История написания и издания "Очерков по истории Адыгеи" — лишь один, но вполне показательный, пример в подтверждение этого. Рукопись труда многократно рассматривалась, обсуждалась, рекомендовалась к печати и вновь, в который раз, отклонялась с указаниями внести ту или иную корректировку в соответствии с результатами очередной дискуссии "на идеологическом и историческом фронте". В процесс подготовки издания к работе привлекались специалисты по истории, этнографии, культуре, лингвистике извне: Е. И. Крупнов, А. А. Иессен, Б. С. Сейранян, Г. Ф. Турчанинов. В качестве возможного соавтора некоторое время фигурировал и ростовский профессор Я. Н. Раенко. Основной объем работ был выполнен Е. С. Зевакиным и внештатным сотрудником АНИИ С. К. Бушуевым.

На состояние исторической науки в Адыгее непосредственное влияние оказывали дискуссии о Шамиле и национально-освободительном движении на Северном Кавказе в XIX в. Применительно к истории Адыгеи XIX в. от местных авторов требовали "показать, как агент Шамиля в Адыгее наиб Магомет-Амин реакционной политикой мешал сближению адыгов с великим русским народом" и т. п.67 Самым непосредственным образом коснулись историков АНИИ и драматические коллизии дискуссий 1948—49 гг. и специальной научной сессии 1950 года в Нальчике, посвященных актуальным вопросам истории кабардинского народа, прежде всего уровню социально-экономического развития кабардинских черкесов, степени развития феодализма, а также характеру и оценкам народно-освободительного движения в Кабарде. Одним из последствий дискуссий стала кампания травли крупнейшего и авторитетнейшего ученого-адыговеда, зав. сектором истории Каб. НИИ проф. Г. А. Кокиева, завершившаяся его арестом и осуждением. Отголоском событий в Нальчике стали очередной пересмотр положений и научной концепции "Очерков истории Адыгеи" и попытки переоценки упоминавшихся исторического очерка X. А. Пчентлешева и энциклопедических статей Е. С. Зевакина68. Эти факты создают полное представление о непростых условиях и обстановке, в которых происходил процесс становления исторической науки в Адыгее, об общественно-политических и идеологических коллизиях эпохи, на фоне которых формировались методологические и научно-теоретические основы национальной историографии и был задан алгоритм ее развития на несколько последующих десятилетий.

С 1940 года в Майкопе, помимо АНИИ, функционировал и другой крупный научный центр — Майкопский учительский (впоследствии Адыгейский педагогический) институт. В структуре вуза были сформированы кафедры общественных наук, сотрудники которых проводили собственные научно-исследовательские работы по широкому кругу вопросов отечественной и зарубежной истории, теории и методологии общественных и гуманитарных наук, пропаганде научно-исторических знаний. Значительная часть научных интересов историков института лежала в области теории и практики марксизма-ленинизма, истории советского периода и коммунистической партии. Одной из первых работ вузовской науки по местной истории стала диссертация В. М. Глухова "Адыгея в дни Великой Отечественной войны", успешно защищенная в 1949 г.69 Несколько позже к научным исследованиям по истории и культуре Адыгеи советского периода подключились С. Н. Малых, А. В. Бурнышев, В. И.Шафранов и ряд других историков института.

В 40-е годы предпринимаются определенные шаги к налаживанию научных и творческих контактов и сотрудничества между двумя ведущими научными учреждениями области, вылившиеся впоследствии в целый ряд конкретных совместных научных трудов и акций. 29 января 1951 года состоялось заседание сектора истории АНИИ и кафедр истории и марксизма-ленинизма Майкопского учительского института с участием X. Д. Водождокова (директора АНИИ), Е. С. Зевакина, Б. С. Сейраняна, М. К. Ковалева, В. М. Глухова, Ю. К. Намитокова и других. На заседании с докладом о состоянии и задачах изучения истории Адыгеи и о плане-проспекте юбилейного сборника к 30-летию автономии Адыгеи выступил зав. сектором истории АНИИ к. и. н. Е. С. Зевакин. Он призвал вузовских ученых к сотрудничеству по актуальным проблемам истории Адыгеи.

В 50-е годы в жизни и деятельности АНИИ и его секторов произошли существенные позитивные перемены. Коллектив возглавил историк по образованию М. Г. Аут-лев, успешно защитивший в Москве, в ВПА им. В. И. Ленина диссертацию на тему "Партия большевиков — вдохновитель и организатор разгрома немцев под Сталинградом (июль 1942— 1943 гг.)70. Приход в институт специалиста по истории советского периода заметно усилил научно-исследовательскую деятельность всего учреждения и исторического сектора, в частности, по этому направлению. На должность заведующего сектором истории была назначена этнограф, к. и. н. Э. Л. Коджесау. Вскоре, после окончания аспирантуры в Тбилиси, возвращается еще один квалифицированный специалист по этнографии, ст. научный сотрудник М. А. Меретуков. На должность мл. научного сотрудника в сектор был принят окончивший в 1952 году экстерном аспирантуру при Академии пед. наук А. О. Хоретлев. В 1956 г. он успешно защитил кандидатскую диссертацию "Влияние передовой русской педагогической мысли на развитие просвещения адыгов во второй половине XIX в."71

С приходом в сектор высококвалифицированных кадров научно-исследовательская работа заметно активизировалась. Регулярными становятся самостоятельные и совместные с коллегами из Краснодара, Москвы, Абхазии историко-этнографические экспедиции сотрудников отдела в различные регионы Адыгеи и Краснодарского края. Э. Л. Коджесау и М. А. Меретуков неизменно принимали активное участие в полевых археологических исследованиях, проводившихся под руководством научного сотрудника Краснодарского краеведческого музея, к. и. н. Н. В. Анфимова, сотрудника Абхазского НИИ Транша. С приходом в сектор в 1956 году "штатного археолога", мл. научного сотрудника П. А. Дитлера появляется возможность организации самостоятельных археологических экспедиций. Уже первые из них, проведенные в предгорьях Прикубанья, дали сенсационный материал по средневековой истории Адыгеи, вызвавший широкий резонанс среди археологической (общественности страны. Большой энтузиаст и подвижник археологической науки, П. А. Дитлер увлеченно трудился над актуальной и слабо освещенной в науке темой "История средневековой Адыгеи" по материалам полевых исследований. С появлением в институте второго профессионального археолога к. и. н. П. У. Аутлева, в составе сектора истории была выделена самостоятельная археологическая секция.

Сотрудники сектора истории АНИИ все чаще приглашались на научные сессии и научно-практические конференции, проходившие в Москве, Ленинграде, Тбилиси, Баку, Нальчике, выступали с научными докладами и сообщениями. Преобладала в них, по вполне понятным причинам, этнографическая и археологическая проблематика. Сохранилась в этот период практика широкого привлечения к работам по гражданской истории "внештатных" сотрудников как местных, так и других регионов страны (преимущественно Москвы и Краснодара).