Заимствуя слова из других языков, японский язык добавляет к каждому согласному звуку, не сопровождающемуся последующим гласным, звук U (после мягких часто I, после T и D — O). Таким образом, Санкт-Петербург в японской передаче выглядит как Санкуто-Пэтэрубуругу, Москва как Мосукува; первое U в этом слове оглушается, так что реальное произношение приближается к Москува, но слово все равно ощущается как четырехсложное. Иногда в результате подобной адаптации слова делаются крайне трудноузнаваемыми: например, в японском торио не сразу узнаешь общеевропейское «трио».

Ударение в японском языке не силовое, как в русском, а тоническое (музыкальное). Все слоги произносятся примерно с одинаковой силой; слово кимоно звучит не кимоно и не кимоно (полужирный шрифт символизирует здесь русское силовое ударение), а ки-мо-но. Однако некоторые слоги произносятся более высоким тоном, другие — более низким. В слове кимоно первый слог низкий, второй и третий высокие. В некоторых случаях тон является единственным признаком, позволяющим различать слова: каки означает «хурма», каки — «устрица» (полужирным шрифтом выделен высокий тон).

В морфологии японского языка преобладает техника агглютинации, предполагающая отчетливость границ между морфемами (корнями, аффиксами) в пределах слова и жесткую закрепленность определенных средств выражения (например, суффиксов) за определенными элементами содержания (грамматическими значениями). Подавляющее большинство грамматических значений выражается постпозитивными показателями (т.е. в конце, а не в начале слова). Отсутствуют грамматические категории рода (хотя имеется система именных классов, проявляющаяся при счете предметов), числа (специальное указание на множественность возможно, как правило, лишь при обозначении одушевленных предметов и относится скорее к сфере лексики, нежели грамматики), лица. Таким образом, японское ха — это и ‘лист’, и ‘листья’ (точнее, ‘листва’ вообще, без указания на количество), тору означает и ‘беру’, и ‘берёшь’, и ‘берёт’, и ‘берём’, и т.д. Категория глагольного вида не предполагает различения совершенного и несовершенного видов, зато разграничиваются «общий» (абстрактный) и «длительный» (конкретный или результативный) вид: хасиру — ‘бегаю’, хаситтэ иру — ‘бегу’; сувару — ‘сажусь’, суваттэ иру — ‘сижу’. Категория времени представлена не тремя, а двумя значениями: настояще-будущим и прошедшим временами (одни и те же глагольные формы обозначают как настоящие, так и будущие действия, ср. рус. «Завтра едем на дачу»). С другой стороны, различаются категорическое и предположительное наклонения: ику — ‘иду’, ‘пойду’, ико: — ‘наверное, пойду’, ‘пожалуй, пойду-ка’, ‘давайте пойдём’. Многие значения, в русском языке обычно выражаемые отдельными словами, в японском выражаются в пределах одной словоформы: ёмэру — ‘могу прочесть’, ёмитаи — ‘хочу прочесть’, ёмасэру — ‘заставить читать’ или ‘позволить читать’. Существует развитая система деепричастий: ёми, ёндэ — ‘читая’ или ‘прочитав’, ёмэба — ‘если прочесть’, ёндэмо — ‘даже если прочесть’ и др.

Заметной особенностью японского языка является обязательное грамматическое выражение уровня вежливости (категория адрессива), например: ёму — ‘читаю’, ‘читаем’ (при обращении на «ты»), ёмимасу — то же самое при обращении на «Вы» (это противопоставление затрагивает обозначения действий не только собеседника, как в русском — (ты) читаешь / (Вы) читаете, но и любых лиц). Широко распространены унаследованные от эпохи феодализма «почтительные» и «скромные» глагольные формы (категория гоноратива), ср. рус. изволят почивать, осмелюсь спросить.

