Значение этих рукописей было огромно, так как "помимо памятников письменности местного происхождения существовало огромное количество рукописей иноземного происхождения: из Аравии и Египта, из Турции и Ирана, из Афганистана и Индии, из Кашгара и Поволжья. Оживленные торговые, политические и религиозные связи со всеми этими странами весьма способствовали притоку в Среднюю Азию самой разнообразной литературы. При этом нередко случалось, что именно в Средней Азии оказывались списки совершенно уникальные, нигде больше не встречающиеся или собственноручно переписанные разными знаменитостями не только в области литературы и истории, но и в области восточной каллиграфии".

С приездом в Бухару в декабре 1838 г. Ш. Марджани начинает получать уроки у одного из самых уважаемых мударрисов города - мирзы Салиха ал-Ходжанди, впоследствии о котором он вспоминал с большой благодарностью.

На наш взгляд, было бы ошибочно идеализировать общую атмосферу Бухары той поры, в которой было немало косного и затхлого, где даже во второй половине XIX века эмиры вершили суд и расправу по собственному произволу и всегда в пользу ханской казны. Венгерский путешественник А. Вамбери свидетельствует: "Шпионы эмира проникают даже в святилища семейств и горе тому, кто провинился в несоблюдении религиозных форм или против власти эмира".

Точно так же невозможно не видеть, что в среде ученых кругов было немало людей, по-настоящему преданных своему делу, собирателей редких книг, влюбленных в историческую науку. В Бухаре Ш. Марджани близко познакомился с крупным ученым - Хусаином ибн Му-хаммед ал-Кирмани ал-Каргали, который имел библиотеку, богатую историческими сочинениями.

Были также такие ученые как, например, Абд ал-Мумин Узбак ал-Афшанчи, который разделял взгляды предшественника Ш. Марджани - Габдулнасыра Курсави и находился в оппозиции к порядкам, царившим в учебных заведениях Бухары.

Но чем глубже Ш. Марджани погружался в традиционные схоластические "науки", преподаваемые в бухарских медресе, тем острее в нем росло недовольство учебной программой, в которой вообще не отводилось места светским наукам. Хотя Ш. Марджани и ставил перед своими мударрисами вопрос о необходимости некоторой реформы преподавания, успеха он не добился. Поэтому в последующем все свое внимание он уделял самообразованию.

В Бухаре Ш. Марджани обосновался при медресе "Кукельташ" и "Мирараб", но занятия посещал редко, в основном самостоятельно занимался в библиотеках.

В библиотеках Бухары он знакомился с трудами таких авторов, как Джалал ад-дин ал-Дувани (1426- 1501), Абу Хамид Мухаммед ал-Газали (1059-1111), Мухи ад-дин ибн Араби (1165-1240), которые почитались в то время как непререкаемые авторитеты в области мусульманской философии и права, логики и теоретического богословия. Интерес к этим средневековым авторитетам богословия был у Ш. Марджани не случайным, так как "богословие представляло собой "наивысшее обобщение" социальной практики человека средневековья, оно давало общезначимую знаковую систему, в терминах которой члены феодального общества осознавали себя и свой мир и находили его обоснование и об'яснение". К тому же он в эти годы был искренне убежден, что многие беды, отсталость его нации об'ясняются тем, что мировоззрение народа путаное, а экономический, социальный и политический упадок - следствие несоблюдения требований шариата. Поэтому в начале своей деятельности он много внимания уделял рассмотрению теологических и общемировоззренческих проблем. Причем в конкретной исторической обстановке жизни татарского народа в середине XIX в. рассмотрение этих проблем в том аспекте, в каком оно было осуществлено Ш. Марджани, имело определенную об'ективную значимость. Позже, уже в Казани, подвергая аргументированной критике позиции своих противников, Ш. Марджани высказал ряд ценных идей. Впоследствии, когда эти идеи нашли отражение в его книгах, он так же, как и Ибн Халдун и европейские мыслители, для обоснования независимости светских наук проводил разграничение между религией и той частью содержания священных книг, которая не имела отношения к религиозно-нравственным вопросам. Например, в его труде "Назурат ал-хак ." имеется отдельный раздел "Религия не опровергает философию", где доказывается, что такие науки, как философия, логика, заслуживают того, чтобы им уделяли большое внимание, и они прежде всего имеют право на существование.

Первые два-три года жизни на чужбине не были особо плодотворными. Будущий историк был далеко не в восторге ни от системы образования в Бухаре, ни от общей атмосферы в ханстве, он отдавал предпочтение Самарканду как центру науки и культуры. Это подчеркивают лица, с которыми Ш. Марджани вместе жил и учился. Ш. Марджани говорил, что если бы он не встретил в Бухаре такого человека, как Низам ад-Дин ал-Ил-хами, влюбленного в математику, то его бухарский период жизни можно было бы считать бесполезным.

Косность, рутина, консерватизм, подчас элементарное невежество и фанатизм духовных лиц были слишком очевидны. С одной стороны, он восхищался прошлым величием культуры народов Средней Азии времен Сама-нидов, высоко ценил духовное богатство библиотек, с другой стороны, близкое соприкосновение с жизнью феодального общества, с его кричащими противоречиями, с угнетением и бесправным положением большинства населения не могло не разочаровать такого тонкого наблюдателя, каким был Ш. Марджани.

Как бы усиленно ни занимался Ш. Марджани в библиотеках, он не мог уединиться настолько, чтобы не заметить окружающей его гнетущей и мертвящей все живое обстановки и не задуматься над смыслам происходящего. Уже после возвращения в Казань в своем письме Фаизханову, давая оценку учебной системе Бухары, он отмечает бесполезность штудирования в течение полугода различных комментариев и комментариев к комментариям. Он писал: "Спрашивается, как можно охватить все это? Допустим охватили, а как запомнить? Допустим, и запомнили. Но в конечном счете какая польза от всего этого?". Следует отметить, что характеристика, данная Ш. Марджани системе обучения в Бухаре, полностью совпадает с определением другого ученого - Чокана Валиханова, который охарактеризовал Бухару, как "притон, вертеп ханжей-улемов, ишанов-серебряников, спорящих в продолжение нескольких лет только о внешних атрибутах веры".

Необходимо отметить, что в первой половине XIX века в России, где получил первоначальное образование Ш. Марджани, процесс разложения феодального общества шел быстрым темпом, в жизнь всех народов Казанского края все сильнее проникали товарно-денежные, капиталистические отношения. Крепли буржуазные экономические связи, на заводах и фабриках значительно расширялось применение машин, страна вступала в эпоху промышленного переворота, рос рынок, развивалось сельское хозяйство.

А в Средней Азии, где продолжал свое образование будущий ученый, феодальные отношения оставались нетронутыми. К тому же кровопролитные войны, уносившие десятки тысяч человеческих жизней, феодальная раздробленность, оторванность от мирового рынка - эти и многие аналогичные факторы препятствовали экономическому развитию региона.