Поселившись на Тереке, он становится станичным атаманом и ходатаем по казачьим делам перед петербургской Военной коллегией. В своих ходатайствах Пугачев просит о повышении жалованья казакам. Его деятельность вызывала растущее раздражение властей, Пугачева арестовывают и отправляют на Дон, однако ему удается бежать. Осенью 1772 года Пугачев оказался среди раскольников в районе Гомеля (на польской территории), откуда, получив паспорт, сумел вернуться в Россию и пробраться в Яицкий городок (город Уральск). Там он впервые назвался императором Петром III, благополучно спасшимся от убийц, подосланных «изменницей-женой», захватившей его трон.

Среди крестьян и казаков давно уже ходили слухи о том, что Петр III жив и хочет дать вольную всем крепостным. Известие о появлении «императора» быстро распространилось среди яицких (уральских) казаков. Узнали об этом и власти, сумевшие захватить Пугачева и отправить его в Казань. Но и на этот раз Пугачеву удалось бежать из-под стражи. В августе 1773 года он вновь объявился на реке Яик (река Урал), где в это время происходили волнения казаков и крестьян.

Приезд на Яик «царя-батюшки» вызвал новую волну антиправительственных выступлений. К Пугачеву потянулись казацкие и крестьянские делегации «смотреть государя», обещавшего в случае возвращения на престол освободить крестьян и казаков от повинностей и тягот.

Антиправительственная пропаганда Пугачева находила отклик среди простого народа. Положение крестьянства было действительно тяжелым. Процесс закрепощения еще остававшихся свободными крестьян принял повсеместный, массовый характер. Несмотря на филантропические призывы Екатерины II к умеренности и терпимости, эксплуатация крестьян и работных людей на заводах становилась с каждым годом все невыносимее. «Повсеместные бедность и рабство» – так определял положение основной массы населения России Александр Радищев, автор знаменитого «Путешествия из Петербурга в Москву». К экономическому принуждению добавлялось национальное угнетение народов Поволжья и Приуралья (татар, башкир, калмыков и др.), спешивших найти защиту у новоявленного «царя».

Пугачев хорошо чувствовал эти настроения, провозглашая в своем манифесте: «Жалую вас землями, водами, лесами, рыбными уловами, жилищами, покосами и морями, хлебом, верою и законом вашим, посевом, пропитанием, рубашкой, жалованием, свинцом, порохом и провиантом – словом, всем тем, что вы пожелаете во всю жизнь вашу». Подобные обещания, разумеется, постоянно увеличивали число сторонников Пугачева. В октябре 1773 года, когда он подошел к Оренбургу, в его распоряжении было всего 3 тыс. человек, но уже через несколько недель численность пугачевского воинства возросла до 15 тыс. в основном за счет казаков, крестьян и работных людей с заводов. В составе этой крестьянской армии насчитывалось более 3 тыс. башкир, 1500 марийцев и 300 калмыков. Гарнизон Оренбурга состоял из 3 тыс. человек при 70 пушках. У восставших же было всего 20 пушек.

В начале ноября 1773 года Пугачев разбил в окрестностях Оренбурга первый крупный отряд регулярных войск генерала Кара, затем нанес поражение отряду полковника Чернышева, солдаты которого перешли на сторону царя-самозванца. Пугачев твердо держался своего «царского звания», понимая его притягательность для простонародья. Он даже организовал нечто вроде царского двора из своего окружения, приказал изготовить печать с надписью «Большая государственная печать Петра III, Императора и Самодержца Всероссийского». Учредил Пугачев и свой орден – восьмигранный крест из латуни с надписью «Царь Петр Федорович жалует тебя крестом, бородой и волей казацкой. 1773 год». Этим орденом он награждал особо отличившихся своих сподвижников.

Сам «царь», если верить описаниям очевидцев, был среднего роста, стройный, с продолговатым смуглым лицом, большими карими глазами, тонким, с небольшой горбинкой носом, темно-русыми, подстриженными по-казацки волосами, черной, с редкой проседью бородкой клином, имел привычку прищуривать один глаз. Одевался он в яркое казачье платье и всегда носил желтые сафьяновые сапоги. Говорил просто и образно, любил шутку, пересыпал речь пословицами и поговорками. Это был жизнерадостный, чрезвычайно смелый человек, что признавали даже его враги. За долгие годы службы он во всех тонкостях постиг военное дело и умел наносить поражения опытным генералам царской армии. В своей армии Пугачев поддерживал самый строгий порядок, безжалостно вешая и наказывая тех, кто его нарушал.

И все же взять хорошо защищенный Оренбург Пугачеву не удалось. Он бессмысленно простоял под стенами города всю зиму, в то время как правительство спешно собирало войска, не занятые в войне с Турцией. Общее командование этими войсками было возложено на генерала Бибикова, хорошо показавшего себя в Семилетней и Турецкой войнах.

В марте 1774 года правительственным войскам удалось нанести первое серьезное поражение армии Пугачева недалеко от Оренбурга, после чего остатки повстанческой армии отступили в Башкирию. В апреле 1774 года неожиданно умер генерал Бибиков и инициатива вновь перешла к Пугачеву, сумевшему в короткий срок восстановить свою разбитую армию.

В июле ему удалось штурмом взять Казань, которую, правда, вскоре пришлось оставить. Уйдя из Казани, Пугачев перешел на правый берег Волги и двинулся на юг, пополняя ряды своей армии добровольцами из крестьян. Цель Пугачева – Саратов и Царицын (ныне Волгоград).

На борьбу с восставшими были направлены из действующей против турок армии генералы Панин и Суворов. Подписав мир с султаном, Екатерина II могла теперь в полной мере использовать войска, принимавшие участие в турецкой кампании.

А Пугачев тем временем успешно продвигался вниз по Волге, занимая города Саранск, Пензу, Саратов и др. В середине августа 1774 года он подошел к Царицыну. После овладения им он намеревался повернуть в донские степи, пополнить и реорганизовать свою армию, с тем чтобы следующей весной двинуться в центральные районы России. Однако взять Царицын Пугачеву не удалось, после чего он вынужден был отступить вниз по Волге. 24 августа 1774 г. правительственные войска разбили армию Пугачева в 100 километрах к югу от Царицына, причем повстанцы потеряли в этом сражении более 8 тыс. человек.

Пугачев с небольшим отрядом переправился через Волгу и намеревался идти в Сибирь или Казахстан, но сопровождавшие его казаки настояли на том, чтобы отступить за Яик. Среди казаков возник заговор: надеясь получить прощение, они решили выдать Пугачева правительству. Обманом отобрав лошадей у верных Пугачеву людей, казаки во главе с Твороговым на одной из переправ схватили своего атамана и 15 сентября закованного привезли в Яицкий городок, где сдали властям. Оттуда под усиленной охраной, в железной клетке Пугачева перевезли в Симбирск (ныне Ульяновск), а затем в Москву, где 10 января 1775 г. публично казнили на Болотной площади.

С пленением и казнью Пугачева крестьянская война пошла на убыль, хотя и продолжалась еще до начала 1775 года. Стихийная по характеру, без четкой программы и конкретных целей, она не имела никаких шансов на успех. В сущности, это была война за доброго, справедливого к народу царя, каковым и провозгласил себя Пугачев, окруживший себя всеми атрибутами царской власти и даже называвший своих ближайших соратников известными всем именами – Орловым, Паниным и т. д. Царистский характер пугачевского бунта составлял его главнейшее внутреннее противоречие.