Смерть Дмитрия Угличского сопровождалась бурными событиями. В Угличе произошло народное восстание. Подстрекаемые царицей Марией и Михаилом Нагим угличане разгромили Приказную избу, убили государева дьяка Битяговского, его сына и др. Четыре дня спустя в Углич прибыла следственная комиссия. Она допросила сто сорок свидетелей. Протоколы допросов, а также заключедше комиссии о причинах смерти Дмитрия сохра­нились до наших дней. Однако существует мнение, что основная часть угличских материалом дошла до нас в ви­де беловой копии, составители которой то ли ограничи­лись простой перепиской имевшихся в их распоряжении черновых документов, то ли произвели из них некую вы­борку, а возможно, и подвергли редактированию. Тща­тельное палеографическое исследование текста «обыска», проведенное сначала В. К. Клеймом, а затем А. П. Богдановым, в значительной мере рассеивает подозрения насчет сознательной фальсификации следственных мате­риалов в момент составления их беловой копии . Основ­ной материал переписан семью разными почерками. Входившие в комиссию подьячие провели обычную ра­боту по подготовке следственных материалов к судопроизводству. В подавляющем большинство случаев показа­ния свидетелей-угличан отличались краткостью, и подья­чие, записав их, тут же предлагали грамотным свидете­лям приложить руку. По крайней мере двадцать свиде­телей подписали па обороте свои «речи». Их подписи строго индивидуализированы и отражают разную степень грамотности, довольно точно соответствовавшую их общественному положению и роду занятий. В следственную комиссию вошли очень авторитетные лица, придержи­вавшиеся разной политической ориентации. Скорее всего, по инициативе Боярской думы руководить расследовани­ем поручили боярину Василию Шуйскому, едва ли не самому умному и изворотливому противнику Годунова, незадолго до этого вернувшемуся из ссылки. Его помощ­ником стал окольничий А. П. Клешнин. Он поддерживал дружбу с правителем, хотя и доводился зятем Григорию Нагому, состоявшему при царице Марии в Угличе. Вся практическая организация следствия лежала на главе Поместного приказа думном дьяке Е. Вылузгине и его подьячих. По прошествии времени следователь В. Шуйский не раз менял свои показания относительно событий в Угличе, но комиссия в целом своих выводов не пере­сматривала.

Составленный следственной комиссией «обыск» сохра­нил не одну, а по крайней мере две версии гибели царе­вича Дмитрия. Версия насильственной смерти всплыла в первый день дознания. Наиболее энергично ее отстаи­вал дядя царицы Марии Михаил Нагой. Он же назвал убийц Дмитрия: сына Битяговского — Данилу, его пле­мянника — Никиту Качалова и др. Однако Михаил не смог привести никаких фактов в подтверждение своих обвинений. Его версия рассыпалась в прах, едва загово­рили другие свидетели. Когда позвонили в колокол, по­казала вдова Битягойского, «муж мой Михаиле и сын мой в те поры ели у себя на подворьишке, а у него ел священник . Богдан». Поп Богдан был духовником Гри­гория Нагого и изо всех сил выгораживал царицу и ее братьев, утверждая, что те не причастны к убийству дьяка, погубленного посадскими людьми. Хотя показания попа откровенностью не отличались, он простодушно подтвердил перед Шуйским, что обедал за одним столом с Битяговским и его сыном, когда в городе ударили в на­бат. Таким образом, в минуту смерти царевича его «убийцы» мирно обедали у себя в доме вдалеке от места преступления. Они имели стопроцентное алиби. Пре­ступниками их считали только сбитые с толку люди.

