Именно Генсло рекомендовал его как естествоиспытателя на бриг «Бигль».

Плавание Дарвина бесспорно самое знаменитое из великих путешествий первооткрывателей, было во многих отношениях наименее героическое. Но, по мнению Ирвина, итог союза таланта, случайностей и глубокое, всеоблемлещее невежество помогли упрятать в склянки весь Южно-Африканский континент. Юношу интересовало буквально все. В дороге он читал только что выпущенный первый том «Основных начал геологии» Ляйелла, которую напоследок посоветовал купить Генсло. «Начала» стали самым важным звеном в длинной тонкой цепи, ведущей к «Происхождению видов». Позже Дарвин писал, что Ляйелл научил его не только мыслить в области геологии, но и мыслить вообще. От него Чарльз научился наблюдательности как мышлению, создающему и проверяющему гипотезы. Он узнал, как надо строить гипотезы, научился «видеть природу логичной, последовательной, внутренне обусловленной, которую всегда следовало выводить из первоначальных физических величин». Из этой книги он усвоил генетическую, или эволюционную, точку зрения, так как из всех естественных наук исторических метод тогда шире всего применялся в геологии. Вообще все его южноамериканские прозрения связаны с геологией. За время долгого путешествия на «Бигле» крохотные песчинки фактов «образовывали, мало-помалу откладываясь на дне его сознания, тревожные напластовые мысли». По его «дневникам» можно судить о том, что в путь он отправлялся без каких-либо твердых, заранее сложившихся воззрений относительно видов.

Уже во втором томе «Начал геологии» Лайелл отрицает эволюцию ввиду разрозненности и противоречивости геологических данных (W. Irvine). Но книга изобиловала указаниями на естественный отбор и приспособление к окружающей среде, особенно на геологическую эволюцию. Лайелл, а также научный и богословский авторитет Кювье, который допускал определенную преемственность растений и животных на протяжении земной истории и объяснявший эту преемственность катаклизмами и светопреставлениями, сметающих все формы жизни и новыми «творческими актами сотворения жизни» сыграли определенную роль. Но молодой Дарвин смотрел на доктрину Кювье с критическим духом Ляйелла. Скорее всего, он был слишком консервативен, чтобы сразу стряхнуть с себя любое устаревшее влияние; поэтому можно сказать, что на его будущую книгу «Происхождение видов наложили отпечаток не только Ляйелл с Ламарком, но и Кювье с Книгой Бытия.

После обнаружения рядом с Байи окаменелостей гигантского мегатерия, перемешенного с ныне живущими морскими раковинами, Чарльз усомнился в том, что «катастрофы» Кювье не вяжутся с фактами и не сметают все дочиста.

Путешествуя по материку, Чарльз замечал, что в сходных условиях соседствуют родственные виды. По теории Кювье это ничего не означало, зато по теории эволюции получалось, что единый тип распространился по большому пространству и с течением времени изменился, приноровляясь к различным условиям окружающей среды.

Судя по «дневникам .», Дарвин был озадачен тем, что западная и восточная стороны Анд растительность была существенно несхожа, хотя почва и климат были приблизительно одинаковы; а также сходство между видами существующими и видами, принадлежащими к предыдущей геологической эпохе было настолько убедительно, что может предполагать борьбу за существование и вымирание.

Галапагосский архипелаг был путешествием в биологическое прошлое. Ландшафт наводил на мысли об эволюции, фауна и флора островов просто требовали её. Особенности распространения видов в здешних местах делали теорию «творческих актов» смехотворной. Каждый из островов изобиловал видами и разновидностями, присущими именно ему, но родственные виды и разновидности как на архипелаге, так и по соседству, на материке, отличались друг от друга в зависимости от величины разделяющих их естественных преград. Несомненно, что растения и животные этих островов были занесены с Южноамериканского материка. Близость их была налицо, но только близость. Естественно напрашивается вывод, что при географическом разъединении у потомков общего прародителя различия усугубляются путем эволюции. Еще не покинув островов, Дарвин заметил, что его данные «подрывают идею устойчивости видов». Отныне этот вопрос «преследовал его неотвязно». И хотя главные его достижения относились к области геологии: смелая, принципиально новая история Южно-Американского континента и не менее смелая теория роста коралловых рифов и островов. А важные идеи об эволюции видов находились в зачатке и были спрятаны в глубинах его сознания, и они даже в XIX веке оставались великой ересью.

Дарвин был не такой человек, чтобы из-за ереси обречь себя на скандальную известность, пока не проникся убеждением, что скандальная известность, как и сама ересь, неизбежна. И даже после возвращения из тропиков, он по-прежнему мыслил о создателе и читал Библию. Но он мало-помалу углублялся в геологические научные изыскания. Неприметные сдвиги в его представлениях о видах сопровождались неприметными сдвигами в представлениями о христианстве. Размышлять о эволюции – значило задумываться о сотворении мира и его неизменности. Задумываться об этике, религии, о Библии, природе и Боге. И о том, что подумают положительные, серьезные ученые, а также его отец и ученые родственники. И хотя он получал положительные отклики со стороны Генсло, Седжвика и друзей, что вдохновляло его на новые порывы, в его психике боролись старое и новое, учение о неизменности и эволюционные идеи, новаторская гипотеза и консервативные теологические мысли, в которые он как священник искренне верил. Кто знает, может быть это и стало причиной неврастении депрессии, и ипохондрического состояния, преследующего Чарльза через всю его жизнь.

Доктор Хаббл полагает, что недуги Дарвина были не только злом, но и определенно приносили пользу: « Неспокойными бессонными ночами деятельный мозг его мог без помех вынашивать обобщение, а наутро за два часа наблюдений и записей гипотеза подвергалась трезвой проверке и работа за день была завершена». Но если отбросить наследственную предрасположенность или иные причины болезни, то может показаться, что болезнь могла быть вызвана той борьбой идей, может это был поиск решения и в тоже время поиск выхода из противоречия.

После возвращения в 1836 году в Англию и опубликования «Дневников» и геологических записей (1839-44), Чарльз переезжает в имение Даун. К нему приходит слава: его принимают в Королевские общества, геологическое и зоологическое, вскоре сделался членом совета первого и секретарем другого, он работает над костями ископаемых и заспиртованных насекомых совместно с виднейшими учеными, работал с Ляйеллом. В общем, «развивал науку вообще и свои идеи в частности».

В 1837 году он начинает первую тетрадь записей по изменчивости видов. Сначала Дарвин никого не посвящает в свою тайну. Очень рано он открылся Ляйеллу, который выслушал его только с сочувствием. Гукер оценил учение о эволюции достойно. Началось создание «новой веры».

Надо признать что в книге Ляйлла тоже рассматривались попытки происхождения видов, он ставит те же проблемы: изменчивость, приспособление, повторение зародышем основных этапов эволюционного развития, важность эволюционного распределения и научные данные геологии, не хватает лишь обобщений и решений. Ляйелл тщательно рассмотрел теорию эволюции Ламарка, опроверг её, решив, что виды способны изменяться только в определенных, строго ограниченных пределах. Так например у Ляйелла породы домашних животных, приспособившиеся при содействии человека к окружающим условиям самого разнообразного характера, в высшей степени изменчивы. Наоборот, виды диких животных, привязанных каждый к своему месту обитания и своей среде, изменяются очень мало. Сходство зародышевого развития означает просто подобие в строении и системе. В неизменности видов Ляйелла убедило относительное бесплодие гибридов.