Князь (царь) разделял власть с крупнейшими феодалами страны, поскольку функции Боярской думы были неотделимы от его прерогатив, хотя формально это нигде не было зафиксировано. Великий князь юридически не обязан был считаться с мнением Думы, но фактически не мог поступать самовольно, ибо любое его решение не приводилось в жизнь, если не было одобрено боярством. Через Думу боярство осуществляло политику, угодную и выгодную ему.

Боярская дума разрешала важнейшие государственные дела. Она была законодательным органом. Ею были утверждены судебники 1497 и 1550 годов. Статья 98 Судебника 1550 г. считала приговор Боярской думы необходимым элементом законодательства: указ о кабальном холопстве в апреле 1597 г. царь "приговорил со всеми бояры", ноябрьский указ того же года о беглых крестьянах царь "указал и бояре приговорили". Вместе с великим князем, а затем и с царём Дума утверждала различные "уставы", "уроки", новые налоги и т.д. Будучи высшим органом управления, Боярская дума осуществляла общее руководство приказами, надзирала за местным управлением, принимала решения по вопросам организации армии, земельным делам. Переговоры с иностранными послами вела специальная ответная комиссия из членов думы. Итог этих переговоров выносился на рассмотрение великого князя (царя) и думы.

Заседания Боярской думы проводились в Кремле: в Грановитой палате, иногда в личной половине дворца (Передней, Столовой, Золотой палатах), реже вне дворца, например, в опричном дворце Ивана IV в Москве или Александровской слободе.

Укрепляя свою власть, великие князья и цари XVI в. стремились ослабить значение боярской аристократии. Уже с середины XVI в. из Боярской думы выделилась т.н. "комната", "ближняя дума" - более узкий состав верных царю людей, с которыми он решал важнейшие дела.

Значительная роль Боярской думы в системе государственных органов и господство в ней крупных феодалов являются характерными особенностями раннефеодальной монархии.

Феодальные съезды имели тот же характер, что и во времена Древней Руси, но по мере укрепления централизации государства постепенно отмирали.

Продолжая оставаться раннефеодальной монархией, Московское государство унаследовало от предыдущего периода и органы центрального управления, построенные по дворцово-вотчинной системе. Однако расширение территории государства и усложнение его деятельности приходят в столкновение со старыми органами управления, подготавливают постепенное отмирание дворцово-вотчинной системы и зарождение нового, приказного управления.

Преобразование старой системы начинается с её усложнения. Она подразделяется на 2 части. Одну составляет управление дворца, во главе которой стоит дворецкий (дворский), имеющий в своём распоряжении многочисленных слуг. Дворецкий ведал и пашенными княжескими крестьянами. Другую часть образовывали т.н. пути (отдельные отрасли личного хозяйства великого князя), обеспечивающие специальные службы князя и его окружения. Пути поручались боярам, которые получили название "бояр путных". В ведомстве каждого "пути" находились земли, сёла, деревни. Каждому "путному" боярину были подведомственны низшие должностные лица (ключники, посельские). Лицо, возглавлявшее "путь", получало право управления и суда над населением территории, подведомственной данному "пути"; в его пользу поступала часть доходов от сборов с этого населения. "Пути" как зачатки отдельных дворцовых ведомств в форме поручений - "кормлений" - появились довольно рано. Уже в договорной грамоте сыновей Ивана Калиты (50-е годы XIV в.) упоминались Сокольничий, Конюший и Ловчий "пути". Впоследствии встречаются Стольничий и Чашничий "пути". "Путные" бояре, возглавлявшие эти "пути", имели соответствующие названия: сокольник, конюший, ловчий, стольник, чашник.

Вслед за усложнением системы дворцово-вотчинных органов возрастали их компетенция и функции. Из органов, обслуживавших в первую очередь князя, они всё больше превращались в общегосударственные учреждения, выполнявшие важные задачи по управлению государством. Так, дворецкий с XV в. стал в известной мере ведать вопросами, связанными с землевладением церковных и светских феодалов, осуществлять общий контроль над местной администрацией. Вместе с тем выполнение тех или иных обязанностей в государственном управлении теряло прежний характер временного княжеского поручения и превращалось в постоянную службу. Усложнение функций дворцовых органов потребовало создания большого и разветвлённого аппарата. Чины дворца - дьяки - специализировались в определённом круге дел. Из состава дворцовой службы выделялась великокняжеская казна, ставшая самостоятельным ведомством. Была создана большая дворцовая канцелярия с архивом и иными подразделениями.

Всё это подготавливало переход к новой, приказной системе управления, выраставшей из прежней. Такое перерастание началось в конце XV в. Но как система приказное управление оформилось только во второй половине XVI в. Тогда же утвердился и сам термин "приказ". Первыми учреждениями приказного типа были Большой дворец, выросший из ведомства дворецкого, и Казённый приказ. Конюшенный путь превратился в Конюшенный приказ, теперь не только обслуживавший личные потребности князя, но и связанный с развитием конного дворянского ополчения. В начале XVI в. сложился Разряд (Разрядный приказ), ведавший учётом служилых людей, их чинов и должностей. Перерастание дворцово-вотчинной системы в приказную явилось одним из показателей централизации Русского государства, ибо дворцовые органы, ведавшие ранее по существу лишь княжеским доменом, теперь становились учреждениями, руководящими всем громадным Русским государством.

Местное управление Владимиро-Суздальского и Московского княжеств первоначально было несложным. В городах находились наместники, в сельских местностях ("волостях") - волостели. С ростом территории Московского княжества в XIV - первой половине XV в. административно-территориальное деление усложнилось. Русское государство подразделялось на уезды - наиболее крупные административно-территориальные единицы. Уезды делились на станы, станы - на волости. Впрочем, полного единообразия и чёткости в административно-территориальном делении ещё не выработалось: иногда станы и волости были равнозначными территориальными единицами. Наряду с уездами кое-где сохранялись ещё и земли. Существовали также разряды - военные округа, губы - судебные округа.

Во главе отдельных административных единиц стояли должностные лица - представители центра. Уезды возглавлялись наместниками, волости - волостелями. Эти должностные лица за управление уездом или волостью "вместо" великого князя (отсюда термин "наместник") жалованья не получали, а содержались за счёт местного населения - получали от него "корм". Назначение на "кормление" было средством вознаграждения князей, бояр и более мелких феодалов за их службу великому князю. Приехавшего на "кормление" наместника местное население встречало "выезжим кормом". 2-3 раза в год, на Рождество, Пасху и Петров День, население обязано было поставить наместнику основной "корм" в форме различных продуктов, фуража для лошадей ("конское пятно") и т.д. В пользу наместника поступала известная часть различных пошлин с торгов и лавок (полавочные, поворотные, таможенные, судебные, брачные). Значительным источником доходов для наместников был суд.