4.3. Третичная структура

Под этим термином понимают полную укладку в простанстве всей полипептидной цепи, включая укладку боковых радикалов. Полное представление о третичной структуре дают координаты всех атомов белка. Благодаря огромным успехом рентгеноструктурного анализа такие данные, за исключением координат атомов водорода получены для значительного числа белков. Это огромные массивы информации, хранящиеся в специальных банках данных на машиночитаемых носителях, и их обработка немыслима без применения быстродействующих компьютеров. Полученные на компьютерах координаты атомов дают полную информацию о геометрии полипептидной цепи, в том числе значения торсионных углов, что позволяет выявить спиральную структуру, b-складки или нерегулярные фрагменты. Примером такого исследовательского подхода может служить следующая пространственная модель структуры фермента фосфоглицераткиназы:

Общая схема строения фосфоглицераткиназы. Для наглядности a-спиральные участки представлены в виде цилиндров, а b-складки – в виде лент со стрелкой, указывающей направление цепи от N-конца к С-концу. Линии – нерегулярные участки, соединяющие структурированные фрагменты.

Изображение полной структуры даже небольшой белковой молекулы на плоскости, будь то страница книги или экран дисплея мало информативно из-за чрезвычайно сложного строения объекта. Чтобы исследователь мог наглядно представлять простанственное строение молекул сложных веществ, используют методы трехмерной компьютерной графики, позволяющей выводить на дисплей отдельные части молекул и манипулировать с ними, в частности поворачивать их в нужных ракурсах.

Третичная структура формируется в результате нековалентных взаимодействий (электростатические, ионные, силы Ван-дер-Ваальса и др.) боковых радикалов, обрамляющих a-спирали и b-складки, и непериодических фрагментов полипептидной цепи. Среди связей, удерживающих третичную структуру следует отметить:

а) дисульфидный мостик ( – S – S – )

б) сложноэфирный мостик (между карбоксильной группой и гидроксильной группой)

в) солевой мостик (между карбоксильной группой и аминогруппой)

г) водородные связи.

В соответствии с формой белковой молекулы, обусловленной третичной структурой, выделяют следующие группы белков:

1) Глобулярные белки. Пространственная структура этих белков в грубом приближении может быть представлена в виде шара или не слишком вытянутого эллипсоида - глобулы. Как правило, значительная часть полипептидной цепи таких белков формирует a-спирали и b-складки. Соотношение между ними может быть самым различным. Например, у миоглобина (подробнее о нем на стр.28) имеется 5 a-спиральных сегментов и нет ни одной b-складки. У иммуноглобулинов (подробнее на стр.42), наоборот, основными элементами вторичной структуры являются b-складки, а a-спирали вообще отсутствуют. В вышеприведенной структуре фосфоглицераткиназы и те и другие типы структур представлены примерно одинаково. В некоторых случаях, как это видно на примере фосфоглицераткиназы, отчетливо просматриваются две или более четко разделеннные в пространстве (но тем не менее, конечно, связанные пептидными мостиками) части – домены. Зачастую различные функциональные зоны белка разнесены по разным доменам.

2) Фибриллярные белки. Эти белки имеют вытянутую нитевидную форму, они выполняют в организме структурную функцию. В первичной структуре они имеют повторяющиеся участки и формируют достаточно однотипную для всей полипептидной цепи вторичнкю структуру. Так, белок a-креатин (основной белковый компонент ногтей, волос, кожи) построен из протяженных a-спиралей. Фиброин шелка состоит из периодически повторяющихся фрагментов Gly – Ala – Gly – Ser , образующими b-складки. Существуют менее распростаненные элементы вторичной структуры, пример – полипептидные цепи коллагена, образующие левые спирали с параметрами, резко отличающимися от параметров a-спиралей. В коллагеновых волокнах три спиральные полипептидные цепи скручены в единую правую суперспираль:

Четвертичная структура

В большинстве случаев для функционирования белков необходимо, чтобы несколько полимерных цепей были объединены в единый комплекс. Такой комплекс также рассматривается как белок, состоящий из нескольких субъединиц. Субъединичная структура часто фигурирует в научной литературе как четвертичная структура.

Белки, состоящие из нескольких субъединиц, широко распространены в природе. Классический пример – четвертичная структура гемоглобина (подробнее – стр.26). субъединицы принято обозначать греческими буквами. У гемоглобина имеется по две a и b субъединицы. Наличие нескольких субъединиц важно в функциональном отношении – это увеличивает степень насыщения кислородом. Четвертичную структуру гемоглобина обозначают как a2b2.

Субъединичное строение свойственно многим ферментам, в первую очередь тем, которые выполняют сложные функции. Например, РНК-полимераза из E.coli имеет субъединичную структуру a2bb’s, т.е. построен из четырех разнотипных субъединиц, причем b-субъединица продублирована. Этот белок выполняет сложные и разнообразные функции – инициирует ДНК, связывает субстраты – рибонуклеозидтрифосфаты, а также переносит нуклеотидные остатки на растущую полирибонуклеотидную цепь и некоторые другие функции.

Работа многих белков подвержена т.н. аллостерической регуляции – специальные соединения (эффекторы) “выключают” или “включают” работу активного центра фермента. Такие ферменты имеют специальные участки опознавания эффектора. И даже существуют специальные регуляторные субъединицы, в состав которых в том числе входят указанные участки. Классический пример – ферменты протеинкиназы, катализирующие перенос остатка фосфорной к-ты от молекулы АТФ на белки-субстраты.

Глава 5. Свойства

Белки имеют высокую молекулярную массу, некоторые растворимы в воде, способны к набуханию, характеризуются оптической активностью, подвижностью в электрическом поле и некоторыми другими свойствами.

Белки активно вступают в химические реакции. Это свойство связано с тем, что аминокислоты, входящие в состав белков, содержат разные функциональные группы, способные реагировать с другими веществами. Важно, что такие взаимодействия происходят и внутри белковой молекулы, в результате чего образуется пептидная, водородная дисульфидная и другие виды связей. К радикалам аминокислот, а следовательно и белков, могут присоединяться различные соединения и ионы, что обеспечивает их транспорт по крови.