С 1591-1592 годов в северной части современной Уфы в отводной книге упоминается "подгородная татарская слобода" на р.Урюзя. По имени основателя Шугур-Али Конкузова слободу начали называть Шугуровой деревней или просто Шугуровкой. Речку Урюзя тоже стали называть Шугуровкой (Шугуркой). Деревня ныне поглощена городом, а речка течет, хотя и обмелела.

В конце XVI или самом начале XVII века в числе служилых людей из Москвы приехал Иван Черников. Первый раз ему отвели земельную дачу в 1607 году. В 1615 году Черников подал царю челобитную с просьбой подтвердить ему старый отвод и заново оформить документально, записав в новую книгу. Пользуясь служебным положением (Черников служил дозорным, т.е. отводчиком и отмещиком земли), при новом оформлении он увеличил размеры владения. Деревне Черниковке суждено было в XX веке стать городом Черниковском, который впоследствии соединился с Уфой и образовал ее северную часть.

С ростом города старые кремлевские укрепления и примитивные оборонительные заграждения, возведенные вокруг слобод, стали недостаточными. К тому же дубовые укрепления кремля к середине XVII века обветшали и потеряли свою былую боеспособность. Решение о возведении новой оборонительной линии московское правительство приняло в 1664 году. Строительство новой крепости затянулось в связи с ее сравнительно большими размерами, так как стены должны должны были охватить все поселение, включая пригородные слободы. Новая крепость получила название "Нового" или "Большого" острога, кремль же стал называться "старым" или "верхним городом". Стены новой крепости были рублены из дуба и достигали высоты 2 сажен (более 4-х метров).

XVIII век

В начале XVIII века Уфа заняла видное место в сношениях России с казахскими жузами. В 1730 году хан Младшего жуза (с XVIв. группа западно-казахстанских племенных объединений) Абулхаир прислал в Уфу посольство с просьбой о принятии его в русское подданство. Переговоры завершились тем, что 10 октября 1731 года хан Абулхаир и старшины Младшего жуза принесли присягу русскому правительству.

В начале XVIII века город начинает расти в западном направлении - кварталы жилых жомов строятся за Ильинскими и Фроловскими воротами, плотно заселяется Шугуровская гора. Для связи ее с центром строится мост через Ногайский овраг, также получивший название Ногайского. К этому времени в Уфе насчитывалось уже свыше 650 дворов.

В 30-х годах XVIII века Уфа стала базой для строительства Оренбурга. В связи с организацией Оренбургского казачьего войска в новый город переводят 185 уфимских казаков. Создание Оренбургской линии крепостей привело к значительному отливу из Уфы и других групп служилого населения.

В связи с продвижением государственных границ далеко на юго-восток Уфа к середине XVIII века потеряла свое прежнее стратегическое значение, хотя и продолжала играть роль военного центра Башкирии. В 1736 году составляется новый план Уфимской крепости, по которому предполагалось вокруг города построить 12 земляных бастионов; овраги между горами планировалось перегородить двойной линией палисадов, в которых устроить створчатые ворота для спуска весенних вод. Но этот проект остался нереализованным, так же как и более ранний проект 1728 года, который предусматривал перенос укреплений на гору к западу от существующих. Были проведены только ремонтные работы и некотороя модернизация укреплений. Двойное кольцо оборонительных сооружений сохранялось вплоть до середины XVIII века.

Пожар 1759 года и его последствия

Губительным для кремля так же, как и для всего города, стал пожар 1759 года, сыгравший большую роль в изменении планировки Уфы. Пожар возник 23 мая от молнии, попавшей в Михайловскую башню кремля. с нее огонь перекинулся на другие тесно стоявшие деревянные постройки. Бедствие не ограничилось кремлем. Оно охватило ближайшие к нему улицы Малой Репной слободы и даже часть стен большого города. Всего сгорело 210 дворов.

В делопроизводстве Уфимской провинциальной канцелярии сохранилось подробное описание этого стихийного бедствия:

" . от которого (от пожара) состоявшая в кремле Михайловская башня, а от оной гоубтвахтная, караульная изба с сеньми и воеводский дом, так и канцелярия с некоторыми указами, протоколами, журналами и протчими делами и несколько гербовой и простой бумаги, да в соборной церкви несколько ж церковных украшений и на колокольне боевые часы, тюрьма с острогом, девичий монастырь з двумя церквами и протчее . згорело".

После пожара кремлевские укрепления уже не восстанавливались, так как в них не было необходимости. Территория бывшего кремля превращается в административный центр города; между ним и жилыми кварталами оставляется свободная от застройки зона во избежание "опасных случаев".

Постепенно восстанавливаются поврежденные огнем укрепления большого города; они существуют вплоть до Крестьянской войны 1773-1775 годов. Возрождаются и жилые кварталы города. Окончательно оформляются его улицы и переулки. Именно в третьей четверти XVIII века они получают свои названия, хотя еще и неустойчивые. Некоторые улицы имеют двойные названия. Старые названия Репных улиц (по слободам) постепенно вытесняются употреблявшимися параллельно с ними названиями по дорогам: Малая Репная - Большой Казанской (ныне ул. Октябрьской революции), Большая Репная - Сибирской (ныне ул. Мингажева). Кроме них в 50-60-х годах существовали улицы: Ильинская (ул.Фрунзе), Фроловская (ул.Тукаева), Покровская (позднее Посадская) по правому берегу р.Сутолоки; на востоке за Сутолокой - Успенская (ул.Сочинская), Будановская (ул.Е.Сазонова), Кафтанова (возле р.Белой).

Ко 2-ой половине XVIII века относится возникновение новой слободы, основанной переселенцами из вотчин графов Шереметьевых, находившихся в Нижегородской губернии. 50 крепостных крестьян по разрешению владельца переехали в Уфу и поселились первоначально на левом берегу р.Сутолоки в районе Усольской (ныне ул.Сакмарская) и Будановской улиц, где занимались кожевенным и сапожным ремеслами. Позднее они перенесли свои мастерские на свободные земли у Белой, несколько западнее кремлевского холма. Возникшая здесь слобода получила название Нижегородки по месту первоначального жительства поселенцев.

Уфа - административный центр края

В XVII веке Уфа оставалась центром управления Башкирией и ее многонациональным населением. Власть на месте осуществляла созданная еще в XVI веке Уфимская приказная изба, во главе которой стояли присылаемые из Москвы и периодически (раз в 3 года) сменяемые воеводы. Первоначально уфимский воевода подчинялся Казани, но постепенно уфимская администрация получала все большую самостоятельность. Нередко, минуя Казань как промежуточную инстанцию, Уфимская приказная изба входила в непосредственные сношения с находившимся в Москве Приказом Казанского Дворца.

В начале XVIII века, при создании Казанской губернии, Уфимская воеводская канцелярия (сменившая приказную избу) перешла в ведение казанского губернатора. Обособленность Уфимского уезда и особые условия привели к образованию в 1715 году Уфимской провинции. Во главе ее вместо воеводы был поставлен обер-комендант, только номинально подчинявшийся казанским властям. Областная реформа 1719 года придала "Обер-комендантской провинции" еще более широкую самостоятельность и Уфимский комендант подчинялся непосредственно Сенату и коллегиям.