6 февраля японский флот в составе 6 броненосцев, 14 крейсеров и свыше 36 истребителей и миноносцев вышел в море.

В этот день главный командир Кронштадтского порта Степан Осипович Макаров, тревожась за судьбы русского флота, подал управляющему морским министерством адмиралу Авелану письмо, в котором писал, что если сейчас не поставить флот во внутренний бассейн Порт-Артура, то мы вынуждены будем это сделать после первой ночной атаки дорого заплатив за ошибку.

Письмо Макарова с резолюциями “доложить его величеству”, “военно-морскому отделу к делам” и “хранить весьма секретно, копий не снимать” попало в архив. Чиновники морского министерства и Главного морского штаба остались глухи к голосу беспокойного адмирала.

Алексеев, несмотря на явные признаки войны, не принял мер по приведению в боевую готовность войск и флота. Напряженные отношения с Японией и разрыв дипломатических отношений были скрыты от офицеров. В начале февраля проводились военно-морские учения на русской эскадре.

В ночь на 9 февраля русская эскадра в составе 16 вымпелов стояла скученной на внешнем рейде по диспозиции мирного времени. Подходы к рейду, вопреки здравому смыслу, освещались корабельными прожекторами. Дежурные крейсера “ Аскольд” и “Диана”, вместо того чтобы быть в море, находились только в готовности на случай выхода по тревоге.

В 11 часов вечера на флагманском броненосце “Петропавловск” закончилось происходившее совещание у вице-адмирала Старк, на котором обсуждались мероприятия против возможного нападения противника. Прощаясь с офицерами перед съездом с корабля, начальник морского штаба контр-адмирал Витгефт сказал: “Войны не будет”.

Между тем “Соединенный флот” приближался к цели. В 6 часов вечера был поднят сигнал о начале операции. Того разделил свои истребители на два отряда: первый отряд состоял из десяти единиц, он пошел к Порт-Артуру, второй – из восьми – в Талиенван. Броненосцы, крейсера и оставшиеся миноносцы направились к островам Эллиот. Разделив истребители на два отряда, Того допустил серьезную ошибку, ослабив их ударную силу; в Талиенване русских военных кораблей не оказалось.

Командиры первого отряда истребителей на большом расстоянии заметили русские дозорные корабли и, потушив свои ходовые огни, прошли к Порт-Артуру незамеченными и выпустили по эскадре несколько торпед. Два корабля, светящие прожекторами и броненосец “Цесаревич” были надолго выведены из строя. Только из-за того, что атака японцев была плохо организована и растянулась во времени, русская эскадра не понесла больших и безвозвратных потерь.

Утром 9 февраля под Порт-Артуром появились главные силы Того. Русская эскадра под командованием адмирала Старка вышла навстречу противнику. Бой длился на контркурсах, причем при приближении японцев к берегу, в бой вступила крепостная артиллерия с Золотой горы и Электрического утеса. Видя порт-артурскую эскадру почти в полном составе, которая к тому же осыпала его снарядами, и тактическую невыгодность положения, Того немедленно отступил. Старк не преследовал его.

Первый день войны на море был тяжелым испытанием для русского флота. Война оказалась неожиданно для офицеров, не готовых к ней не только в военном, но главным образом в моральном отношении. Из-за беспечности царских чиновников японцам удалось нанести порт–артурской эскадре серьезный ущерб. Кроме подорванных на порт-артурском рейде кораблей, русский флот потерял 9 февраля в корейском порту Чемульпо крейсер “Варяг” и канонерскую лодку “Кореец”.

На должность Старка был назначен С. О. Макаров. 17 февраля Степан Осипович Макаров вместе со своим штабом отбыл в Порт-Артур. 8 марта командующий прибыл в Порт-Артур, и немедленно отправился к морякам, от которых зависела боевая деятельность флота. Соотношение сил в Желтом море к этому времени было следующим:

Степан Осипович Макаров был очень активным человеком и развил в Порт-Артуре кипучую деятельность, стремясь усовершенствовать навыки боя во флоте, также он, небезуспешно, стремился наладить связь флота с береговым ведомством. Он совершил очень много выходов с эскадрой в море и не останавливался даже перед численным превосходством противника. Его любили матросы. В одну из контратак японцев, не ожидая всех броненосцев, Макаров на “Петропавловске”, имея в кильватере “Полтаву” и 2 крейсера, поспешил на выручку “Баяну”. Но, оказавшись в очень невыгодном положении, под огнем неприятеля, Макаров повернул к крепости под прикрытие ее батарей. На рейде к нему присоединились другие корабли, и “Петропавловск”, идя головным, стал склоняться в сторону неприятеля с намерением атаковать его. Но бой не был дан. В 9 часов 43 минуты над “Петропавловском” поднялся громадный столб дыма, раздался громовой взрыв, и через две минуты броненосец, объятый пламенем скрылся под водой, подорвавшись на минной банке, выставленной японскими заградителями в ночь на 13 апреля. В японской военной литературе указывается, что постановка мин не была замечена русскими. В действительности же неизвестные суда были обнаружены на рейде, и об этом даже доложено Макарову, однако адмирал не разрешил открывать огня, будучи уверен, что это свои миноносцы, возвращавшиеся с разведки. По неизвестной причине Макаров не отдал утром приказа протралить те места, где были замечены корабли. Не позаботился об этом и его штаб.

Командующий Тихоокеанским флотом погиб вместе со штабом, не осуществив своих оперативных и тактических планов и намерений. С гибелью командующего активные операции Порт-артурской эскадры прекратились.

Адмирал Того донес о прошедших событиях в Токио, и через несколько дней главная квартира решила начать переправу 1-й армии Куроки через реку Ялу. В случае если переправа будет проведена успешно, японцы намеревались приступить к высадке 2-й армии на Ляодунский полуостров.

После смерти Макарова в командование флотом вступил прибывший из Мукдена Алексеев. Его появление в Порт-Артуре совпало с третьей бомбардировкой крепости и флота японскими кораблями. Ответный огонь также велся. Стрельба велась с предельной дистанции (до 110 кабельтовых) и закончилась безрезультатно для обеих сторон. Алексеев игнорировал все новшества Макарова. Верный своим взглядам беречь флот и ни в коем случае не рисковать, он немедленно переключил все силы на оборону, жестко пресекая попытки отдельных командиров действовать в наступательном духе.