Когда началось наступление на религию, Александр Мень заканчивал свою учебу в Иркутске. Он знал, что в течение трех лет после института будет должен работать по специальности, а затем поступит в Загорскую семинарию. Между тем, в момент, когда начиналась последняя экзаменационная сессия, его неожиданно исключили из института. В ректорате стало известно о его связях с епархией. Пришлось уехать, не получив диплома.

В этом он увидел знак провидения и понял, что на этот раз настал час осуществить свое призвание. Возвратившись в Москву, он получил благословение о. Николая Голубцова и 1 июля 1958 года, на Троицу в церкви, где служил отец Николай, Александра посвятили в сан диакона, невзирая на то, что он не закончил семинарии. В приходе возле станции Одинцово под Москвой, куда его направили, о.Александр прослужил два года. Материальные условия были трудными, а зарплата нищенской. С женой и годовалой дочкой его поселили в обветшалый дом. Верующих обычно было мало. Для настоятеля, бывшего бухгалтера, литургия заключалась прежде всего в самом скрупулезном исполнении Устава. Однако именно в этой церкви молодой отец Александр начал серию бесед о жизни Христа.

В эти годы он заочно учился в Ленинградской семинарии. 1 сентября 1960 года он был рукоположен в священники. Хиротония состоялась в Донском монастыре. Александр был назначен вторым священником в Алабино, в 50-ти километрах от Москвы; год спустя он заменил настоятеля храма.

С его умением налаживать отношения с людьми, Александру удалось найти общий язык с городскими властями, приход и поссовет жили в мире. Храм был в весьма скверном состоянии, иконостас и настенная живопись очень плохи. Отец Александр разработал целую программу по реставрации и ремонту. Из храма в притвор был перемещен свечной ящик, чтобы во время служба прихожанам не мешал звон монет. Вокруг церкви был участок земли с домиком, где оборудовали комнату для посетителей и жилище священнику, оно и приютило семью отца Александра, у которого недавно родился сын. В свободное время отец устраивался в саду, где писал свои книги. Благодаря Анатолию Ведерникову, он опубликовал около 20 статей в "Журнале Московской Патриархии". Поэтому в журнале "Наука и религия" появилась разгромная статья.

Каждую субботу отец Александр объяснял символ веры, смысл главных молитв и литургии. Несколько молодых людей, недавно обратившихся, стали его друзьями на долгие годы. Так начала создаваться маленькая община активных христиан.

Отец Александр хорошо умел пользоваться обстоятельствами: кто-то умер у районного должностного лица и, ввиду исключительного случая, отцу Александру дали разрешение служить панихиду вне храма, что было запрещено. Опираясь на этот факт, он в следующий раз попросил о возобновлении разрешения и так еще двести пятьдесят раз!

В это время антирелигиозная волна начала понемногу спадать. Авторитет Хрущева в рядах партии становился все более и более сомнительным, его противники втайне готовили ему замену.

В 1964 году Уполномоченный Совета по делам Православной Церкви по Московской области вызвал отца Александра и потребовал, чтобы тот покинул Алабино.

С помощью секретаря епархиального совета он нашел вакантное место второго священника в Тарасовке, к северу от Москвы, и был тут же туда назначен. Однако никогда больше у него не было таких благоприятных условий, как в Алабине. В Тарасовке у него даже не было места, где он мог бы принимать прихожан, приходилось с ними разговаривать либо в церкви, либо в поезде.

Период, пока отец Александр служил в Алабино, был также отмечен созданием кружка молодых священников Москвы и ее окрестностей, так же пылко, как и он желавших трудиться над обновлением Церкви. Отец Александр предложил им встречаться регулярно и совершенствовать свое богословское образование, обмениваться друг с другом священническим опытом, и пытаться решать проблемы, вставшие перед ними в пастырской деятельности. В ноябре 1965 г. Г.Якунин и Н.Эшлиман, члены этой группы, подписали два длинных письма, разоблачающих бесчисленные случаи вмешательства государства в церковные дела, и адресовали их: одно - патриарху Алексию I, второе - председателю Президиума Верховного Совета СССР. Этот демарш произвел сенсацию среди духовенства и его приветствовали многие священники. Они также вызвали большой отзвук за границей, где развернулась кампания в поддержку христиан России. Многие думали, что письма составлены Александром, в результате властям он стал казаться опасным. На деле он восхищался двумя священниками и высоко ценил моральное значение их выступления, но считал, что его призвание, как священника, заключается в другом. Он делал акцент на работу среди прихожан, на евангелизацию, на пастырский труд в общинах среди верующих и среди тех, кто искал веру. Он считал, что его призвание - отвечать на духовные запросы, появившиеся в обществе. Как раз в это время, в 1966 году, много молодых и не особенно молодых людей стало стекаться к нему.

Конец хрущевской эры Хрущев был свергнут путем дворцового переворота. Выразителем касты, имя которой номенклатура, стал Брежнев. Обличать преступления Сталина перестали, но реабилитировали его лишь наполовину. Отказ от политики десталинизации и оккупация Чехословакии положили конец надеждам на перемены, которые породил было ХХ съезд. Начался долгий период застоя. Смутное недовольство, пассивное, но массовое, начало расти в стране. Население начало пока в скрытой форме, но отказываться от официальных идеологических моделей. Люди перестали верить в строительство рая на земле. Личность стала цениться больше коллектива. Внезапно родился интерес к древнерусскому искусству, к иконам и церковной архитектуре. В это время за пределами официальной культуры развивалась, разумеется, в узких кругах, целая параллельная культура - со своими собственными "средствами массовой информации" "самиздат", затем "тамиздат" (так называли книги на русском языке, изданные заграницей и тайно ввезенные в Россию), "магнитиздат". Сюда же нужно отнести выставки художников на частных квартирах, концерты и показ фильмов для своих.

За годы, прошедшие после падения Хрущева, заметно изменилось отношение людей к религии. Отказавшись от проекта коллективного будущего, индивидуум замыкался в себе, его заботили, главным образом, карьера и личный комфорт, но многих все это приводило к мыслям о цели и смысле существования. Презрение и насмешка по отношению к Церкви, религии и вере уступали место любопытству, даже уважению. Многие проявляли все возрастающий интерес к йоге, парапсихологии, астрологии, ко всему, что представляет собой суррогат веры. Стало очевидным, что церковь посещают не только старушки, религия больше не является достоянием старых и необразованных. Те, кто пришел к вере не получив домашнего религиозного воспитания и часто против воли семьи, составляли примерно треть присутствовавших на службах в Москве и Ленинграде, где посещение церкви не было столь опасным, как в меньших городах. Юноши и девушки, еще совсем недавно не думавшие ни о какой религии, становились христианами, причем их обращение, большей частью, совершалось стихийно.