У Петербурга был еще один, не менее опасный враг - наводнения. Почва невского устья еще не была искусственно повышена, и даже при незначительном подъеме воды река затопляла острова. Наводнения на­чались с первых же лет. В ночь на 5 октября 1705 года Нева затопила даже левый берег, подмочила сложенные на адмиралтейском дворе при­пасы и разрушила много домов. В сентябре следующего года Петр был разбужен прибылью воды в своем домике на Петербургской стороне. Наводнение затопило "полковничьи хоромы", выстроенные для коман­диров полков; вода там доходила до 21-го дюйма (около 0,5 м) над по­лом, а по улицам везде ездили на лодках. Поэтому заботы Петра с само­го начала были направлены на то, чтобы при застройке города укрепить и поднять почву и дать правильный сток водам. Этим объясняется мно­жество каналов на первоначальном плане Петербурга.

Мало было желающих ехать в новую столицу, в "пустыни, обильныя, - по выражению современников, - только болотами и слезами". В 1705 году в Петербурге было всего 3000 жителей. Для заселения своего "парадиза" Петру пришлось издать указы о высылке со всей России на житье в столицу "людей всяких званий, ремесел и художеств, не убогих, таких, которые бы имели у себя торги, промыслы или заводы ." Все пе­реселенцы должны были строить себе в Петербурге дома и жить в них безвыездно.

Первоначально город строился без всякого плана и на одной Петер­бургской стороне. Первыми улицами были Большая и Малая Дворян­ская, Посадская и смежные с ней улицы. При Петре I улицы были без названий, дома без номеров, так что приезжему в столице было очень трудно разыскать своих знакомых. Дома строились как попало, были деревянные, без дворов, низенькие, со входом прямо с улицы. Потолки протекали, а за большими обедами разгоряченные лица гостей охлажда­лись крупными каплями дождя. Когда по улице проезжал экипаж, из-за зыбкой почвы в домах начинали дрожать стекла и посуда. Пожар, ис­требивший в июле 1710 года обширный рынок и окрестные дома, дал понять, как необходимо строить дома на расстоянии друг от друга, и что очень важно правильно располагать улицы и кварталы.

Через несколько лет после закладки крепости первый архитектор но­вой столицы Доменико Трезини приступил к перестройке Петропавлов­ской крепости в каменную. Итальянец по происхождению, родившийся в Швейцарии, ставший известным своими работами при дворе датского короля, он принял приглашение Петра и всю оставшуюся жизнь посвя­тил обустройству Санкт-Петербурга.

Крепость строилась и украшалась на протяжении всего XVIII века. Она - грозная и величественная. Высота бастионов достигает 12 метров, ширина доходит до 20. В царствование Екатерины II куртины и бастио­ны, обращенные к Неве, были облицованы крупными блоками серого гранита. За всю свою историю Петропавловская крепость не сделала ни одного боевого выстрела. Зато под ее прикрытием вырастала на невских берегах новая столица России.

Центральный остров Петроградской стороны с самого начала мыс­лился как центр "новопостроенного города". Об этом свидетельствует еще одно название острова - Городской остров. Его Троицкая площадь была раскрыта в сторону Невы, и берега которой возник первый мор­ской порт. Центром площади стала деревянная Троицкая церковь, в ко­торой не раз оглашались важные государственные указы. Именно в ней в честь окончания Северной войны Петр принял титул императора. Ря­дом с портом уже с 1705 года шумели торговые ряды, состоявшие из не­скольких сотен деревянных лавок. Когда в 1710 году они сгорели, Петр распорядился построить недалеко от пожарища новый Гостиный двор. Это было обширное мазанковое строение в два яруса, крытое черепи­цей. Внутри него был большой двор. Лавки Гостиного двора выходили и на площадь и во двор. Гостиный двор был государев, и сборы с торгов­цев поступали в казну. Вне Гостиного двора никому не дозволялось ни складировать, ни продавать товар. В Гостином дворе расположилась и первая биржа. Троицкая площадь стала и местом народных гуляний по поводу очередных побед в Северной войне, и местом жестоких казней. Здесь били кнутом, выдирали языки, отрубали головы и водружали их на колья. Тела повешенных по много дней "украшали" площадь для уст­рашения воров и государственных преступников.

Вслед за Петербургской стороной стал застраиваться Васильевский остров. Петр приказал всем духовным и светским владельцам деревень, монастырям и дворянам строить там себе дома, которые надо было вы­строить за три года, иначе они могли лишиться всего имения. Земли и лес для постройки раздавались бесплатно, но дома должны были стро­иться каменные; только бедные люди получали разрешение строить себе деревянные жилища, и то в переулках и задних улицах. Было построено несколько кирпичных заводов, которые производили несколько мил­лионов кирпичей в год. Улицы перед домами должны были быть вымо­щены и засажены липами. Первая постройка на Васильевском острове была начата Меншиковым. В его роскошных палатах был потом поме­щен кадетский корпус. От палат Меншикова шла длинная просека к мо­рю - нынешний Большой проспект. Петр мечтал сделать Васильевский остров центром столицы; по его проекту Петербург должен был пред­ставлять нечто среднее между Амстердамом и Венецией: все 12 линий были прорезаны каналами; по этим каналам должны были приходить суда из Кронштадта прямо к бирже и к магазинам, а три поперечных ка­нала должны были служить для удобного привоза жителям съестных припасов. Этими каналами Петр думал предохранить город от внезап­ных наводнений. На Малом и Большом проспектах были рынки, а в са­мом центре острова Петр. хотел развести хороший сад в версту длины и ширины; ближе к морю оставлены были луга для пастбищ. Но каналы прорыли значительно уже амстердамских. Царь, сильно раздосадован­ный, хотел все работы произвести вновь. Но это потребовало бы боль­ших затрат: пришлось бы сносить дома и расширять каналы. Этот план так и остался невыполненным. Каналы потом были засыпаны.

На левом берегу Невы в 1704 году заложили Адмиралтейство. И уже через два года там строились суда и спускались на реку. Здание Адми­ралтейства представляло из себя небольшую башню со шпилем. Все ме­сто было окружено небольшим земляным валом. Возле Адмиралтейства развели парк, а за парком, на пустыре, Петр заложил в 1707 году дере­вянный собор в память святого Исаакия Далматского. Невдалеке были дома служащих морского ведомства и жилища иностранцев. Все по­стройки возводились наскоро, из тонких бревен, густо обмазанных гли­ной, а крыши - крыты дерном.

Все пространство левого берега Невы было еще покрыто лесом, только кое-где встречались мелкие села в 2-3 дома. Братия Александро-Невского монастыря, который был основан в 1710 году там, где когда-то Александр Невский победил шведов, начала устраивать прямую дорогу к Адмиралтейству по непроходимому болоту в ивняке - это нынешний Невский проспект, или как его тогда называли - "Невская перспектива". Каждый год загружалось это болото днищами барок, которые к сле­дующей весне до того опускались в жидкую грязь, что надо было ста­вить новые днища. Так как движение по проспекту было очень ожив­ленное, канавы, прорытые по сторонам дороги засыпались. Все это требовало расходов, поэтому Петр велел брать с каждого верхового по Невскому проспекту по одному алтыну, с телеги 5 копеек, с кареты -гривну. Тогда на Невском не было еще ни одного дома.