В период феодальной раздробленности Золотой орды (со 2-й пол. XIV в.) территория Башкирии неоднократно становилась ареной столкновения противоборствующих группировок. Одно из крупных сражений произошло 18 июня 1391 г. на р.Кундурче. В середине XV века Золотая Орда распалась на несколько ханств. Территория Башкирии была расчленена между Сибирским, Казанским ханствами и Ногайской Ордой. территория современной Уфы оказалась под властью Ногайской орды.

После разгрома Казанского ханства и взятия Казани (1552г.) войсками царя Ивана Грозного русское подданство приняли западные башкирские племена, бывшие ранее под властью казанских ханов. В 1555-1556 годах в состав Русского государства вошли земли, подчинявшиеся Ногайской орде, в том числе территория и окрестности современной Уфы. В 1556-1557 годах башкирские послы ездили в Москву, где получили царские жалованные грамоты с изложением условий их вхождения в состав Русского государства. Царь Иван Грозный "жаловал" своих новых подданных специальными грамотами, в которых признавалось вотчинное право башкир на их земли и давались гарантии защиты от военных набегов. За это башкиры обязывались платить ясак (вначале пушниной и медом, позднее - деньгами).

В 1957 в Уфе в честь 400-летия присоединения Башкирии к Русскому государству установлен монумент Дружбы.

Несколько позже в состав России вошли зауральские башкиры. Они приняли русское подданство в 80-90-е годы XVI в. - нач. 20-х годов XVII в. в процессе борьбы и разгрома Сибирского ханства. Русское правительство гарантировало башкирам защиту от притязаний ногайских и сибирских ханов, от вторжения внешних врагов; сохранило за башкирским народом занимаемые ими земли на условиях вотчинного права; обещало не посягать на религию башкир и не переводить их в другую веру; обязалось не вмешиваться во внутреннюю. жизнь башкирского общества, оставив власть на местах в руках башкирских биев и князей. Башкиры, признав себя подданными русского царя, обязались за свой счет нести военную службу и вносить в казну поземельную подать (ясак) медом и пушниной.

Управление Башкирией осуществлялось московским приказом Казанского дворца. Территория края составила Уфимский уезд, который делился на четыре дороги (области): Казанскую, Сибирскую, Ногайскую и Осинскую. Такое деление происходило из былой политической раздробленности края и примерно соответствовало прежним владениям Казанского и Сибирского ханств и Ногайской Орды. Осинская дорога охватывала узкую полосу между Сибирской и Казанской дорогами. Термин "дорога" происходит от монгольского даруга, который означал должность начальника области или города в Золотой Орде. Уже в XV веке термин "даруга" имел значение не столько административной должности, сколько территориальной, т.е. даругами назывались определенные области Башкирии. Дороги делились на волости, которые распадались на роды (аймаки). Границы всех четырех дорог сходились там, где сливаются реки Белая и Уфа. Это место является естественно-географическим и административно-экономическим центром Башкирии.

Первоначально непосредственную власть и сбор дани осуществлял казанский наместник. Для закрепления своей власти во вновь присоединенном крае, организации управления им и превращения его в плацдарм для проникновения в казахские степи и Сибирь царскому правительству был нужен опорный пункт. В свою очередь башкиры, страдавшие от частых набегов воинственных степняков, нуждались в постоянной вооруженной помощи Русского государства. Такую помощь им мог оказать только гарнизон города-крепости. Башкирам город нужен был и как место уплаты ясака, который до этого они вынуждены были возить в далекую Казань.

В 1574 году отряд русских стрельцов под руководством воеводы Ивана Григорьевича Нагого на высоком правом берегу р.Белой недалеко от устья реки Уфы построил небольшой укрепленный пункт, который располагался исключительно выгодно с оборонной точки зрения. На юге река Белая представляла степняков почти непреодолимую преграду. Протекавшая с севера на юг река Сутолока защищала укрепление с востока. С северо-востока оно оборонялось особым земляным валом, остатки которого сохранялись до конца XIX века.

Основу будущего города первоначально составлял "кремль", заложенный в 1574-1586 годах. Он занимал южную оконечность высокого мыса на правом берегу р.Сутолоки, пр впадении ее в р.Белую. Вид кремля представлял собой ломаный четырехугольник, общая площадь которого не превышала 1,5 гектара, длина его стен составляла примерно 440-450 метров. Стены были сооружены из поставленных вертикально огромных дубовых бревен, поэтому башкиры сначала Уфу называли Имэн кала (Дубовая крепость или Дубовый город). Кроме того в состав укреплений входили три рубленые из дуба башни, две из которых были проезжие, а одна - пешеходная. Обе проездные башни были двухярусными (восьмигранник на восьмиграннике) и завершались высокими шатровыми покрытиями. Северная башня называлась Михайловской, южная - Никольской (Сутолоцкой).

Относительно происхождения названия города Уфы существует несколько гипотез, однако наиболее вероятным кажется именование нового города по имени реки Уфы (вспомним, например, г.Тобольск, основанный в 1587 году на Иртыше близ устья реки Тобол).

Город Уфа, по словам П.И.Рычкова, был окружен великими горами и находился "между восьми великих и глубоких буераков, из которых в одном, кой идет поперек города, течет речка, именуемая Сутолокой". На левом берегу Сутолоки располагались посады, где жили служилые люди.

В 1579 году в Уфе "освящена каменная церковь во имя Смоленской божьей матери". Существование каменной церкви говорит о наличии значительного для того времени населения, составившего церковный приход. В 1586 году Уфа получила статус города. Уфа становится административным центром Башкирии. Управление краем осуществлялось уфимским воеводой, подчиненным казанскому наместнику.

Появление города-крепости в центре Башкирии степными соседями башкир (ногайскими мурзами, сибирским ханом и другими кочевниками) было встречено крайне враждебно. На Уфу совершались неоднократные нападения, но все они успешно отражались гарнизоном.

УФА В XVII - XVIII ВЕКАХ

На протяжении XVII и первых десятилетий XVIII века Уфа оставалась пограничной крепостью, выдвинутой далеко на юго-восток от общей линии укреплений России, и служила опорным пунктом в организации защиты государственных границ от набегов соседних кочевых народов.

XVII век

Постоянное население города в первой половине XVII века было небольшим. Некоторое представление о размерах города дает переписная книга Уфы 1647 года, в которой учтено всего 66 дворов. С учетом дворов стрелецкого отряда (около 100) общее количество дворов в городе вряд ли превышало 200. Основной состав населения был русский, но в числе первых уфимцев были и представители татар, башкир, мордвы и некоторое число иноземцев. Почти все они вскоре приняли христианскую веру ("новокрещеные").

Однако историю формирования г.Уфы невозможно представить без слобод, деревень и сел, появившихся на Уфимском полуострове и тесно связанных с городом. В самом начале XVII века в 18 км от города появляется небольшая деревня под названием Новая Слобода, которую основал Иван Кадомец (крещеный башкир). С 1613г. слободу стали называть Кадомцевой деревней. После постройки церкви в 1622 году деревня стала называться иначе - село Богородское. В дальнейшем Богородское стало весьма значительным селом, здесь находился волостной центр, была ежегодная ярмарка (ныне микрорайон ИНОРС).