Дума, состоявшаяся , как кажется из служилых людей, собралась 4 мая 1584 года и признала царем Федора Ивановича. Русские люди, как выражались в то время, молили его слезами сесть на Московское государство. Ход этой думы нам не известен. Но праздник Вознесения новый царь венчался царским венцом.

Царствовал Федор но он не мог властвовать; властвовать могли за него другие.

Царь Федор Иванович был человек небольшого роста, опухлый , с бледным лицом, болезненный; он ходил нетвердыми шагами постоянно улыбался. Когда польский посланник Сапега представился ему, Федор, одетый в царское облачение, с короной на голове, сидел на возвышенном месте и с улыбкой любовался своим скипетром державным яблоком, а когда проговорил несколько слов тихим и прерывистым голосом, то Сапега сделал заключение:” Хотя про него говорят, что у него ума немного, но я увидел, как из собственного наблюдения, так и из слов других, что его вовсе нет.” Весть об этом скоро дошла до соседей; в Польше надеялись, что при таком государе в Московском государстве начнется безурядица, откроются междоусобия и государство придет в упадок.

Ожидание это, вероятно, сбылось бы скоро. Годунов отвратил его или по крайней мере отсрочил.

Тотчас после венчания на царство Федора Борис постарался возможно лучшим способом устроить свое материальное состояние. Когда, по обычаю, новый царь после венчания рассыпал свое милости вельможам, Борис получил всю Важскую область, приносившую большие доходы с поташа; сбываемого англичанам; кроме того, получил он на берегах Москвы-реки вверх на тридцать, а вниз на сорок верст, с рощами и пчельниками, доходы с Рязани, Твери, с Северской земли, Торжка с со всех московских земель бань и купален; все это с доходами, получаемыми из его родовых вотчин, давало Борису огромную сумму ежегодного дохода в 93700 руб., а владения его были так многолюдны, что он мог выставить до 100000 вооруженных людей. До сих пор он носил сан конюшего; теперь он получил наименование ближнего государева боярина и титул наместника царств Казанского и Астраханского.

Царь Федор находился под влиянием своей жены, а Борис был постоянно дружен с ней, а потому стоял ближе к стоял ближе к нею, а потому стоял ближе всех к царю, и никто не в силах был оттеснить его. Единственным опасным соперником мог быть дядя царя Никита Романов, но этот старик в тот же год был поражен параличом и хотя жил до апреля 1586 года, но уже не принимал участия в делах. Из двух оставшихся соправителей Бориса Мстиславский был человек ограниченный и мог играть роль только по научению других благодаря своей знатности; более опасности представлял для Бориса князь Иван Петрович Шуйский; у него была сильная партия не только между знатными людьми, но и между московскими купцами. Князь Иван Шуйский имел поддержку в митрополите Дионисии.

Полтора года Борис уживался со своими товарищами, но уже захватил в свои руки управление всеми делами , так что и иностранцы обращались мимо этих товарищей к нему как к единственному правителю государства. В это время Борис Годунов начал любимое дело - постройку городов, чем отличался во все продолжение своей жизни, справедливо сознавая пользу этой меры государства. Таким образом, для укрощения черемисов Борис приказал строить по берегам Цивильск, Уржум, Царево-Санчурск, а ниже по течению Волги - Саранск, Переволоку, Царицын. Астрахань была обведена каменной стеной. На севере в 1584 году построен Архангельск, сделавшийся тотчас же важнейшим торговым пунктом . В самой Москве в 1586 году построена была Белогородская стена. На юге в 1586 году построены были Ливны, возобновлены Курск и Воронеж. От города до города устраивались станицы для поселения на привольных, но пустых местах.

Борис был милостив к тем, которые были с ним заодно , и в то время особенно приблизил к себе двух братьев дьяков, Щелкаловых, из которых Андрей был посольским, а Василий - разрядным дьяком. Но Борис не допускал долгое время проживать спокойно тем, в которых видел себе соперников и недоброжелателей. Борис именем царя приказал сослать Мстиславского в Кирилло-Белозерский монастырь и постричь.

Расправившись со Мстиславским, Годунов дождался случая разделаться с Шуйским. Им были переданы многие из московских торговых людей; ожидая от Годунова чего-нибудь враждебного к Шуйским, они заранее кричали , что побьют Годунова камнями, если он тронет кого либо из этого рода. Митрополит Дионисий пытался было примирить и сдружить между собой Годунова и Ивана Петровича Шуйского; он пригласил и того и другого к себе. Они наружно помирились. Спустя несколько времени холопы Шуйских Федор Старов с товарищами подали донос, будто существует заговор против государя, которым руководят князья Шуйские. Летописцы говорят , что сам Борис подучил доносчиков; в этом случае он действовал по примеру царя Ивана, который не раз пользовался такими же ложными доносами, чтобы придать личину справедливости своим убийствам. По доносу Старова взяли под стражу князей Ивана Петровича и Андрея Ивановича Шуйских, князя Василия Скопина-Шуйского, разных их друзей, князей Ивана Петровича и Андрея Ивановича Шуйских сначала поговорили только удалить в их вотчины, но когда они туда приехали , то их схватили , увезли одного на Белоозеро, другого в Каргополь и удавили.

С этих пор Борис сделался вполне единым и самовластным правителем в Московском государстве. На будущее время беспокоили воображение Бориса потомки царской линии - царевич Димитрий и Мария, вдова короля Магнуса(дочь Владимира Андреевича) с малолетней дочерью Евфимией. Он поручил английскому купцу Горсею уговорить Марию Владимировну переехать с дочерью в Москву из Риги . Королева с дочерью убежала из Риги и прибыла в Москву на почтовых лошадях. Сначала Борис принял ее, как обещал наделил вотчинами , деньгами , а через несколько времени именем царя ее разлучили с дочерью, увезли и постригли в Пятницком монастыре близ Троицы. В 1589 году маленькую дочь ее похоронили у Троицы с почестями, как королеву. Борис приказал тайно умертвить ее.

В декабре 1586 года умер Стефан Баторий. В следующем году в Польше началось обычное избрание нового короля, в котором важное участие приняло Московское государство. Борис увидел возможность посадить на польско-литовский престол Федора, сообразно давнему желанию литовских панов соединиться с Московским государством посредством возведения на свой престол московского государя. Борис вероятно рассчитывал , что расположение к нему Польши и Литвы пригодится со временем, и потому-то при венчании Федора .

В Польше в то время образовались три партии: одна, под предводительством Зборовских , хотела выбрать австрийского принца Максимилиана. Другая, во главе которой был канцлер и гетман Замойский, склонялась к избранию шведского королевича Сигизмунда, сына короля Иоанна и польской принцессы Екатерины. Третья, состоявшая преимущественно из литовских панов, хотела московского государя. Послы отправились в Польшу и повезли сорок восемь писем к разным панам с самыми лестными предложениями. Русский царь обещал защищать польско-литовские владения московскими силами, строить на свой счет крепости, отвоевать у шведов и отдать Речи Посполитой Эстонию, предоставить свободную торговлю польско-литовским людям в Московском государстве, а главное, он обещал не вступаться вовсе в королевские доходы и все отдать панам в управление