Истинно православные христиане отказывались от участия в любых советских мероприятиях-выборах, доже в переписях населения, а от службы в армии. Свои богослужения они проводили подпольно, в тайных домашних церквах. Вскоре почти все истинно православные христиане оказались в лагерях и ссылках. Отказ ставить подписи в любых официальных бумагах и здесь сильно затруднял их жизнь.

Аресты истинно православных христиан за “антисоветскую деятельность” не прекращались вплоть до 70-х и начала 80-х гг.

В первый же день Великой Отечественной войны митрополит Сергий обратился к верующим с посланием, призывая их встать на борьбу с врагом. В нём он четко перечислял задачи, которые готова взять на себя церковь: “Нам, почтарям Церкви, в такое время, когда Отечество призывает всех на подвиг, недостойно будет лишь молчаливо посматривать на то, что кругом делается, малодушного не ободрить, огорчённого не утешить, колеблющемуся не напомнить о долге и о воле Божьей”. “Господь нам дарует победу”, - заключал он своё послание.

Позднее, в ноябре 1941 г., Сергий писал: “Прогрессивное человечество объявило Гитлеру священную войну за христианскую цивилизацию, за свободу совести и веры “.

Уже с начала войны наметился некоторый перелом в отношении церкви и государства. Осенью 1941 г. прекратили выходить все антирелигиозные издания. Перестал подавать признаки жизни “Союз воинствующих безбожников” с его тремя миллионами активистов.

30 декабря 1942 г. митрополит Сергий признал верующих к сбору средств на танковую колонну имени Дмитрия Донского. Через несколько дней И. Сталин впервые направил Сергию телеграмму, где поблагодарил “православное русское духовенство и верующих за заботу о бронетанковых силах Красной Армии”.

Всего в годы войны церковь собрала на военные нужды свыше 300 млн. рублей. Колонна имени Дмитрия Донского из 40 танков “Т-34” была передана Красной армии 7 марта 1944г.

На собранные Русской Православной церковью средства была также построена эскадрилья боевых самолётов имени Александра Невского.

Немцы на оккупированных территориях не возражали против открытия храмов, и церкви вновь стали открываться сотнями. Группа православного духовенства во главе с митрополитом Литовским Сергием (Воскресенским) приветствовала освобождение от Советской власти. (Позднее Сергий был убит немцами) Московского Сергия они называли заложником Кремля, а его деятельность объясняли нажимом властей.

7 октября 1941 г. власти предписали митрополиту Сергию покинуть Москву и отправиться в эвакуацию. В одном вагоне в глубь России отправились митрополит Сергий, глава старообрядческой церкви архиепископ Иринарх, глава обновленцев А. Введенский и другие религиозные деятели.

Митрополит Сергий и его патриархия оставались в эвакуации в Ульяновске до осени 1943 г.

Десятки священников во время войны были расстреляны немцами за помощь партизанам. Несколько киевских священников были казнены за чтение в храмах патриотических воззваний митрополита Сергия.

Многие священники воевали в партизанских отрядах и армии, были награждены боевыми орденами. В течение длительной блокады Ленинграда в городе не переставали действовать восемь православных храмов.

В начале сентября 1943 г. митрополит Сергий вернулся в Москву. 4 сентября у него дома неожиданно раздался телефонный звонок: Сергия пригласили на встречу в Кремль.

В ночь на 5 сентября за пышно накрытым столом встретились И. Сталин, В.Молотов, митрополиты Сергий, Алексий и Николай.

Митрополит Сергий пожаловался, что церкви не хватает священников. “А почему у вас нет кадров? Куда они делись?”- спросил Сталин. “Кадров у нас нет по разным причинам, - дипломатично ответил Сергий. - Например, мы готовим священника, а он становится Маршалом Советского Союза”. Сталин усмехнулся. “Вам нужно готовить новые кадры”– сказал он. Митрополиты попросили разрешения открыть курсы для подготовки священников. “Какие там курсы! - воскликнул И. Сталин. - Академии духовные вам необходимы, семинарии нужны. К этому делу надо приучать с малолетства”.

Митрополиты заметили, что было бы неплохо выпускать церковный календарь с богослужебными текстами. В ответе Сталин предложил большее - возобновить выпуск “Журнала Московской патриархии”.

Сергий высказал пожелание созвать церковный собор и избрать нового патриарха. Не будет ли правительство против? “Это ваше внутрицерковное дело”, - ответил Иосиф Виссарионович.

Сталин также сообщил митрополитам, что при Совнаркоме создаётся Совет по делам Русской Православной церкви во главе с Георгием Карповым. Полковник НКВД Г. Карпов долгое время руководил массовыми арестами и расстрелами духовенства. Митрополит Сергий решился произнести: “Богопоставленный вождь, но ведь он из гонителей наших”. “Правильно, - сказал Сталин, - партия приказала товарищу Карпову быть гонителем, он исполнял волю партии. А теперь мы ему поручим стать вашим охранителем. Я знаю товарища Карпова, он исполнительный товарищ”. А. Краснов - Левитин писал: “В конце беседы митрополит был страшно утомлён. Сталин, взяв митрополита под руку, осторожно, как настоящий иподьякон, свёл его по лестнице вниз и сказал ему на прощание следующую фразу: “Владыка! Это всё, что я могу в настоящее время для Вас сделать”.

5 сентября “Правда” и другие газеты на первой полосе сообщили о состоявшейся в Кремле беседе. В столицу на самолётах были доставлены из ссылок и лагерей православные архиереи (всего их собралось 18 человек). Уже 8 сентября открылся Собор епископов. В тот же день малиновый звон колоколов разнёс по Москве весть об избрании нового патриарха. Двенадцатым патриархом Московским и всея Руси стал митрополит Сергий.

Вновь стал выходить ежемесячный “ Журнал Московский патриархии”, закрытый в 1935 г. К 1945 г. в стране действовали уже восемь духовных семинарий (правда, в 1917 г. их было 57) и две духовные академии - Ленинградская и Московская (в Загорске, ныне Сергий Посад).

Открывались сотни закрытых прежде храмов. В целом в политике государства по отношению к церкви произошёл коренной поворот.

15 мая 1944 г. скончался патриарх СЕРГИЙ, возглавлявший церковь в самые трудные годы. Поместный Собор в феврале 1945 г. избрал новым патриархом единственного кандидата - митрополита Ленинградского Алексия (Сергия Симанского), который возглавлял церковь до своей смерти в 1970 г.

Алексий и его преемник Пимен (Сергий Извеков.1971 - 1990 гг.) продолжали политику Сергия, стараясь избегать любых разногласий с властью.

В 1948 г. в Москве собралось Международное совещание православных церквей. В принятом обращении осуждались “благословения, исходящие из крепости католицизма - Ватикана и гнезда протестантизма - Америки, новой войне и хвалебные гимны атомным бомбам, предназначенным для уничтожения жизни на Земле”. Решения совещания как бы придавали противостоянию Востока и Запада религиозную окраску.

Позднее, однако, эта идея дальнейшего развития не получила. С 1961 г. Русская Православная церковь стала участвовать во Всемирном Совете церквей, который ранее резко осуждала. В него входили в основном протестантские церкви.