21 января 1605 года Борисово войско под начальством Мситиславского и Шуйского одержало верх над Димитрием , и сам Димитрий ушел в Путивль. Борис был очень доволен, щедро наградил своих воевод , особенно ласкал Басманова за его упорную защиту Новгород-Северска; но народ, услышав о неудаче названного Димитрия, пришел в уныние. Борис вскоре понял , что сила его врага заключается не в той военной силе, с которой этот враг вступил в государство, а в готовности и народа, и войска в Московском государстве перейти при первом случае на его сторону, так как все легко поддавалось уверенности, что он - настоящий царевич.

Борис был в страшном томлении, обращался к ворожеям, предсказателям, выслушивал от них двусмысленные прорицания, запирался и по целым дням сидел один, а сына посылал молиться по церквям. Казни и пытки не прекращались. Борис уже в близких себе лицах подозревал измену и не надеялся сладить с соперником военными силами ; он решил попытаться тайным убийством избавиться от своего злодея. Попытка не удалась. Монахи, которых в марте подговорил Борис ехать в Путивль - отравить названного Димитрия, попались с ядом в руки последнего.

13 апреля царь встал здоровым и казался веселее обыкновенного. После обедни приготовлен был праздничный стол в Золотой палате. Борис ел с большим аппетитом и переполнил себе желудок. После обеда он пошел на вышку, с которой часто обозревал всю Москву. Но вскоре он поспешно сошел оттуда , говорил , что чувствует колотье и дурноту. Побежали за доктором; пока успел прийти доктор царю стало хуже . У него выступила кровь из ушей и носа. Царь упал без чувств. Около трех часов по полудни Борис скончался. Останки его погребены в Архангельском соборе.