При подборе кандидатов на посты народных комиссаров Ленин предложил Троцкому занять пост комиссара по внутренним делам. Этот пост традиционно был самым важным в России на протяжении целого столетия. Но Троцкий отказался. Троцкому решили дать пост наркома по иностранным делам. И хотя Троцкий не имел никакого дипломатического опыта, а по своей натуре был скорее человеком прямым, весьма не дипломатичном, он согласился.

Троцкий рассказывает, что мысль об участии в правительстве, в управлении страной и его застигла врасплох. Он пытался оказаться вообще вне правительства, оставив за собой руководство партийной печатью. Но Ленина настаивал, чтобы Троцкий не только принял участие в правительстве, но и взял на себя управление внутренними делами. «Я возражал откровенно разъясняет Троцкий, - и в числе других доводов выдвинул национальный момент: стоит ли, мол, давать в руки врагам такое дополнительное оружие, как мое еврейство?» Ленин был почти возмущен.

Доводы Троцкого признали основательными Свердлов и еще несколько членов ЦК. Ленина остался в меньшинстве. Однако из правительства Троцкого совсем не отпустил.

В первые дни после окончания II Всероссийского съезда Советов, который по докладу Троцкого утвердил постановление о создании Совета Народных Комиссаров как временного рабочего и крестьянского правительства, а самого докладчика – народным комиссаром по иностранным делам, Троцкому пришлось заниматься именно внутренними делами. Он входил наряду с Лениным во все чрезвычайные органы для организации разгрома мятежников, участвуя в заседаниях ЦК и ВРК, созданного 27 октября штаба ВРК.

Так , он вместе с Лениным приходит 28 октября в штаб ВРК, контролирует его работу. В связи с тем, что войска Керенского к этому моменту заняли не только Гатчину, но и Царское Село и находились в 20 – 25 километрах от Петрограда, Ленин и Троцкий настояли на том, чтобы штаб ВРК немедленно переехал в помещение штаба Петроградского военного округа на Дворцовой площади, и воспользовался техническим аппаратом штаба и его системной связи. В 5 часов дня 28 октября Ленина и Троцкий приезжают в штаб округа и лично проверяют, как там начал работать штаб ВРК. В ночь на 29 октября Троцкий вместе с Ленины приезжают на Путиловский завод , чтобы убедить рабочих усилить выпуск оружия. Утром 29 октября Троцкий вместе с Лениным участвуют в контроле над разработкой Военно-революционным комитетом плана подавления мятежа юнкеров. Мятеж этот удалось к вечеру 29 октября полностью подавить, что сорвало планы контрреволюции. 27-31 октября Троцкий выступает на многих митингах и собраниях.

Наряду с прямыми военными задачами Троцкий безоговорочно поддерживал Ленина, отстаивавшего власть, которую II Всероссийский съезд Советов вручил Совету Народных Комиссаров.

Позиция Троцкого была четкая и определенная: он против коалиционного социалистического правительства, за сохранение власти в руках Совнаркома, составленного из одних большевиков.

Троцкий поддерживает резолюцию Ленина с осуждением оппозиции внутри ЦК, он первым после Ленина подписывает ультиматум больштнства ЦК меньшинству от 3 ноября 1917 года.

В тот же день состоялось второе заседание Совнаркома, почти целиком посвященное обсуждению вопроса о соглашении с другими партиями и положению в Москве. Ленин и Троцкий на этом заседании выступали за прекращение переговоров о соглашениях с партиями меньшевиков и эсеров. Первое время Ленин и Троцкий работали в одном и том же кабинете, комната №67 Смольного. Затем Троцкий переехал в другое помещение. «Кабинет Ленина и мой, - вспоминал Троцкий, - были в Смольном расположены на противоположных концах здания. Мы были вязаны телефоном». 15 ноября в «Правде» за подписями Троцкого и Ленина было напечатано обращение к «Народам воюющих стран» о том, что германский главнокомандующий согласен на заключение немедленного перемирия, чтобы открыть переговоры о демократическом мире, на основе признания самоопределения народов, мира без аннексий и контрибуции. Советское правительство предложило отложить начало переговоров еще на пять дней, до 19 ноября 1917 года, чтобы дать последний шанс своим союзникам присоединиться к переговорам.

18 ноября Троцкий принял начальника американской военной миссии генерала Джадсона. Беседа носила даже дружественный характер.

После длительного периода Троцкий вновь получил возможность читать немецкие газеты и поначалу с жадностью набросился на них. Но вскоре и они не заполняли весь вынужденный досуг. Тогда Троцкому пришла такая идея: не написать ли между делом «Историю Октябрьской революции»? Вскоре получилась книжка листов на восемь, предназначенная автором, прежде всего для иностранного читателя. Книжка была вскоре переведена на дюжину европейских и азиатских языков.

Во время одного из перерывов в переговорах в начале 1918 года Троцкий прибыл в Петроград и изложил Ленину и руководству партии суть немецких предложений. Последовала серия заседаний, на которых вопрос о заключении мира стал обсуждаться с предельной горячностью.

11 января 1918 года ЦК заседал один. После тщательного обсуждения мнения практически разделились. Добившись полукомпромиса на заседании ЦК 11 января, Ленина провел после этого III Всероссийский съезд Советов.

В последней декаде января Троцкий вновь в Брест-Литовске. Он телеграфировал оттуда, что немцы затягивают переговоры. Прямой провод был выведен из строя. Множились слухи о революции в Германии и Австрии. А отсутствии Троцкого немцы наконец предъявили ультиматум – это произошло 15 (28) января 1918 года. Ленина ответил : «Наша точка зрения вам известна». Что это означало? Документ о том, что ЦК дал прямое указание на заключение мира, пока не опубликован. Поэтому, в сущности, у Троцкого была только одна «точка зрения»: постановление ЦК РСДРП (б) от 11 января, а именно «мы войну прекращаем, мира не заключаем» с дополнением «всячески затягиваем подписание мира». Затягивать было больше нельзя, значит, нужно было делать вывод. Троцкий его и сделал. Он прервал переговоры с заявлением о том, что Россия мира не подписывает, но состояние войны объявляет прекращенным и армию демобилизует. Поздно вечером 28 января (11 февраля) Троцкий отправляет телеграмму в Ставку Н.В. Крыленко с предписанием отдать приказ в ночь на 29 января о прекращении состояния войны с Германией и демобилизации русской армии.

Утром 21 января 1918 года в Смольном Ленин беседует с Троцким, только что прибывшим из Брест-Литовска. Троцкий самоуверенно убеждал Ленина, что немецкое командование не посмеет наступать, а если такой приказ и будет отдан, солдаты не пойдут в бой.

23 февраля были получены новые германские условия мираЮ гораздо более тяжелые, чем те, которые были предъявлены ультимативно 15 января от отвергнуты Троцким 28 января. На заседании ЦК РСДРП (б) 23 февраля большинством в семь голосов против четверых голосов «левых коммунистов» и при четверых воздержавшихся (Троцкий, Иоффе, Крестинский, Дзержинский) ленинское предложение было принято, а затем ВЦИК также утвердил принятие немецких условий. Советская власть была спасена, однако очень большой ценой, которая могла бы быть неизмеримо меньше, если бы Троцкий не был так уверен в своих прогнозах относительно близости германской революции и невозможности кайзеровских войск возобновить свое наступление.