Назначение командующего и формирование высшего командования означали — по крайней мере внешне — завершение процесса обособления РОА, становления ее как самостоятельной единицы. Действительно, вскоре стало ясно, что Освободительная армия обрела самостоятельность, по крайней мере, в двух таких важных областях, как военное правосудие и военная разведка. О военном суде мы располагаем лишь обрывочными данными, однако из них ясно, что при штабе армии была учреждена должность главного военного прокурора, были предприняты попытки создать судебный инстанционный порядок движения "сверху донизу" и в сотрудничестве с юридическим отделом КОНР разработать инструкции и предписания для прокурорского надзора и проведения судебных процессов. Имеется невольное свидетельство советской стороны о том, что Власов, будучи главнокомандующим, выполнял также функции верховного судьи РОА: на московском процессе 1946 года ему инкриминировался расстрел нескольких "военнопленных". На самом деле история такова. Шесть бойцов РОА, приговоренные военным судом к смертной казни за шпионаж в пользу СССР, в апреле 1945 года находились под арестом в районе штаба воздушных сил РОА в Мариенбаде, так как только там имелись помещения, откуда невозможно было бежать. Власову во время его пребывания в Мариенбаде показали приговор, который он, по свидетельствам очевидцев, утвердил крайне неохотно, да и то лишь после того, как ему доказали, что нелогично убеждать немцев в автономии РОА и при этом отказываться от выполнения основных юридических функций. Самостоятельность РОА проявилась и в том, что военный суд 1-й дивизии в последние дни войны приговорил к смертной казни немецкого офицера Людвига Каттерфельда-Куронуса по обвинению в шпионаже в пользу Советского Союза.

Что касается разведывательной службы, то вначале и военная, и гражданская разведка находились в ведении управления безопасности, созданного при КОНР по настоянию русских под руководством подполковника Н. В. Тензорова.

После переезда штаба армии из Берлина на полигон Хейберг в Вюртемберге (к месту обучения войск) в феврале 1945 года военная разведка организационно отделилась от гражданской, и под наблюдением генерал-майора Трухина началось создание собственной разведывательной службы РОА. Разведывательный отдел, организованный в штабе армии, был, как уже упоминалось, доверен майору, а затем подполковнику Грачеву, выпускнику Академии имени Фрунзе. 22 февраля 1945 года отдел был разделен на несколько групп: разведданные о противнике, разведка, контрразведка. По приказу генерал-майора Трухина от 8 марта 1945 года отдел получил пополнение, так что кроме начальника в нем работал теперь двадцать один офицер.

После войны на некоторых сотрудников разведслужбы пало подозрение в том, что они были агентами Советов. Речь идет, в первую очередь, о капитане Беккере-Хренове, опытном контрразведчике, занимавшем в Красной армии пост начальника особого отдела танковой бригады, и о старшем лейтенанте Хмырове (Долгоруком). Оба фигурировали на московском процессе 1946 года как свидетели обвинения, причем последний выдавал себя за адъютанта Власова. Загадочна и роль начальника контрразведки РОА майора Чикалова, служившего в пограничных войсках НКВД, затем политработника крупного партизанского объединения, действовавшего в районе Днепр — Плавня. Чикалов попал в плен в конце 1943 года вместе с командиром этой группы майором И. В. Кирпа (Кравченко), и в 1944 году оба присоединились к Освободительному движению. У руководителей РОА не было никаких сомнений в подлинности духовного переворота Чикалова, однако, по некоторым сведениям, Власова еще в 1944 году предупреждали, что доверять Чикалову не следует. После войны Чикалов действовал в Западной Германии как советский агент и в 1952 году, незадолго до разоблачения, был отозван в СССР.

В целом на работе разведывательной службы штаба РОА сначала отрицательно сказывалось недоверие немецкой контрразведки, затем организационные неполадки и ревнивое отношение со стороны добровольческих объединений, не подчиненных Власову. Тем не менее разведслужба достигла определенных успехов.

О растущем значении разведки в РОА говорит создание в начале 1945 года в "Охотничьем домике" под Мариенбадом разведывательной школы РОА под руководством одного из самых талантливых офицеров разведки старшего лейтенанта Еленева. В советской трактовке эта школа, предназначенная для подготовки разведчиков и агентов, главным образом, в области тактики, выглядит опасным центром шпионажа, диверсий, террора и даже подготовки восстания в тылу советской армии — последнее обвинение предъявили лично Власову. Именно существование этой школы Военная коллегия Верховного Суда СССР рассматривала как особо тяжкий пункт обвинения, хотя в советской армии военная разведка считается законным и почетным родом войск, а практическая подготовка в "Охотничьем домике" вряд ли сильно отличалась от обучения в соответствующих советских учреждениях. Более того, школа по своей структуре напоминала советское учебное заведение. Кроме царившего здесь духа, все в ней было советским: курсанты носили советскую форму и советские ордена и медали, называли друг друга "товарищ" вместо принятого в РОА "господин", читали советские книги и газеты, слушали советское радио и даже питались по порядку, заведенному в Красной армии. 1945 года в школу по случаю выпуска первых двадцати человек приехали Власов и генерал-майор Мальцев. Власов обратился к выпускникам с речью, в которой еще раз подчеркнул значение военной разведки. Он сказал:

Лишь те немногие, кто безраздельно предан идеям Освободительного движения и готов нести все тяготы этой чрезвычайно важной в условиях войны работы, достойны почетного звания разведчика РОА. Освобожденная от большевизма Россия никогда не забудет их подвигов.

Группа была самолетами переброшена за линию фронта с заданием организовать совместно с антисоветским движением сопротивления борьбу против советской армии. С большим трудом удалось достать 20 тысяч литров бензина, необходимых для проведения этой акции. Под редакцией генерал-майора Трухина к декабрю 1944 года было разработано положение о прохождении службы офицерами и военными чиновниками РОА. Согласно этому положению, в военное время при присвоении званий от прапорщика до звания генерала армии следовало исходить только из достижений данного офицера, а не из принципа старшинства по службе, при этом заслуги на фронте должны были оцениваться выше, чем в тылу. Следовало различать звание и должность и учитывать звания, полученные в Красной армии. Таким образом, методы назначения и продвижения офицеров тоже свидетельствуют о своеобразии и самостоятельности Освободительной армии.

28 января 1945 года сам Власов получил право как главнокомандующий ВС КОНР назначать офицеров в подчиненные ему формирования по собственному усмотрению, определять их звание и повышать их. Однако имелись некоторые ограничения, свидетельствующие о том, что немцы все еще цеплялись за последнюю возможность контроля над Власовым. Например, для продвижения генералов — или присвоения генеральского звания — требовалось получить через ОКВ согласие начальника Главного управления СС. Русская сторона предпринимала усилия вернуть в Освободительной армии русские погоны, введенные еще в 1943 году в тогдашних Восточных войсках, но замененные затем немецкими. Заметим, кстати, что это был единственный пункт, в котором пожелания русских были созвучны устремлениям Гитлера, 27 января 1945 года высказавшегося против выдачи власовцам немецкой формы. На практике, однако, продвижение офицеров уже тогда производилось исключительно так, как того желали русские. После назначения Власова главнокомандующим солдаты РОА были приведены к присяге: