Политика Столыпина была не по душе агрессивно настроенным партиям, тем же кадетам. Это вылилось в террористический акт, который произошел 12 августа 1906 года. В этот день на Аптекарском острове, где располагались апартаменты Столыпина, был приёмный день, Столыпину приходило много людей для того, чтобы он помог решить им их проблемы. Один из посетителей, которому посчастливилось выжить, рассказал, что к подъезду подъехала карета с двумя мужчинами в жандармской форме. Это были переодетые члены боевой группы эсеров-максималистов, задумавшие покушение на Столыпина. Они вызвали подозрение у швейцара и состоявшего при Столыпине генерала Замятина неправильностью формы. Дело в том, что за две недели до этого был изменён жандармский головной убор, приехавшие же были в старых касках. К тому же они слишком бережно несли портфели. Швейцар и Замятин, почувствовав недоброе, бросились в переднюю, чтоб перекрыть путь. «Жандармы», оттолкнув их, бросились в переднюю и бросили портфели на пол. Взрыв был очень сильный. Большая часть дачи была разрушена взрывом. Сами революционеры, как и окружающие, были разорваны в клочья. В результате взрыва погибло 27 человек, ещё 25 получили ранения. Пострадали и дети Столыпина, который сам не пострадал, в момент взрыва он находился в своём рабочем кабинете, который находился в противоположном конце дачи.

После взрыва его семья и он переезжают на Фонтанку. Семье Столыпина не долго пришлось жить на Фонтанке, вскоре государь предложил Столыпину поселиться в Зимнем дворце, там было легче организовывать охрану семьи. Память о взрыве часто тревожила Столыпина, он приписывал всю вину себе за кровь и слезы, за искалеченные жизни людей, пострадавших от взрыва. Но в скоре он нашел в себе силы. Не прерывая работы ни на один день, стал готовить новые разработки по способам подавления революционного движения. После 12 августа престиж Столыпина поднялся среди министров. Для всех он стал примером моральной силы.

Реальным результатом этого жестокого акта явилась быстрая и более жестокая реакция правительства, Столыпин сделал максимум усилий для этого. 24 августа 1906 года была опубликована правительственная программа, состояла из двух частей – репрессивной и реформистской. В ней говорилось, что правительство противопоставит насилию силу. В местностях, объявлённых на военном положении, вводились военно-полевые суды - «скорорешительные». В центре реформистской программы был знаменитый указ 9 ноября 1906 года, о возможности выхода из общины. Цель данного закона, который подписал смертный приговор извечной крестьянской общине – повернуть аграрную проблему другой стороной, вместо того чтобы экспроприировать землю у помещиков, обезземеливалась община, так как принадлежавшие общине земли распределялись между крестьянами. Однако требовалось разрешение последних на разрушение этого института, только укрепившегося в ходе революционных событий. За то время пока составлялись крестьянские запросы и проходили земельные бунты, – община утвердилась как настоящий орган крестьянского самоуправления.

Земельный вопрос, оставшийся нерешенным, с собраний 1 Думы, автоматически появился на собравшемся заседании 2 Думы 20 февраля 1907 года. Нужно отметить, что предвыборная кампания прошла не без вмешательства и давления на избирателей со стороны властей. Сенатские «разъяснения» исключили из числа избирателей большие группы крестьян и рабочих. Преследовались левые выборщики, запрещались избирательные собрания, масса манипуляций была предпринята и пущена в ход по части рассылок избирательных повесток, назначение дня и места выборов. Но несмотря на это, хоть выборы и проходили в обстановке спада революционного движения, 2 Дума оказалась более левой, чем первая.

Левые фракции в Думе получили в совокупности 222 мандата (43% общего числа избранных депутатов). Народники разных направлений – 157 мест. Социал-демократическая фракция насчитывала 65 депутатов. В то же время «центр» - кадеты потеряли 80 мандатов. Одновременно усилились правые и октябристы, они заняли в Думе 54 места (10%). Резкое ослабление кадетского «центра» и столь же явное усиление левого крыла говорило о том, что возможность соглашения между правительством и Думой стала еще более Призрачной. 2 Дума начала свою работу 20 февраля 1907 года, уже 6 марта Столыпин выступил перед депутатами с правительственной программой. Список открывал знаменитый указ 9 ноября, далее перечислялись другие аграрные мероприятия. Во всей остальной части речи Столыпин чётко дал понять, что правительство для реализации этой программы, готово совместно с законодательными учреждениями приложить все усилия, оратор сразу пояснил, какое правительство имеет в виду: правительство, которое «хранит исторические заветы России», то есть самодержавно-монархическую власть. Концовка речи явно провоцировала левую часть Думы на резкие выступления, что и было достигнуто. После Столыпина выступал Церетели, который осуждал действия правительства. Всё это говорилось в наглом вызывающем тоне. Правые сразу же подняли крик и обратились к председателю, чтобы тот остановил оратора, но запрета на продолжение речи не последовало. Церетели сменили другие ораторы от левых партий, которые так поливали грязью правительство, что Столыпин попросил слова. Вся орущая и стонущая толпа замолчала. Эту речь Столыпин говорил с особо выразительной интонацией, его слова были наполнены силой и чувством особенного достоинства. Речь была короткой, но слова, произнесённые в ней, стали историческими: Все ваши нападки рассчитаны на то, чтобы вызвать у власти и правительства паралич воли и мысли; Все они сводятся к двум словам: «Руки вверх!» На эти слова правительство с полным спокойствием и с сознанием своей правоты, может ответить только двумя словами: «Не запугаете!». Дочь Столыпина, которая присутствовала на заседании, писала, что впечатление, произведённое всей речью и особенно последними словами, было потрясающее. Несмотря на то, что стало ясным, что II Дума намерена проявить настолько же явную оппозицию правительству, как и предшествующая. Как ни тяжело было впечатление, произведённое на него заседанием 6 марта, Столыпин еще не допускал и мысли о роспуске Думы. В это время в Думе шли дебаты по двум вопросам: аграрная политика и принятие чрезвычайных мер против революционеров. Правительство требовало осуждения революционного терроризма, но большинство депутатов отказались это сделать. Более того, 17 мая Дума проголосовала против «незаконных действий полиции». Уже ни у кого не оставалось сомнения, что скоро II Дума прекратит своё существование, искался только предлог для роспуска Думы. С помощью провокаторов, агентов охранки было сфабриковано обвинение социал-демократической фракции Думы, в подзаголовке ею военного заговора, который был направлен против царя и всего государства. На этом основании Столыпин 1 июня 1907 года потребовал отстранения 55 депутатов и лишении 16 из них депутатской неприкосновенности, чтобы их можно было немедленно арестовать. С первого момента и депутаты, и пресса, и вся общественность поняли, что дело состряпано охранкой. Через несколько месяцев на страницы печати «выплыли» две фамилии – Шорников и Бродский. Они признались, что «заговор» был организован по заданию охранки.