Тем временем демонстранты успели подойти к Московской улице, и им оставалось идти менее получаса. Тогда Ф.Р. Козлов созвонился с Н.С. Хрущевым в Москве, настаивая на том, чтобы командующему войсками СКВО генералу Плиеву дали директиву из центра о применении воинских частей в пресечении демонстрации. Такая директива от министра обороны Малиновского генералу Плиеву поступила. 2 июня днем из Ростова-на-Дону в Новочеркасск завезли необходимое вооружение и боеприпасы. К середине дня все части вооружили боевым оружием. Оперативный штаб по управлению всеми правительственными силами возглавил заместитель министра внутренних дел СССР Ромашков. Он принял решение сосредоточить в Новочеркасске дополнительно части внутренних войск: 98-й отдельный батальон из Каменска-Шахтинска и 566 полк из Грозного, а также весь оставшийся в Ростове личный состав 505 полка.

Демонстранты подошли к зданию ГК КПСС и Горисполкома, точнее расположились в сквере перед зданием. В здании в это время находились председатель горисполкома Замула и заведующий отделом ЦК КПСС Степаков, которые предприняли попытку провести переговоры с митингующими. Но их призыв прекратить беспорядки и вернуться на рабочие места был встречен возмущением демонстрантов. Группа агрессивно настроенных демонстрантов прорвалась через редкое оцепление военных в здание с целью захватить в заложники кого-либо из руководителей. Но в кабинетах никого не нашли. Имелись попытки взломать дверь партийно-государственного архива. В ряде кабинетов разрушили двери, разбили люстры, испортили телефонную связь.

Ф.В. Лукичева оказалась в самом эпицентре событий: «Навстречу нам шла колонна людей с транспарантами, флагами, портретами правительства. Впереди шли дети — пионеры в красных галстуках. От колонны отделилась часть людей, и они кинулись к дверям исполкома, смяв охрану, ворвались в здание. На балкон вышел председатель горисполкома Замула, но он ничего не успел сказать народу, так как был смят ворвавшимися людьми… Затем на балконе появились опять эти люди и стали бросать с балкона портреты руководителей партии и правительства. Одна женщина трясла над головой батоном колбасы и кричала: «Смотрите, что они жрут!» Буфет в здании горкома партии был разгромлен». Еще очевидцы утверждали, что на балкон вытащили какого-то чиновника в галстуке. По лицу у него размазывали сливочное масло.

Эту небольшую победу демонстранты подкрепили призывами к тому, чтобы направить делегацию для переговоров в правительственный штаб к А.И. Микояну, находившемуся в здании бывшего Кадетского корпуса, а в то время кавалерийских курсов, а также идти к зданию городской милиции и освободить тех людей, которых органы арестовали в ночь с 1-е на 2-е июня. Первая группа безрезультатно провела встречу не с А.И. Микояном, а с Ф.Р. Козловым. А вторая группа ушла к зданию городского отдела милиции. Оставшееся на площади большинство демонстрантов вскоре увидело генерал-майора Олешко с 50 вооруженными автоматчиками, которые оттеснили толпу от здания ГК КПСС и Горисполкома. На все просьбы и требования генерала уйти от здания, митингующие отвечали неодобрительными возгласами и лозунгами. Для прекращения беспорядка автоматчики дали предупредительный залп в воздух. Толпа отхлынула, но затем вернулась на исходные позиции, так как кто-то крикнул, что их пугают и по живым людям стрелять не будут. Задние ряды, не зная, что происходит впереди, давили на передние и те медленно стали продвигаться к зданию. Автоматчики дали еще один предупредительный залп в воздух. Толпа не останавливалась. Некоторые стали вырывать оружие у солдат. Прозвучало несколько выстрелов по толпе. Упали первые убитые и раненые, в т.ч. с деревьев в сквере, где сидели любопытные мальчишки. Возникла паника, давка. Люди стали разбегаться. На опустевшую площадь вскоре прибыли санитарные и пожарные машины. Одни вывозили трупы в морг при инфекционной больнице и раненых в хирургическую больницу, а другие смывали брандспойтами кровь на асфальте. Вечером и ночью шли аресты лиц, наиболее активно проявивших себя в демонстрации или погромах.

Версий расстрела митингующих выдвигается несколько, вот, например, что об этом пишет Кирсанов Е.И. – историк-краевед: «По утвердившейся в сознании многих людей версии, стреляли в толпу солдаты из оцепления здания Горкома партии и Горисполкома. Но в таком случае они, стреляя из автоматов, уложили бы не одну сотню плотно стоящих перед зданием людей. А убитыми на площади оказалось 17 чел. (по другим данным - 20 чел.) и несколько десятков ранены. Военная прокуратура России в фильме, показанном по ОРТ в передаче «Как это было» (25.10.97г.), склоняется к версии, что стреляли сверху, с крыши здания Горкома партии и Горисполкома и скорее всего из одного пулемета. Кто и почему это сделал - неизвестно. Но, по крайней мере, эта версия ближе к истине, она более правдоподобна и убедительнее отвечает на вопрос, почему, стрелявшие из автоматов 50 солдат убили только 17 человек и несколько десятков ранили из рядом стоящей плотной толпы, а не значительно больше, как это можно было ожидать исходя из сложившейся ситуации. Частично эту же версию подтверждает и тот факт, что первые выстрелы и пули пришлись на деревья, где сидели вездесущие мальчишки. После первой очереди они посыпались на землю как горох. Среди них оказались раненые. Можно связать с этой же версией и те следы от пуль, которые остались на тыльной стороне памятника Ленину, стоявшего на значительном расстоянии от здания Горкома партии и Горисполкома. Да и женщина, упавшая от ранения в ногу, находившаяся в момент ранения за толпой, а не впереди толпы, также подтверждает версию о стрельбе с крыши, а не о выстрелах «в лоб» автоматчиков из оцепления здания. Есть ссылки на то, что 10 чел. на площади были убиты выстрелами в голову. Это также косвенно указывает на то, что стреляли сверху. А снайпера это были или один пулеметчик, это уже другой вопрос…»

Вообще же расстрел на площади, напугав обывателей и здравомыслящих, тем не менее не вызвал всеобщего паралича. Стихийный протест продолжался. Во второй половине дня на площади у горкома еще можно было услышать призывы добиваться своего и даже мстить за убитых. Н.И. Бугайчук, осужденный впоследствии за участие в беспорядках, «призывал солдат к неповиновению и физическому уничтожению офицеров Советской Армии, а также провоцировал толпу к расправе над одним офицером, заявляя хулиганствующим элементам, что он якобы отдал приказ стрелять в погромщиков».[1] «Упертым» бунтовщиком оказался и Михаил Кузнецов. Вечером второго июня он «неоднократно пытался бросать камни в военнослужащих, проезжавших на автомашинах, препятствовал их движению, выкрикивал угрозы в адрес военнослужащих».[2]

А между тем в горотделе милиции на Московской улице также прошли столкновения со смертельным исходом. Часть демонстрантов, пытаясь освободить участников событий, арестованных КГБ в ночь с 1-го на 2-е июня, проникла в здание милиции и один из них сумел вырвать автомат у часового. Его напарник открыл огонь на поражение и убил 4-х нападавших и нескольких ранил. Случайной пулей был убит у забора 15-ти летний мальчик. После этого ситуация резко изменилась и около 30 демонстрантов, ворвавшихся в здание горотдела милиции, были арестованы и посажены в изолятор. Рядом в здании Госбанка офицеры и солдаты захватили группу лиц, пытавшихся провести погром в банке.