На третьем, заключительном этапе, предусматривалось завершить создание таможенного союза (Турция должна была полностью либерализовать импорт промышленных товаров ЕЭС к концу 1995 года), выработать и принять регламент турецкой рабочей силы и капитала. Предполагалось, что с 1995 года Турция станет полноправным членом Европейского сообщества.[2]

Но за годы, прошедшие с подписания Анкарского договора, отношения Турции и ЕЭС, преобразовавшимся в Европейский Союз (ЕС), переживали взлёты и падения, периоды успешной реализации намеченных интеграции и практически полного прекращения диалога, после того, когда к власти в результате военного путча пришли военные. В 1981 году ЕЭС приостановил с ней контакты, приняв решение о том, что заявка о полноправном членстве Турции может быть подана ею только после восстановления демократии в стране, что стало возможно лишь после 1983 года, когда военный режим сменился гражданской администрацией, и в республике прошли свободные выборы. В 1987 году Турция вновь подала заявку на полное членство в ЕС, но Европейская комиссия отклонила ходатайство Турции, обосновав это своей перегруженностью, но подтвердила возможность вступления Турции в эту организацию.

Окончание «холодной войны» побудило Европейское Сообщество повернуться спиной к Турции, поскольку для трансатлантического альянса измерение безопасности уже не имело первостепенного значения, т.к. советская угроза исчезла. ЕС был занят проблемами объединения Германии и должен был задуматься о своём расширении, чтобы стабилизировать восточную часть континента. Долгое время турецкая элита не осознавала, насколько изменились условия европейского контекста, которые - в отличие оттого, что было раньше, - делали невозможным толерантное отношение к несовершенной демократии с её дефицитами в ситуации с правами человека. В ходе гражданской войны, которая велась под руководством Курдской рабочей партии (КРП), была снята с повестки дня программа демократизации. Отношения между Турцией и ЕС испортила и убежденность части государственной элиты, что Европа (и в особенности Германия) если не поддерживают, то по меньшей мере терпят КПР. Таким образом, итог 90-х годов для отношений между ЕС и Турцией и, в особенности, Германии и Турции был негативным.

Несмотря на эту испорченную атмосферу, 18 декабря 1989 года Комиссия Европейских сообществ (КЕС) опубликовала два документа: «Мнение Комиссии по заявке Турции на вступление в Сообщество» и доклад «Турецкая экономика: структура и развитие», который представлял собой развернутый анализ состояния турецкой экономики, в том числе её сравнение с Грецией, Испанией и Португалией как наименее развитыми членами Турции в ЕЭС на данном этапе. Кроме того, Комиссия заявила о том, что «вопрос о расширении Сообщества должен быть рассмотрен только после объективной оценки реального осуществления мер по интеграции внутри ЕЭС, которые планировались на конец 1992 года».[3]

5 февраля 1990 года Совет без изменений принял доклад КЕС. Не подвергнув сомнению, статус Турции как ассоциированного члена, он, тем не менее, не назначил дату начала переговоров о полноправном вступлении Турции в ЕЭС. Кроме того, заявка Турции не была рассмотрена в Европарламенте, как того требует процедура. И всё же 6 июня 1990 года КЕС разработала и представила Совету программу, получившую название «Пакет Мэтьюса». В ней предусматривались конкретные меры по созданию в 1995 году таможенного союза, а также сотрудничество с Турцией в области политики, промышленности и сельского хозяйства.[4] Однако противодействие Греции, причиной которого послужили ее территориальные споры с Турцией в Эгейском море и присутствие турецких войск на Кипре, нивелировало вышеупомянутую инициативу Еврокомиссии.

В процессе подготовки к созданию таможенного союза с ЕС Турция в торговле со странами, входящими в этот блок, снизила пошлины на импортные товары с 19,7% в 1993 г. до 12,8% в 1994 г., что для нее было нелегко, поскольку торговый дефицит с ЕС рос и составлял в 1993 г. 5 миллиардов долларов.[5] ЕС рассматривал меры государственного содействия экспорту как проявление несправедливой конкуренции. Турецкое правительство вынуждено было считаться с подобными требованиями Евросоюза. В начале октября 1993 года во все государственные организации Турции был разослан утвержденный президентом С.Демирелем циркуляр премьер-министра, в котором указывалось, что необходимо поэтапно отменить все поощрительные меры и субсидии, не соответствующие законодательству ЕС. На деле это означало ликвидацию прямых денежных субсидий (в том числе на транспортные цели или экспортные отрасли) и ряда налоговых льгот. 6 марта 1995 года в Брюсселе было подписано соглашение о создании таможенного союза Турции и Европейского Союза (ЕС). В соответствии с ним были отменены пошлины во взаимной торговле промышленными товарами; Турция прекратила практику взимания с импорта из стран ЕС сборов в Фонд массового жилищного строительства (ТКФ), были полностью ликвидированы количественные ограничения на экспорт, в частности квоты на турецкую текстильную продукцию, а также контингенты, ограничивавшие импорт турецких продуктов нефтепереработки. Турция начала применять в отношении импорта из третьих стран Единый внешний тариф (ЕВТ) ЕС. Таким образом, произошло снижение защитных мер во взаимной торговле Турции и ЕЭС. Важным дополнением к соглашению о таможенном союзе стало соглашение между Турцией и Европейским сообществом угля и стали (ЕОУС) о свободной торговле, которое вступило в силу 1 августа 1996 г. В рамках этого соглашения страны ЕС отменили пошлины на турецкие товары, входящие в компетенцию ЕОУС (изделия черной металлургии, являющиеся продуктами первой стадии переработки). Турции было предоставлено право осуществить подобное снижение на 142 наименования соответствующих товаров постепенно, в течение трех лет. В 1999 году на ЕС приходилось 47% экспорта Турции, а импорт из стран Евросоюза достиг 51% от общего объема. В странах ЕС работало почти 2 млн. турецких иммигрантов, а на инвалютных счетах турецких рабочих находилось 13 млрд. долларов. Объем взаимной торговли товарами превышал 28 млрд. долларов в год.[6] Серьезным препятствием для принятия Турции в ЕС является сохраняющийся разрыв в уровнях социально-экономического развития. Турция опережает наименее развитые страны ЕС: Испанию, Португалию и Грецию лишь по темпу роста ВВП, экспорта и размерам дефицита государственного бюджета. Пока, тем не менее, с точки зрения показателей эффективности экономики, Турция не вписывается в рамки, приемлемые для страны-члена Евросоюза. Несмотря на очевидные прорывы в экономическом сотрудничестве сторон, на интенсивных переговорах с представителями Евросоюза в начале 1995 года Турции не удалось добиться включения в итоговые документы положения о повышении уровня политического диалога с ЕС, ориентированного на перспективу полноправного вступления страны в эту организацию. Отдельно в докладе Еврокомиссии от 13 декабря 1995 года были сформулированы основные области, заслуживающие внимания для вступления Турции в ЕС: конституция 1982 года, соблюдение прав человека и поиск политического решения курдской проблемы.