Русские отряды вернули некоторые города, в которых укрепились сторонники Выговского(Мстиславль, Рославль); штурмом взяли Старый Быхов. В начале 1659 года войска Трубецкого двинулись на Левобережную Украину. Правда, на этот раз опытный воевода допустил ошибку. Вместо того, чтобы идти к Киеву на соединение с войсками В.Б.Шереметева для дальнейшего противодействия Выговскому, которого следовало разбить до подхода его союзников – татар, Трубецкой задержался под Конотопом, сам попал под удар гетмана и вынужден был отступить. Но в августе Выговский вместе с татарами был разбит русскими полками, стоявшими в Киеве. После этого он был лишён гетманства, и его место занял младший сын Богдана Хмельницкого Юрий, подписавший с Россией в том же 1659 году так называемые Переяславские статьи. Они восстанавливали статус Украины, провозглашённый Переяславской радой. Тем не менее новый гетман также смотрел в сторону Польши.

В 1660 году военные действия первоначально развивались успешно для русских. Князь Хованский взял Брест. Отряд Змеева разбил поляков под Слуцком и преследовал их на протяжении пятнадцати вёрст. Русское верховное командование внимательно следило за развитием боевых действий и способами их ведения. Царь предписывал «…К городам на приступы без нашего указу не посылать, а под польскими и литовскими городами промысел чинить всякими вымыслы, опричь приступов(т.е. всеми способами, кроме штурмов), чтобы нашим ратным людям в том потери впредь не было». Он требовал вести постоянную разведку неприятеля, быть особенно осмотрительными при расположении «на станах». Но военная фортуна начала отворачиваться от русских. После заключения весной 1660 года Оливского договора со Швецией Польша перебросила высвободившиеся силы на Украину и в Белоруссию. Дважды терпел поражение Хованский, так удачно действовавший против шведов. Пали Мстиславль и Кричев. Положение поправили войска князя Долгорукого. 24 сентября у села Губарева, в нескольких десятках километров от Могилёва, они встретились с объединёнными силами Сапеги, Чарнецкого, Паца Полубенского.Четыре дня шёл упорный бой, в котором преимущество постоянно было на стороне русских. В конце концов польско-литовские войска были разгромлены и бежали, преследуемые казаками, но сумели при этом нанести новое поражение Хованскому, двигавшемуся на соединение с Долгоруким.

В сентябре на Украине настоящая катастрофа постигла 35-тысячное русско-казацкое войско В. Б. Шереметева, шедшее на соединение с Юрием Хмельницким для нового наступления на Львов. Гетман не спешил на помощь союзнику. Между тем дорогу русским преграждало 30-тысячное войско гетманов Потоцкого и Любомирского, в свою очередь дожидавшееся подхода крымской конницы(приблизительно 40-60 тыс. всадников). Шереметев не сумел помешать объединению поляков и татар, и ему пришлось вести тяжёлые бои в окопах и движущемся таборе. Он отступил к Чуднову и занял крайне неудачную позицию в низине. Окружённый плотным кольцом противника, воевода пошёл на прорыв, потерпел неудачу и 23 октября капитулировал. Юрий Хмельницкий спокойно наблюдал за происходящим, т.к. заключил с поляками новое соглашение, подчинявшее Правобережную Украину Речи Посполитой. Но Киев и Левобережье гетману и его новым союзникам подчинить не удалось. Поражение же Шереметева сказалось на условиях Кардисского мира со Швецией, подписанного летом 1661 года. Русские вернули шведам все завоёванные территории, оговорив только их невмешательство в польско-украинско-белорусские дела.

На северо-западном направлении поляки продолжали досаждать Хованскому. Их войска появились уже в русском тылу. В феврале 1662 года в результате восстания в Могилёве русские потеряли этот город. В ноябре поляки взяли Вильно, который почти полтора года оборонял героический гарнизон под командой князя Мышецкого. Неприятель вошёл в город, когда осталось лишь 78 защитников. 9 июля 1662 года русские покинули Борисов, который удерживали два года. В 1663-1664 годах война с новой силой вспыхнула на Левобережной Украине, где король Ян Казимир и гетман Павел Тетеря (возглавлявший казаков, видевших в Польше союзника) начали наступление на русско-казацкое войско Ромодановского и гетмана Брюховецкого. Неудачная осада плохо укреплённого Глухова и поражения в боях с Ромодановским и Брюховецким под Новгород-Северским заставили поляков, верных им казаков и соединившееся с ними литовское войско спешно отступать.

Боевые действия постепенно затухали. Обе стороны, истощённые войной, искали мира. Москву к этому подталкивали финансовая катастрофа, связанная с выпуском медных денег, и внутренние волнения, хотя в военном отношении возможности России не были исчерпаны. В январе 1667 года начались длительные и трудные мирные переговоры. Сначала поляки требовали ни много ни мало – подтверждение условий Поляновского мира (1634 г.). 30 января 1667 года было подписано Андрусовское перемирие сроком на тринадцать с половиной лет. По его условии Россия получала смоленские и черниговские земли, Левобережную Украину, а также Киев (поляки уступили его на два года, но обратно вернуть не сумели). Запорожская Сечь переходила под совместное управление двух государств. Белоруссия же, часть Литвы и польской Ливонии, завоёванные в 1654-1655 годах потом и кровью русских ратных людей, вместе с Правобережной Украиной вновь отходили к Речи Посполитой. Покладистость русской дипломатии, как и прежде, была неоправданно велика. Возглавлявший московскую делегацию искуснейший политик Ордин-Нащокин был последовательным сторонником русско-польского союза, цель которого он видел в объединении усилий для борьбы за Прибалтику со Швецией. Во имя этого он готов был пожертвовать и Левобережьем, забывая, что уже отказ от Белоруссии лишал Московское государство важных стратегических позиций на северо-западе. Таким образом, вопрос о присоединении восточнославянской территории Речи Посполитой к России был разрешён в Андрусове менее чем наполовину.

5. Украина и Россия после Андрусовского перемирия.

Последующие события на Украине требовали от московского правительства постоянного внимания. Далёкая от внешнего и внутреннего мира, раздираемая социальными противоречиями, борьбой казацких группировок, Украина чувствовала на себе пристальные взгляды сразу нескольких заинтересованных в её судьбе государств – не только России и Польши, но также Турции и Крыма. Сменялись один за другим гетманы – Павел Тетеря, Пётр Дорошенко, Иван Брюховецкий, Демьян Многогрешный и др. Все они придерживались пропольской и протурецкой ориентации и были в лучшем случае неверными союзниками Москвы, а в худшем – её прямыми врагами. Глуховская рада, состоявшаяся в марте 1669 года, на кокое-то время улучшила отношения верхов украинского общества с русской администрацией на Украине. Глава Малороссийского приказа (высшего российского учреждения, ведавшего украинскими делами) Артамон Сергеевич Матвеев со своей стороны стремился контролировать ситуацию с помощью тайных агентов. Он изыскивал возможности, чтобы склонить «под царскую руку» Дорошенко и правобережное казачество, среди которого было немало людей, симпатизировавших России.