Жизнь вносила все новые коррективы в деятельность АНИИ. Уже в июне—июле 1934 года перед коллективом института были поставлены кардинально новые научные задачи, связанные с актуальными проблемами национально-культурного и школьного строительства в Адыгее, с разработкой и подготовкой к внедрению нового алфавита и письменности, составлением учебников для национальной школы и т. п. Это вновь резко изменило как профиль научно-исследовательских работ, так и саму структуру учреждения. Так национальная история и этнография оказывались на периферии научных интересов института.

Нужно признать, что по сравнению с предшествующим периодом, когда усилиями самодеятельных историков и краеведов-энтузиастов адыговедение делало первые, но достаточно уверенные шаги, в 30-е годы местная историческая наука переживала не лучшие времена, пребывая в состоянии своеобразной стагнации.

Помимо обозначенных выше причин, на состоянии и уровне развития исторической, как и других гуманитарных наук, несомненно, сказывалось общее ухудшение общественно-политической обстановки и атмосферы в стране и обществе. Пагубные последствия для науки имели частые и регулярные политические чистки, кампания массовых репрессий, которые не обошли стороной и коллектив АНИИ. Из его рядов были вырваны кадры научных работников, старательно пестовавшихся в 20-е годы в различных вузах страны, но не успевших раскрыть все свои научные и творческие способности. Показательны в этом отношении судьбы М. К. Хуажева, подвижника адыгской культуры и науки, назначенного на должность директора АНИИ, но из-за чисток и гонений не успевшего приступить к своим обязанностям; первого фактического руководителя института И. X. Барона — выпускника Московского института Востоковедения, подававшего большие надежды, погибшего в застенках НКВД, других сотрудников института, ставших жертвами произвола и беззакония. Творческая и научная интеллигенция, в первую очередь, представители общественных и гуманитарных наук, становились частой и уязвимой мишенью для тоталитарного режима. Тема репрессий против научной общеотвенности в Адыгее, большая часть которой была сосредоточена в 30—40-е гг. в стенах ведущего научного учреждения, остается до настоящего времени неисследованной и нераскрытой. Это обстоятельство, кроме прочего, доставляет большие дополнительные трудности при попытке реконструкции объективной и полной картины развития исторической, этнографической и других наук, научной и общественной мысли в Адыгее в указанный период.

Вышеизложенное позволяет объяснить отсутствие в предвоенное десятилетие сколько-нибудь значительных и серьезных научных публикаций и трудов на историческую тематику местных авторов. Можно указать лишь на одну крупную работу но истории Адыгеи, изданную в Майкопе и представлявшую собой коллективный сборник очерков о событиях революционного времени и Гражданской войны в регионе45. Определенную работу по выявлению и публикации архивных и иных материалов но той же проблематике и периоду проводили в Адыгее местные ячейки Истпарта — Облистпарт и Майистпарт. В литературе встречаются упоминания об издании сотрудниками Майкопского Истпарта коллективного труда "О революционном прошлом Майкопа"46. Однако точная и достоверная информация об участии сотрудников АНИИ, его степени и характере в названных изданиях и публикациях отсутствует.

Из немногих известных работ по истории, исполненных штатными и внештатными сотрудниками института, заслуживает внимания труд И. Г. Кулиша "Очерки по социально-экономической истории Адыгеи до Октябрьской революции и после Октября", выполненный в середине 1930-х гг. Рукопись, объемом в 700 машинописных страниц, по неизвестным причинам, осталась неопубликованной47. Не был опубликован и подготовленный И. А. Наврузовым, по договору с АНИИ, "Библиографический указатель дореволюционной литературы о черкесских и абхазских племенах Черкесии и Абхазии". Рукописный труд (18 п. л.) содержал 1795 наименований литературных источников на русском и 134 — на иностранных языках. Работа получила в свое время благожелательные отзывы и положительные рецензии ряда авторитетных ученых страны (Л. И. Лаврова, Е. С. Зевакина)48. Возглавляя областной краеведческий музей, И. А. Наврузов некоторое время являлся внештатным сотрудником АНИИ и внес определенный вклад в развитие и становление в Адыгее краеведения, исторической и этнографической наук, источниковедения, музееведения. Труды "неутомимого деятеля адыгской культуры, этнографии и истории",— так в свое время озаглавил свой историко-биографический очерк о И. А. Наврузове хорошо знавший его С. X. Сиюхов, — представлявшие большой научный интерес и ценность, не были введены в научный оборот по указанным выше причинам.

В конце 1930-х годов институтом предпринимались усилия по подготовке к изданию нового обобщающего труда по истории Адыгеи. Соответствующие договоренности по этому поводу были достигнуты со старшими преподавателями МГУ, проф. С. К. Бушуевым49. Сведения эти, однако, требуют уточнения. Если подобная работа и проводилась, то, в связи с началом ВОВ и по иным причинам, она оказалась надолго прерванной и возобновлена лишь в 1940—50-е годы после восстановления института и его отделов.

Характерно и, в известном смысле, симптоматично, что областная газета в мае 1937 года, подводя некоторые итоги деятельности АНИИ культурного строительства за время его функционирования, указав на конкретные достижения и успехи сотрудников двух секторов института: языкового строительства и литературы и искусства, ничего не сообщала читателям о результатах научной работы третьего — сектора истории и этнографии50. Примечательно, что публикация появилась вскоре после ареста директора института И. X. Барона, в самый разгар политических репрессий в Адыгее и т. н. "адыгейского дела".

9 февраля 1945 года Исполком Адыгейского областного Совета депутатов трудящихся своим решением восстановил "существовавший до оккупации Адыг. НИИ языка, литературы и истории"51.

Среди важных задач, ставившихся перед учреждением, значились: подготовка национальных научных кадров, "содействие органам просвещения области . в подготовке учебников по истории . для высшей и средней школы", "популяризация и пропаганда научных знаний и новейших достижений передовой советской науки в области истории, археологии и этнографии ."52. Временно исполняющим обязанности директора АНИИ был назначен X. А. Пчентлешев. В структуре восстановленного института образован самостоятельный сектор истории, археологии и этнографии. Основное внимание в тот период уделялось изучению истории Великой Отечественной войны53.

В апреле 1946 г. на одном из заседаний Ученого совета института под председательством X. А. Пчентлешева присутствовал в качестве представителя Академии Наук СССР к. и. н. Е. С. Зевакин. В октябре 1946 г. Е. С. Зевакин официально зачисляется в штат института на должность старшего научного сотрудника, и вскоре он возглавил сектор истории54. В начале 1948 года младшим научным сотрудником в сектор истории была принята 22-летняя выпускница исторического факультета Краснодарского пединституты Э. Л. Коджесау55. До середины 50-х гг. и появления новых сотрудников практически вся деятельность сектора и в целом института по изучению национальной истории, культуры и быта адыгов непрерывно связана с именами и трудами этих двух ученых.