Вместе с этим организация центрального военного управления содержала в себе и ряд других слабых сторон:

Структура Главного штаба была построена таким образом, что функциям собственно генерального штаба отводилось немного места.

Подчинение главного военного суда и прокурора военному министру означало подчинение судебных органов представителю исполнительной власти.

Подчинение лечебных заведений не главному военно-медицинскому управлению, а начальникам местных войск, отрицательно влияло на постановку лечебного дела в армии.

Одним из направлений в военной реформе являлась военно-судебная реформа. Основной причиной её внедрения было стремление приспособить военные суды к разбору дел, связанных с революционным движением в армии.

15 мае 1867 г. был принят проект военно-судебного устава, на основании которого устанавливались три рода военно-судебных инстанций: полковые суды, военно-окружные суды и главный военный суд.

Полковые суды учреждались в каждом полку. Он состоял из 3-х человек: председателя - штаб-офицера и 2-х членов - обер-офицеров. Состав суда назначался командиром полка и рассматривал дела, аналогичные мировому суду (о нижних чинах). Дела слушались по приказу командира полка и приговор утверждался командиром полка. Процесс судопроизводства в полковых судах исключал состязательность.

Военно-окружные суды создавались при военных округах. Ему были подведомственны все дела о генералах, штаб- и обер-офицерах, чиновниках военного ведомства. Отдача под суд решалась командиром части. Процесс судопроизводства предполагал состязательность.

Главный военный суд создавался при Военном министерстве, в качестве “верховного кассационного суда”. Председатель и члены суда назначались из генералов непосредственно царем. Функции главного военного суда заключались в следующем: обсуждение дел в связи с кассационными жалобами и протестами, рассмотрение дел о о пересмотре приговоров по вновь открывшимся обстоятельствам, решения о передаче суду лиц в генеральском звании, обсуждение законодательных вопросов, наложение дисциплинарных взысканий на лиц военно-судебного ведомства.

5 мая 1868 г. был принят воинский устав о наказаниях, в котором предусматривалось 2 вида наказаний - уголовные и исправительные. К уголовным относились: смертная казнь, ссылки на каторжные работы, поселение с лишением всех прав и заключение в крепости. Исправительные наказания определялись в зависимости от сословной принадлежности: для офицеров (ссылка в Сибирь с увольнением и лишением прав, временное заключение в крепости с увольнением, временное заключение в тюрьме с увольнением, содержание на гауптвахте, денежные взыскания), для нижних чинов (временное направление в военно-исправительные роты, заключение в военной тюрьме, денежные взыскания, лишение нашивок за беспорочную службу с переводом в разряд штрафных).

Наиболее тяжко каралось неповиновение (в мирное время от 4 до 12 лет, в военное - расстрел), нарушения обязанностей в карауле (офицерам - разжалование с заключением в крепости, рядовым - военная тюрьма, а в военное - расстрел), преступления по должности (ссылка) и особенно строго наказывались нарушение обязанностей во время военных действий.

Новая организация военных судов предусматривала состязательность процессов, гласность, однако суды сохранили зависимость от командования (особенно полковые), что лишало их самостоятельности.

Одновременно с проведением военной реформы, в 1868 г. было разработано Положение о полевом управлении войск в военное время, согласно которому при ведении боевых действий, войска на ТВД образуют одну или несколько армий, во главе каждой стоит главнокомандующий, назначаемый и подчиняющийся царю. Военные округа на ТВД подчиняются главнокомандующего и снабжают армию.

На основании Положения была значительно упрощена структура полевого управления армии, уточнены взаимоотношения главнокомандующего и военного министра. Однако имелся и целый ряд существенных недостатков: Возможное наличие нескольких главнокомандующих с одинаковыми правами; Не предусматривалось создание отдела военных сообщений.

Вопрос организации полкового хозяйства в течении длительного времени являлся предметом обсуждения в Военном министерстве. Первые полковые хозяйства стали внедряться с 1863 г. С 1867 г. полковые командиры были лишены права пользоваться хозяйством полка, как личным. В связи с этим командирам полков было увеличено денежное содержание с 720 до 1200 руб. в год, а командирам отдельных батальонов на 360 руб. Кроме того начальники дивизий могли выдавать полковым командирам ежегодно, в виде пособия, определенную часть экономии, полученной от ведения полкового хозяйства.

Результатом этих преобразований стало то, что на протяжении первых 8 лет Военному министерству удалось осуществить значительную часть намеченных реформ в области организации армии и управления войсками.

В области организации армии была создана система, способная в случае войны увеличить численность войск, не прибегая к новым формированиям.

Уничтожение армейских корпусов и сохраненное деление пехотных батальонов на стрелковые и линейные роты имело отрицательное значение в смысле боевой подготовки войск.

Реорганизация Военного министерства обеспечила относительное единство военного управления.

В результате проведения военно-окружной реформы были созданы местные органы управления, устранена излишняя централизация управления, обеспечивалось оперативное управление войсками и их мобилизация.

Перевооружение армии.

Одним из важнейших вопросов военных преобразований являлось перевооружение армии. Развитие военной техники, обусловившее переход от гладкоствольного к нарезному вооружению, влекло за собой изменение всей боевой подготовки, требовало иных тактических принципов.

В 1856 г. был разработан новый вид пехотного вооружения 6-линейная, заряжающаяся с дула, нарезная винтовка. В 1862 г. ей были вооружены более 260 тыс. чел. Значительная часть винтовок выпускалась в Германии и Бельгии.

К началу 1865 г. вся пехота была перевооружена 6-линейными винтовками.

Перевооружение армии в первую очередь зависело от сталелитейного производства. В 1855 г. Обухов разработал проект производства орудий из литой стали, и лишь в 1857 г. в Златоусте началось строительство сталепушечного завода. В конце 1860 г. в Петербурге были произведены испытания 12-фунтовой пушки Обухова. Пушка выдержала 4000 выстрелов, а анализ стали показал, что она содержит в своем составе 99,81% железа, в то время, как сталь Круппа - 98,54% при цене в 3 раза меньшей, чем Германская. В 1862 г. пушка Обухова заняла первое место на всемирной выставке в Лондоне. Таким образом к началу 60-х годов в России были созданы все условия для развития отечественного сталепушечного производства. В 1863 г. началось строительство сталепушечных заводов в С-Петербурге и Перми, начали отливать орудия в Петрозаводске и Александровском заводе.

Введение нарезных, заряжающихся с дула орудий было начато в 1860 г. На вооружение полевой артиллерии были приняты 4-фунтовые нарезные пушки калибром 3,42 дюйма, превосходящие ранее выпускаемые, как по дальности стрельбы, так и по точности.