;

8) осуществление мер по государственному регулированию процессов внешней трудовой миграции, а также по защите прав и интересов трудящихся мигрантов и предупреждению проявлений ксенофобии и других форм национальной нетерпимости;

9) организация приема и временного размещения беженцев и вынужденных переселенцев на территории Российской Федерации, а также оказание им помощи и содействия в обустройстве на новом месте жительства;

10) участие в проведении государственной политики, направленной на поддержку соотечественников за рубежом.

Министерство по делам федерации, национальной и миграционной политики Российской Федерации в соответствии с возложенными на него основными задачами осуществляло следующие основные функции:

1) координировало деятельность федеральных органов исполнительной власти и органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации в сфере развития федеративных и национальных отношений, местного самоуправления, миграции населения, разрабатывало совместно с другими федеральными органами исполнительной власти и представляло в установленном порядке предложения по совершенствованию системы их взаимодействия и организации;

2) обобщало практику применения законодательства Российской Федерации и законодательства субъектов Российской Федерации в области федеративных и национальных отношений, местного самоуправления, миграции населения и защиты прав мигрантов и коренных малочисленных народов Российской Федерации с целью выработки соответствующих рекомендаций и предложений;

3) разрабатывало и представляло в установленном порядке предложения по совершенствованию нормативной правовой базы в области федеративных отношений, региональной, национальной и миграционной политики, местного самоуправления, межбюджетных отношений, а также проекты соответствующих нормативных правовых актов;

4) подготавливало предложения с обоснованием перспективных направлений государственной политики в сфере федеративных отношений, региональной, национальной и миграционной политики, местного самоуправления, разрабатывало краткосрочные и долговременные прогнозы миграционных процессов, проекты программ первоочередных действий Правительства Российской Федерации по реализации этих направлений;

5) осуществляло взаимодействие с ассоциациями экономического взаимодействия субъектов Российской Федерации, с Конгрессом муниципальных образований Российской Федерации и ассоциациями муниципальных образований Российской Федерации;

6) участвовало в подготовке предложений по региональным и межрегиональным аспектам развития экономики, в осуществлении мер по оказанию финансовой помощи субъектам Российской Федерации и муниципальным образованиям;

7) разрабатывало проекты федеральных и межрегиональных программ по вопросам, отнесенным к компетенции Министерства, и обеспечивает их реализацию, включая выполнение в установленном порядке функций государственного заказчика; оказывало содействие в реализации комплексных программ социально-экономического развития субъектов Российской Федерации и муниципальных образований;

8) участвовало в разработке и обосновании направлений и методов совершенствования экономических взаимоотношений по предметам совместного ведения Российской Федерации и субъектов Российской Федерации, в подготовке проектов концепций, стратегий и программ социально-экономического развития регионов;

9) подготавливало предложения по совершенствованию нормативной правовой базы в сфере регулирования вопросов функционирования некоторых территорий Российской Федерации (закрытые административно-территориальные образования, свободные экономические зоны, приграничные территории и т.д.);

10) участвовало в разработке программ повышения эффективности взаимодействия федеральных органов исполнительной власти и органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации при осуществлении деятельности по управлению государственной собственностью, включая природо- и недропользование;

11) участвовало в разработке и реализации государственной инвестиционной политики, региональных инвестиционных программ и проектов, в совершенствовании законодательства по этим вопросам;

12) участвовало в пределах своей компетенции в разработке и реализации программ комплексного социально-экономического развития регионов и отдельных субъектов Российской Федерации (в том числе районов проживания малочисленных народов Севера), а также программ межрегионального сотрудничества;

13) участвовало в реализации международных программ и проектов в области федеративных отношений, региональной, национальной и миграционной политики и местного самоуправления;

14) распределяло в установленном порядке средства федерального бюджета, выделяемые на реализацию мероприятий по проведению миграционной политики, а также осуществляло контроль за их использованием;

15) разрабатывало и обеспечивало применение в соответствии с законодательством Российской Федерации порядка признания беженцем или вынужденным переселенцем, порядка предоставления политического или временного убежища, а также порядка лишения, утраты и продления соответствующего статуса; вело учет этих лиц;

16) проводило идентификацию иностранных граждан и лиц без гражданства, прибывших в Российскую Федерацию в поисках убежища и подавших ходатайства о предоставлении политического или иного убежища либо о признании их беженцами на территории Российской Федерации, осуществляло их обязательную государственную дактилоскопическую регистрацию;