Для синтаксиса характерно отсутствие согласования. Порядок слов более строгий, чем в русском языке. Определяющее всегда предшествует определяемому: не только старый дом, но и родителей дом (в отличие от русского дом родителей). Сказуемое всегда стоит в конце предложения: Мастер тушью картину рисует (а не Мастер рисует картину тушью). Имеется постпозитивный глагол-связка со значением ‘есть, является (чем-то или каким-то)’, представленный несколькими различающимися по степени вежливости вариантами: да, дэ ару, дэсу, дэ годзаимасу и др., например: Мо: аки дэсу — ‘Уже осень (есть)’. Вопросительные предложения обычно образуются с помощью конечной частицы ка, например: Мо: аки дэсу ка? — ‘(Что,) уже осень, (да)?’ Есть и другие конечные частицы, выражающие различные модальности: Окурэру — это просто ‘Опаздываем’, но Окурэру нэ — ‘Опаздываем, не так ли?’, а Окурэру ё — ‘Опаздываем, имей в виду!’

Со структурной точки зрения японское словообразование относительно прозрачно и регулярно: ср. русские слова француз, англичанин, японец и их японские соответствия фурансудзин, игирисудзин (от Игирису — ‘Англия’), нихондзин (от Нихон — ‘Япония’). По сравнению с русским языком японский при образовании новых слов гораздо меньше пользуется аффиксацией, предпочитая корнесложение: там, где русский скажет кот-ёнок, олен-ёнок, порос-ёнок, японец говорит ко-нэко, ко-дзика, ко-бута, т.е. «дитя-кот», «дитя-олень», «дитя-свинья»; следует иметь в виду, что в японском языке существует и самостоятельное слово ко — ‘дитя, ребёнок’, в то время как русское -ёнок — это лишь суффикс, который самостоятельным словом быть не может. Характерно, в частности, что в японском языке совершенно нет суффиксальных прилагательных с относительным и притяжательным значением (ср. рус. мамин, папин, родительский) — с их ролью успешно справляются существительные в определительной позиции: Росиа — ‘Россия’, Росиа рё:ри — ‘русская кухня’ (в буквальном переводе «Россиикухня» или даже «Россиекухня»). Из числа продуктивных аффиксов следует в первую очередь отметить присоединяемые к наименованиям лиц суффиксы теплого обращения -сан, -кун, -тян. Первый выражает уважение; Танака-сан часто переводят как ‘господин Танака’ (Танака — распространенная фамилия), хотя по-японски это звучит не столь официально и скорее напоминает русское обращение по имени-отчеству. Второй суффикс выражает дружелюбие по отношению к равному или младшему; обращение Танака-кун употребляют в своей среде сослуживцы и вообще товарищи (как правило, мужского пола); им также пользуются начальники и наставники, обращаясь к своим подчиненным или ученикам (юношам и мальчикам). Третий суффикс имеет уменьшительно-ласкательное значение; обращение типа Аки-тян (от мужского имени Акира или женского Акико) возможно в разговоре взрослого с маленьким мальчиком или девочкой любого возраста, а также часто встречается в разговоре девочек и женщин между собой (ср. рус. Сашенька, Шурочка). Важную роль в разговорной речи играют выражающие уважение префиксы о- и го-, присоединяемые к наименованиям различных предметов и лиц: хэя — ‘комната’, о-хэя — ‘комната уважаемого лица’, ‘Ваша комната’; хон — ‘книга’, го-хон — ‘книга уважаемого лица’, ‘Ваша книга’. Впрочем, есть и аффиксы, выражающие презрение и отвращение.

С этимологической точки зрения лексику японского языка принято делить на три слоя: ваго, т.е. исконно японские слова, канго, т.е. слова китайского происхождения, и гайрайго, т.е. лексические заимствования из прочих языков. Основная масса канго была усвоена японским языком в период примерно с VII по XIII вв., однако многие относящиеся к этому слою лексические единицы были созданы из китайских корней уже в Японии в значительно более позднее время. Самые ранние гайрайго вошли в японский язык в результате контактов с португальскими и испанскими миссионерами в XVI — XVII вв., а также с голландскими торговцами в XVII — XIX вв., однако большинство гайрайго пришли из других европейских языков, прежде всего из английского, на протяжении последних 150 лет, причем японский язык и сейчас активно впитывает все новые и новые гайрайго.