Показания свидетелей позволяют выяснить еще один любопытный факт: Михаил Нагой не был очевидцем проишествия. Он прискакал во дворец «пьян на коне», «мертв пьян», после того как ударили в колокол. Протрезвев, Михаил осознал, что ему придется держать ответ за убийство дьяка, представлявшего в Угличе особу царя. В ночь перед приездом Шуйского он велел пре­данным людям разыскать несколько ножей и палицу и подложить их на трупы Битяговских, сброшенные в ров городской стены. Комиссия, расследовавшая дело по свежим следам, без труда разоблачила этот подлог. Городовой приказчик Углича Русин Раков показал, что он взял у посадских людей в Торговом ряду два ножа и принес их к Нагому, а тот велел слуге зарезать курицу и вымазать ее кровью оружие. Михаил Нагой был изобличен, несмотря на запирательство. На очной ставке с Раковым слуга Нагого, резавший курицу в чулане, под­твердил показания приказчика. Михаила Нагого оконча­тельно выдал брат Григорий, рассказавший, как он до­ставал из-под замка «ногайский нож» и как изготовлены были другие «улики».

Версия нечаянного самоубийства Дмитрия исходила от непосредственных очевидцев происшествия. В полдень 15 мая царевич под наблюдением взрослых гулял с ребятами на заднем дворе и играл ножичком в тычку. При тем находились боярыня Волохова, кормилица Армна Гучкова, ее сын Баженко, молочный брат царевича, постелиница Марья Колобова, ее сын Петрушка и еще два жильца (придворные служители, отобранные свиту царевича из числа его сверстников). Шуйский придавал показаниям мальчиков исключительное значение и допрашивал их с особой тщательностью. Прежде всего он выяснил , «кто в те поры за царевичем были». Жильцы отвечали, что «были за царевичем в те поры только они, четыре человеки, да кормилица, да постелница». На за­данный «в лоб» вопрос, «были ли в те поры за царевичем Осип Волохов и Данило Битяговский», они дали отрицательный ответ. Мальчики прекрасно знали людей, о кото­рых их спрашивали (сын дьяка был их сверстником, Волохов и Качалов служили жильцами в свите цареви-ча и были постоянными товарищами их игр). Они кратко, точно и живо рассказали о том, что произошло на их глазах: « .играл-де царевич в тычку ножиком с ними на заднем дворе, и пришла на него болезнь — падучей не­дуг — и набросился на нож».

Может быть, мальчики сочинили историю о болезни царевича в угоду Шуйскому? Такое предположение убеди­тельно опровергается показаниями взрослых свидетелей.

Трое видных служителей царицына двора — подключники Ларионов, Иванов и Гнидин — показали следую­щее: когда царица села обедать, они стояли «в верху за поставцом, ажно, деи, бежит в верх жилец Петрушка Ко­лобов, а говорит: тешился, деи, царевич с нами на дворе в тычку ножом и пришла, деи, на него немочь падучая . да в ту пору, как ево било, покололся ножом сам и отто­го умер», итак, Петрушка Колобов сообщил комиссии то же самое, что и дворовым служителям через несколь­ко минут после гибели Дмитрия.

Показания Петрушки Колобова и его товарищей под­твердили Марья Колобова, мамка Волохова и кормилица Тучкова. Свидетельство кормилицы отличалось удиви­тельной искренностью. В присутствии царицы и Шуйского она назвала себя виновницей несчастья: « .она то­го не уберегла, как пришла на царевича болезнь черная . и он ножом покололся .»».

Спустя некоторое время нашелся восьмой очевидец гибели царевича. Приказной царицы Протопопов на до­просе показал, что услышал о смерти Дмитрия от ключ­ника Толубеева. Ключник, в свою очередь, сослался на стряпчего Юдина. Всем троим тотчас устроили очную ставку. В результате выяснилось, что в полдень 15 мая Юдин стоял в верхних покоях «у поставца» и от нечего делать смотрел в окно, выходившее на задний двор. По словам Юдина, царевич играл в тычку и .накололся на нож, а «он (Юдин) . в те поры стоял у постав-ца, а то видел ». Юдин знал, что Нагие толковали об убийстве, и благоразумно решил уклониться от дачи по­казаний следственной комиссии. Если бы его не вызвали на допрос, он так ничего бы и не сказал.