В работу Боевой организации чужеродным телом вклинилось покушение на Столыпина, организованное максималистами. «Максима-листы», отделившись от партии социалистов-революционеров и создав свою собственную организацию, решили самостоятельно вести и террористическую борьбу. После неудачного покушения на Столыпина, организованного «максималистами» в адрес Боевой организации все чаще стала раздаваться критика, на почве которой возникли острые конфликты между членами Боевой организации. Создавал их и руководил ими, конечно, Азеф. Но он предпочитал, по своему обыкновению, по большей части держаться в тени. Руководящую роль вовне играл его заместитель Савинков.

В терроре кроме террориста-исполнителя необходимо должен существовать террорист-организатор, - тот, кто расчищает дорогу для первого, кто подготавливает возможность его выступления. По ряду причин Савинков стал именно таким террористом-организатором. На беду Савинкова, первым, кто он прислонился в годы своей работы в Боевой организации, был Азеф. Нет никакого сомнения в том, что, наряду со своим практицизмом, он покорил Савинкова полным отсутствием внутренних колебаний разъедающих душу сомнений. Риск Савинкова как террориста-организатора был очень велик, и каждый раз, когда Савинкова провожали на «дело», его близкие прощались с ним как с обреченным. Но террор для него все больше и больше становился самоцелью.

В.М.Зензинов рассказывает в своих воспоминаниях, как он вместе с А.Р.Гоцем в начале 1906г. вели спор с Савинковым относительно движущих мотивов их личного поведения. «С удивлением, с недоумением мы услышали от Савинкова, что его категорическим императивом является воля Боевой организации. Напрасно мы ему доказывали, что воля более или менее случайных лиц не может сделаться для человеческого сознания нравственным законом, что с философской точки зрения это безграмотно, а с моральной - ужасно. Савинков стоял на своем». Интересы Боевой организации и той террористической деятельности, которую она ведет, стояли для него выше, чем все остальные.

При подобных настроениях Савинкова Азефу не составило труда превратить его в свое орудие и в деле проведения в жизнь всех своих планов. Поэтому когда в сентябре 1906г. на собрании (в Финляндии) Центрального комитета ПСР был поставлен вопрос о работе Боевой организации и о претензиях последней против Центрального комитета («в неудачах Боевой организации виновен ЦК: он не дает средств и достаточно людей для надлежащего развития боевой деятельности, он равнодушно относится к вопросу о терроре, не питает доверия к руководителям Боевой организации» и т.д.), Савинков вместе с Азефом подал в отставку.

Преданность Азефу не позволила Савинкову увидеть в выступлениях членов Боевой организации имевшее место недовольство бюрократическим централизмом, введенным в Организацию Азефом и Савинковым, полное подавление личной инициативы боевиков, введенное Азефом.

Пока существовала Боевая организация, имевшая от партии, так сказать, монопольное право на ведение центрального террора, вся боевая работа в Петербурге была централизована и находилась под контролем Азефа. Ни один шаг в этой области не мог быть сделан без его ведома и согласия. Теперь же, после ухода Азефа и роспуска Боевой организации, с монополией было покончено и террористическая работа пошла сразу по нескольким руслам. Так, в Петербурге появилось целых три активно действующих боевых группы, наиболее действенной из них была группа под руководством А.Д.Трауберга («Карл») - латыша по национальности, активного участника восстания 1905г. И это была единственная группа из всех действовавших боевых групп, о составе и планах которой Азеф до некоторого времени не имел никаких сведений. В результате уже очень скоро после отъезда Азефа за границу Охранное отделение очутилось в полных потемках относительно планов и состава боевых групп. Последствия не замедлили сказаться: начиная с декабря 1906г. боевым группам удалось совершить покушение на адм. Дубасова (второе), 3-го января был убит петербургский градоначальник фон Лауниц, 8 - главный военный прокурор ген. Павлов, 30 - начальник временной тюрьмы в Петербурге Гудима, отличавшийся своей жестокостью в обращении с политическими заключенными.

Вернуться в Боевую организацию Азефу помог бежавший из Сибири Гершуни, который менее всего был склонен мириться с уходом Азефа от боевой работы. В качестве основной, едва ли не единственной, задачи, перед восстановленной Боевой организацией КЦ поставил дело царя. Строго законспирированная, она должна была вести только одно это дело, не отвлекаясь в стороны других, относительно более мелких мероприятий. Ведение же всех остальных террористических предприятий центрального значения решено было сосредоточить в ведении Летучего боевого отряда «Карла»., руководство которым было поручено Азефу и Гершуни.

Естественно, что с возвращением Азефа в Организацию не только возобновилось регулярное поступление подробной информации о деятельности центральных учреждений партии, но и сведения о составе и планах центральных боевых групп: это были те сведения об уцелевшей части Боевого отряда Зильберберга, которые позволили Герасимову и Столыпину создать знаменитый в свое время процесс о «заговоре против царя». Но главное внимание было обращено на поимку «Карла». Была мобилизована вся агентура для поисков нитей к отряду и все получаемые указания сопоставлялись с теми указаниями, которые дал Азеф относительно местонахождения конспиративной квартиры отряда. 20 февраля 1908г. было взято 9 человек. Суд был скор и немилостив: 7 человек, в т.ч. три женщины, были приговорены к смертной казни. Вскоре после этого судили «Карла» и некоторых других членов отряда, арестованных в разное время по доносу Азефа. Летучий боевой отряд был уничтожен .

Систематические неудачи Боевой организации во всем главном, что только она ни задумывала, начали наводить на печальные размышления многих из числа партийных деятелей Становилось бесспорным, что предатель в самом центре партии имеется, и методом исключения все, вставшие на путь этих рассуждений, приходили к подозрениям против Азефа. Кампанию против Азефа начал и довел до конца В.Л.Бурцев. Звенья цепи обвинения замыкались одно за другим. 5 января 1909г. КЦ ПСР созвал совещание ряда наиболее ответственных партийных работников и, подробно изложив положение дела, поставил вопрос: что делать? Ослепление «блестящим прошлым» Азефа было настолько велико, что и из 18 присутствующих лишь четыре подали свои голоса за немедленную казнь предателя. Остальные колебались. Карпович, живший в это время в Петербурге, писал, что он «перестреляет весь Центральный Комитет, если осмелятся поднять руку на Азефа». Было известно, что таково настроение и многих других членов Боевой организации.

Полное разложение, полное недоверие ко всем на верхах политической полиции - с одной стороны; глубочайшая дискредитация во всем мире - с другой, - такова была месть Азефа-провокатора той системе, которая создала возможность его появления на свет божий. Но отмстил он не одной только полиции.